GROMACS正常模式、ED、NMR距离约束与蛋白几何实操
在获准CPU资源中 bash run.sh all；附件run.sbatch为核时P100示例，GPU卡被分配但本包计算走CPU。按本人账户选择分区，不直接把大型Hessian放在登录节点。
normal_modes.py：CPU双精度gmx_d，GNU13.3，AVX2，thread-MPI/OpenMP，内部FFTPACK/BLAS/LAPACK；来自固定v2026.4标签归档，实际版本标记2026.4-dev。
restraints.py/protein.py：gromacs/2026.4-p100-threadmpi中的gmx，显式CPU路径。
独立读取和绘图使用qvasp-2.26环境的NumPy、Matplotlib、MDAnalysis。每次写新work/时间戳目录，LAST-RUN.txt指向最近结果。
正常模式用经典柔性TIP3P类型单分子谐和模型；不是DFT或实验液态水振动谱。nmens构造谐和分布，nmtraj构造周期动画；只有ed-MD和distance-restraint-MD是实际短轨迹（200步、0.2fs步长，共0.04ps）。
蛋白数据为之前实际集群Ubq1231原子100ps轨迹的51帧子集；仅作教学统计。FRET两对Cα是几何代理，R0=2nm是假定参数，不是化学染料模型或实验效率预测。
原生helicity.xvg行号1-74对应本例完整骨架残基2-75；作图需匹配实际残基编号。cd222.xvg是旧函数按phi/psi窗口加权求和的指标；其原生nm轴标签不能作为该指标物理单位，本包不把它当作定量CD光谱。
不包含专有程序/势文件；距离约束分析使用nmr读取EDR，并从轨迹独立计算距离和势能表。
