Phonopy4.8.3 Born张量、电子温度自由能与MLP训练数据整理

在分配CPU内用普通账号新解压目录 bash run.sh，1物理CPU，无GPU、新DFT或新势训练。依次执行born.py、electronic.py、dataset.py、plot.py，也可在各自无输出的新目录单独运行。输出born/、electronic/、dataset/、figures/。

born.py实际调用3次phonopy-vasp-born --nost处理真实VASP响应的数值选取文件，另运行本包qe_legacy.py读取官方旧QE实际响应数值摘录。每个response-selected.h5仅保留原始结构和Born/电子介电张量8个确切字段，不是完整VASP计算文件；没有造新能量、力或修改任何响应数值。Si/NaCl/ZnS来自本集群既有wave151 VASP6.6.1CPU DFPT（oneAPI2024.2/IntelMPI2021.13/HDF51.14.6），9个实际INCAR/POSCAR/KPOINTS在inputs/response-inputs。小网格响应示例用于文件提取，不把示例介电值当作收敛材料常数。Born为动态有效电荷，非Bader电荷；NAC使用电子固定离子epsilon，不用含离子总静态介电张量。

QE-response.selected是官方Phonopy4.7.2 NaCl-QE/NaCl.ph.out两个实际打印张量块的逐行摘录，并非完整ph.x输出；原始块行号和SHA在PROVENANCE.json。旧表头缺without acoustic字样，当前原生phonopy-qe-born不能直接解析，源码未改。辅助脚本只按真实旧表头读取报告数值，再做明确的对称与电荷中性投影，与官方BORN逐项相同。CRYSTAL-official.BORN由原生命令从官方实际旧输出提取。两者不是本次新跑QE/CRYSTAL，不与另一套泛函/结构的VASP响应混用。

electronic.py读取原生phonopy-vasp-efe --es从本集群5个既有Si2静态输出导出的电子态数值HDF5，分别k点求和和线性四面体计算电子温度0..1000K/250K的deltaF、S、Cv、mu。源VASP6.6.1GPU、ENCUT550EDIFF1e-6、电子9^3网格，NVHPC25.3/CUDA12.8/HPC-X2.22.1/MKL2023.2。与真实原生CLI fe-v.dat逐项对照，并用独立Fermi-Dirac电子数求解和熵表达式核对。F_el字段是F(T)-F(0)，与静态U相加一次；电子温度不是MD离子温度，使用固定能谱近似。这组稀疏网格下两积分方法有明显差异，不称收敛结果。Si100在1000K约deltaFsum=-82.42微eV、tetra=-15.90微eV，均为每2Si原胞。

电子态HDF5的可选spin_degeneracy字段为None，本参考通过5个真实原始XML确认ISPIN1/LSORBITF/LNONCOLLINEARF，非自旋Si2使用简并2。单自旋轴并不总代表2，SOC/非共线资料要保留明确自旋简并元数据；本例独立零温公式仅用于提供的有带隙Si2，不通用于任意金属。

dataset.py读取原生phonopy-vasp-mlp-dataset从6份真实Si16位移计算导出的数值HDF5，保留能量eV、力eV/A、应力GPa（原XMLkbar/10，训练virial转换另做）。按体积分组：98/100%四帧与102%两帧，写回后所有物理数组完全一致。正负位移能量几乎重合，图上可见三个体积位置。此步骤没有训练或验证一个势模型，六帧相关的小数据不能代表势泛化能力；真正训练另需pypolymlp与充分数据，公共环境未增装依赖。

当前Phonopy4.8.3 Python3.11.16 NumPy2.3.5 GCC13.3/phonors0.6.0，symfc1.7.3。三程序合计95物理检查；完整rawXML/OUTCAR/POTCAR/WAVE/私有EXEC及引擎二进制不公开。资料包只提供真实数值参考、受审查的输入和处理程序。
