CREST 3.0.2：水分子MD、RMSD偏置与完整坐标/速度续算

解压进入crest-md-mtd，使用 sbatch job.slurm 提交；或者在已分配的CPU作业内执行 bash run.sh。cpu-8173m按56物理核整节点分配和计费，本资料包同时使用最多12个单线程小计算。不要在登录节点进行生产模拟。

先运行连续100fs普通MD、40fs普通MD和100fs RMSD偏置MD，再把40fs真实checkpoint的完整坐标及速度复制给60fs续算。之后对两条399帧轨迹和40fs边界点共799个快照分别做原生单点，取得完整电子能与梯度，核对能量、偏置和续算。共803次原生CREST调用。原生新输出在cases/与snapshot-cases/，数据在results/，新图在plots/。

输入位于inputs/，GFN2/tblite、accuracy0.0001、电子温度300K；核运动使用0.25fs步长、Berendsen目标300K，不加SHAKE。三原子保留9个笛卡尔自由度，未去除整体平动/转动，不能把这里的初始化方式直接用于凝聚态生产模拟。100fs仅供操作演示，不足以计算平衡统计或收敛自由能。

本版本原生轨迹记录的是传播前坐标：400步产生399帧，坐标时间0.25至99.75fs；完整checkpoint到100fs。40fs的短轨迹有159帧，60fs续算有239帧；以40fs checkpoint坐标补齐中间边界，再与连续399帧比较。native.out的循环时间、统计平均与XYZ帧时间不能不加区别地混用。

.mdrestart含时间、坐标与原生半步速度；续算必须完整复制，不能只用XYZ最后一帧。它和构象搜索的二进制crest.restart不是同一种文件；本例只验证普通MD续算，未声称恢复完整MTD偏置历史。

偏置使用对齐后的RMSD、kpush0.0001Eh、alpha1、每5fs加入参考结构、ramp0.1。图中的偏置能不是自由能面。原生程序会对第一个偏置参考做微小随机扰动；不同新运行的偏置轨迹、CSV和图允许略有差别，verify.py独立核对每次真实结果，不要求它们与示例逐字节相同。reference-plots/为本教程原始示例图，plots/为你本次新运行的图。普通MD则与同一初始全状态的源数据进行数值比较。

reference.json、reference-fields.npz与reference-inputs.json仅用于这套固定教学输入。计算其他分子时，应另建目录准备自己的结构、初态和TOML，不沿用水的固定参考。
