ATOMKIT 0.9.0实际菜单操作示例。优先读各篇教程与CSV，再使用目录中的commands.txt。bash results.sh看参考数据；bash plot.sh重画实际结构图；bash run.sh fix-selected、bash run.sh strain-series、bash run.sh bilayer-vacuum可在work新目录运行短建模，不提交DFT或MD。
原生错误输出保留用于对照，不能直接作为计算输入：DMol3导出为空、Octopus部分z错、exciting XML缺引号、Elk导入空结构、PDB导入元素错误。alternatives目录为明确分开的ASE或格式修正路线。部分输出仅含结构与占位符，未宣称目标电子结构程序已经运行。GUI需要图形环境，本SSH示例不提供已显示成功的承诺。
所有结构、输出和图来自自有例子；不附官方程序、官方晶体数据库或第三方赝势。
