Phonopy 4.8.3 特殊结构格式与数值后端实例

在已分配CPU内，以普通账号在一份新解压目录运行 bash run.sh。每次1CPU，无GPU、无新DFT。依次实际执行四格式输入写出与读回、20条CLI转换/预期限制路线、4条C/Rust q点与网格命令，输出analysis/和figures/。已有输出时另解压。

输入：自建Si2金刚石a5.43Å、NaCl2岩盐a5.64Å，另有原胞边长精确8Bohr的单位对照（非平衡材料数据）。WIEN2k原生晶格六位小数对Si/NaCl保留约1e-7相对体积舍入边界；没有放宽原始1e-8比较阈值。CRYSTAL只生成ext/d12几何与输入骨架，独立ASE读取fort34；不构造假电子计算输出。TURBOMOLE control/coord需要同目录并补基组/k点，Fleur还需真实inpgen/SCF设置。WIEN径向参数仅文件元数据示例。

inputs/Si16为本集群实际wave239 Si16 VASP6.5.1 CPU IBRION8、ENCUT450eV、EDIFF1e-6、Gamma2x2x2电子网格DFPT数值力常数与结构YAML，不包含完整原始OUTCAR/XML/POTCAR/WAVECAR。postprocess不再进行电子计算。动力学矩阵、原始低频均不加ASR、不对称化、不裁负频；C/Rust6q点与64mesh点逐项比较，HDF5全精度矩阵独立对角化，FC HDF5读写比较。默认Rust phonors0.6.0，--legacy-backend选择GCC13.3编译的C/OpenMP；--rust为本版弃用空操作。symfc1.7.3可用；ALM/pypolymlp/hiphive未安装。命令帮助出现不等于全功能科学实跑。

文件：run.py流程、formats.py原生格式与独立ASE读回、plot.py三张图、reference/23入口与128长选项索引。依赖由phonopy/4.8.3模块提供；CRYSTAL独立几何读回调用/public/toolkit/miniconda3/envs/ase-3.29.0/bin/python。不同环境需替换该解释器路径。图中的单位/精度来自实际输入输出；声子小网格只作操作参考，不作收敛材料结论。

官网对应：/docs/phonopy-special-formats/、/docs/phonopy-cli-reference/、/docs/phonopy-backends-precision/。
