PLUMED共享walker与时间依赖重加权 / 鸢算科技

bash run.sh 只读参考数据画4图，不采样、不提交。
bash sample.sh 在本人已分配CPU资源内实际运行两个独立种子组的单walker与双共享walkerWTMetaD，共6原生MD进程，至少6CPU。
bash analyze.sh work new-analysis 只重做已有轨迹的数值、原生重加权和共享偏置检查；不重跑MD。

二维解析势4(x²-1)²+y²/2，无量纲kBT1、dt.005、200000步，保留后半段。这不是原子材料、加速比或收敛扩散率测量。
WTgamma8、sigma.12、height.05、pace100，CALCRCT和1000格网格[-2.5,2.5]，共享2walker用不同ID/同shared目录，每100步读其他walkerHILLS。
共享walker是共享偏置，不是交换温度或构型的ReplicaExchange。异步读取下，最后网格可能尚未读到他人的最后几条hill，不能强制所有末态偏置相同。
使用原生m.rbias重加权。加hill记录上，calculate先用旧c(t)生成rbias，update更新打印rct；直接用同一行bias-rct可能与原生rbias不同。检查按实际更新时机对齐、保留全部原始行。
WT HILLS高度有gamma/(gamma-1)缩放，默认stretchedGaussian cutoff6.25；不能当普通未截断高斯或多乘一次WT系数。
两walker使用更多采样资源，有限轨迹误差较小不等于硬件加速比。原权重ESS未扣时间相关，未采样格点保持未知。
程序只用现有PLUMED2.9.4 oneAPI2024.2/IntelMPI2021.13环境，不调用GPU、不含厂商程序或内部执行回执。

复制交换补充：先获得完整PLUMED补丁GROMACS2024.3 CPUdouble环境，再设置GMX_COMPAT_ROOT指向其安装目录，运行bash replica.sh；它实际做216SPCE水300/310K两副本4ps、两TPR和PLUMED偏置交换及独立概率检查。
现有GROMACS2025/2026原生接口不支持带PLUMED偏置的复制交换，不用它们冒充完整GREX环境。可从官网获取gromacs-2024.3.tar.gz后执行bash build-compat.sh，生成本人目录compat/install；不修改公共环境。构建脚本的完整等价原生命令已在本集群实际构建，脚本另做语法检查。
