Phonopy4.8.3 模式Gruneisen与原生绘图命令

在分配CPU内用普通账号于新解压目录 bash run.sh，1物理CPU，无GPU或新DFT。实际执行12条原生CLI：Gruneisen网格/路径及绘图，声子band数据及bandplot，PDOS数据及pdosplot，热性质及propplot，热位移及tdplot。输出work/、CHECKS.json、figures/，六个真实原生PDF和三张高清科学PNG。已有输出则另解压。

inputs/v98、v100、v102来自本集群真实Si原胞体积98/100/102%的有限位移力，共6份既有VASP6.6.1GPU结果；2Si原胞、16Si力超胞、ENCUT550eV/EDIFF1e-6、受力电子k网格4^3。仅含真实数值FORCE_SETS和位移YAML，没有POTCAR/WAVE/完整OUTCAR/XML/私有EXEC。完整DFT输入见前一批phonopy-preparation-qha-wave242包。各体积传统有限差分求FC并显式symfc投影对称化，之后原生Gruneisen CLI读FC。

Gruneisen目录顺序为0,+,-，不要交换。4^3网格在当前Gruneisen实现中保留时间反演，36个代表q点，YAML用multiplicity（不是weight）记录覆盖64点的权重；输出文件gruneisen_mesh.yaml与gruneisen_band.yaml。主phonopy和此专用程序对同名选项/输出的行为不能机械等同。

独立原始动力学矩阵导数与简并子空间本征值核对无量纲gamma，频率>0.2THz的模式使用原始1e-5门槛；Gamma附近原始微小频率和参数仍在CSV，不冒充物理稳定性结论。新版矩阵API使用run_qpoints(with_dynamical_matrices=True)，不使用已弃用的get_dynamical_matrix_at_q。

PDOS两个Si对称等价，曲线重合，总积分6个模式。热性质按每mol Si2原胞，Cv高温经典极限6R，熵没有6R上限。热位移输出是均方位移A2，图画的是sqrt得到的RMS A，保留零点运动，立方三方向重合。当前TD命令用--fmin .1，--cutoff-freq在此分支会退出；其他工作流的同名参数不一概替换。专用propplot的-s表示熵，不是通用保存标记；绘图用明确-o输出文件。

软件：phonopy4.8.3 Python3.11.16 NumPy2.3.5 GCC13.3 C/OpenMP/phonors0.6.0，symfc1.7.3。小超胞/网格/宽度作为终端与数据处理示例，不作材料参数收敛声明。
