鸢算科技：GROMACS复制交换与GPUMDkit模型/辅助工具

在已分配的两个MPI进程资源内：bash run.sh all；或者在本集群提交 sbatch run.sbatch。
单独流程：bash run.sh replica / models / utilities / console。只画参考图：bash run.sh plots。
每次在work建立新目录；LAST-RUN.txt记录结果位置。inputs可修改；reference是真实教学结果。

复制交换是216个SPC/E水、300/310K、各4ps的一个耦合工作流，不是已收敛热力学计算。参考20次实际相邻对尝试，6次接受。不同MPI/浮点路径可改变后续轨迹，重算按逐步能量和Metropolis公式检查。
模型来自先前公开NEP4 PbTe训练实例。本包不含训练重启文件：init_optimizer.py从公开模型初始化全新SNES均值和sigma=.01，供模型编辑教学，不是继续原优化器。其专用解析器只适用于本例标准NEP4模型。新元素或裁剪后的模型需要重新训练和独立验证；sigma不是预测误差。
清理命令只在本次新建标记目录执行；真实进度输入来自已经结束的教学MD/NEP输出，控制台绑定本机回环地址，测试结束即关闭。
编译与依赖：GPUMDkit1.5.8/Python3.11.16/Calorine4.0，C++扩展GNU13.3；GROMACS2026.4-p100-mpi-plumed/OpenMPI5.0.10。此复制交换例采用CPU路径，已分配GPU未参与计算。
compat-source包含本集群模型编辑兼容源码、差异与GPL3许可；本包不含二进制、客户数据、许可赝势或原始训练优化器状态。
