科学工具小体系操作实例

先阅读对应官网教程。scripts是可直接运行的完整Python脚本；reference为本次实际结果；inputs/si.yaml为此前鸢算科技VASP硅有限位移实算得到的力常数。
在新建work目录运行，避免覆盖reference。ASE采用3.29.0；对称性脚本使用pymatgen/2026.9.24环境中的spglib与seekpath；装箱用packmol/21.2.3；声子用phonopy/4.8.3。每次只加载一个科学Python环境。
ASE的EMT数值是经验势教学示例，不是DFT结果；固定基底NEB、短NVE和N2振动不用于报告收敛材料参数。Packmol只生成坐标，不提供完整分子力场/拓扑。对称性不计算磁能量。Phonopy为谐近似后处理，未进行新的VASP计算，不代表超胞已收敛。
