TDEP 25.03 Si实际DFT+拟合+后处理教程

先看8张实际数据图：bash preview.sh，图在preview/figures。
从自有数值输入运行14个已安装原生程序：
bash prepare.sh
bash calculate.sh
bash extract.sh
结果在work/post300、work/matched-phonons和results。
本流程不提交VASP或重算DFT；所有力标签、结构、统计、力常数都是本教程的自有数值数据。

小型CPU串行演示使用单线程。正式大拟合/热导请通过Slurm的CPU模板提交，例如进入输入目录后 sbatch submit-fit.sh -rc2 5 -rc3 5。
calculate.sh执行完整原生后处理需要tdep模块；extract/preview使用pymatgen模块的ASE/NumPy/h5py/Matplotlib。没有私有账号或维护回执依赖。
DFT-inputs在inputs内；POTCAR/VASP程序及原始全文电子输出不分发。新的VASP任务使用自己的授权资源并经Slurm提交。

模型A：300K短MD30帧、二阶5A/三阶4.2A，用于DOS、自由能、谱函数和热导示范。
模型B：同样协议的300/600K各20训练构型、二/三阶5A，两个独立测试集都通过绝对<0.1eV/A且相对<0.2的力误差要求，用于温度拟合对照。
混合MD/经典抽样的模型B数据只用于力拟合，不拿其时间/应力语义混合的stat作热力学估计。
40fs是短教学数据，不是充分平衡采样；900K模型保留诊断且不作为材料预测；4^3热导保留为粗网格对照；6^3与8^3仍有明显差别，不称网格收敛。
原生路径site_projection_per_mode在此版本不是通常的sum|e_xyz|^2，本包另算物理范数权重并保留原字段；DOS原生site投影有低强度阈值，CSV保留availability标记。
14已安装程序均有例子；没有CGAL/phasespace_surface，不称覆盖该可选程序。
