PLUMED伞形采样、WHAM与软约束 / 鸢算科技

bash run.sh 读取参考CSV画5图，不采样、不提交任务。
bash sample.sh 在本人已分配CPU资源中完成14条伞形轨迹、4条软约束小例、两组7副本WHAM和独立检查，至少7CPU。
bash analyze.sh work new-analysis 只对已有轨迹重新提取，不重跑MD。
bash plot.sh work/analysis own-figures 画自己的图。

本例使用PLUMED pesmd原生Langevin与明确的无量纲解析势U=4(x*x-1)^2+0.5*y*y，kBT=1；不是原子材料势或真实分子PMF。
七窗口中心-1.2,-.8,-.4,0,.4,.8,1.2，KAPPA20，每条200000步dt.005，去前40000步，stride20后每窗口8000帧；两组独立种子。
WHAM显式仅去除b.bias伞形偏置，不能连同表示物理势的physical.bias一起去掉。
UNITS NATURAL表示无量纲，TEMP1不能当作1开尔文；COLLECT_FRAMES忽略分析step0，输入保留独立dummy0不算样本。
软墙不是严格几何约束；移动中心轨迹的work不直接等于平衡自由能差。原始权重ESS未去除时间相关。
使用本人有权限的CPU任务资源；当前CPU队列状态以集群为准。本例不调用CUDA，不把CPU计算写成GPU加速。
公开包不包含厂商程序、执行账户或内部作业回执。
