LAMMPS30Sep2026：四点机械链拓扑、分子模板与势表

解压进入lammps-topology-tables，sbatch job.slurm提交；也可在已分配CPU作业内bash run.sh。cpu-8173m按56物理核整节点分配和计费；本例只用一个CPU线程，不使用GPU。不在登录节点进行生产模拟。

inputs/chain.data和chain.mol定义同一个四点机械教学模型，质量12.01、零电荷；它不是特定真实分子的经过标定的化学力场。real单位下能量kcal/mol、长度Å。pair zero，bond harmonic K50/r0=1，angle harmonic K20/theta0=110°，dihedral harmonic K0.3/d1/n2，improper harmonic K2/chi0=90°。

原生input.lmp依次计算原始链、添加1-4键、删除全部键、从restart恢复、从data恢复、重排原子ID六个状态；每个状态输出全部原子力和分项能量。delete_bonds只按所指定的拓扑类型删除，不能假设键角/二面角会一起消失。molecule/write_molecule展示原生与JSON模板，类型标签C和spring映射到数值类型1。

bond_write/angle_write/dihedral_write导出81/91/120行势表。raw/始终保留原生结果；results/potential-tables.csv另列独立解析能量、负导数和偏差。角度以degree表示，当前这两个角度势表的导数按每degree比较，不是原子受力。原生angle_write在0°/180°共线端点数值微分不稳定，本例最大偏差约4.43e-4kcal/mol/degree；最后一行180°的行号还可能重复为1。按角度列识别点，不能按该行号拼接或把端点数值导数当作高精度解析导数。本包保留原生输出；精确导数请查看单独列出的解析参考，并注意共线端点的数值精度限制。

完整数组在results/full-fields.npz，新图在plots/，原始参考图在reference-plots/。本例对拓扑和能量/力、读写一致性作操作示范，不推断真实分子反应、断键动力学或材料性质。使用势表时还需按具体style支持范围、插值误差和物理单位另做检查。
