VASP 专题

VASP与critic2电子密度拓扑

用NaCl实算寻找临界点和键径,理解密度、拉普拉斯与拓扑连接的含义。

更新于 2026-10-25约 3 分钟阅读按任务与环境选择适用配置
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Bader电荷回答每个空间盆中分到了多少电子;QTAIM临界点分析进一步观察电子密度在空间中的极值、鞍点及连接。本例沿用NaCl的VASP电荷密度,用critic2提取临界点和键径。

1. 准备一致的电荷密度#

采用2原子NaCl原胞,常规立方晶格参数5.70 Å,PBE PAW64、ENCUT=550 eV、EDIFF=1E-6,FFT电荷网格120×120×120。静态计算设置LAECHG=.TRUE.,得到同一结构、同一网格的AECCAR0和AECCAR2。

VASP使用6.6.1 P100版,NVHPC 25.3、CUDA 12.8、MKL 2023.2及配套MPI构建。后处理使用critic2/1.4模块,实际程序1.4.155,由GCC 13.3构建。

2. 选参考密度并寻找临界点#

在包含CHGCAR、AECCAR0和AECCAR2的目录建立topology.cri:

crystal CHGCAR
load AECCAR0
load AECCAR2
load as "$1+$2"
reference 3
auto

这里CHGCAR用于读取结构,临界点搜索的参考场是AECCAR0+AECCAR2;不要把价电子密度的极值与重建全电子密度的极值混用。附件post.sh在Slurm任务中执行critic2 topology.cri > topology.cro,后处理本身使用CPU。

AUTO会从多个起点寻找密度梯度接近零的位置。具体搜索和增补起点的方法见critic2临界点手册。

3. 阅读本次临界点#

括号中的(3,−3)、(3,−1)、(3,+1)、(3,+3)分别描述核、键、环和笼类临界点的Hessian特征。不要把“非等价点数”与考虑对称倍数后的晶胞总数混淆。

类型 非等价点数 周期原胞中总数
核 2 2
键类鞍点 2 12
环类鞍点 1 12
笼 1 2

本例周期体系的Morse和为2−12+12−2=0。这是搜索结果的整体检查之一,不足以单独证明每个局部数值已收敛。

键径连接 密度 / e·bohr⁻³ 拉普拉斯 / e·bohr⁻⁵
Na–Cl 0.01123088 +0.05395408
Cl–Cl 0.00438811 +0.01106495

vasp-density-topology 实算结果

Na–Cl键径长度约5.3859 bohr,即2.8501 Å。Cl–Cl键径来自这个晶体电子密度的拓扑连接;存在一条键径不等同于存在一根可赋予独立解离能的化学键,不能只按点名“bond”判断键强度。

4. 换体系时重点检查什么#

先检查结构、密度文件和参考场,再检查临界点分类、对称倍数、连接端点与梯度。拉普拉斯涉及二阶导数,比密度值更敏感,应增加FFT网格、比较插值与搜索参数;尤其不能用有限网格上的核附近密度直接推导精密核性质。

这套120³网格用于展示流程,尚未进行多网格收敛比较。对于弱相互作用和真空区域,还需辨别低密度数值临界点。不要用单个拉普拉斯正负号概括全部成键性质,可结合Bader与COHP及ELF一起分析。

输入、提取脚本与结果#

下载输入、结果和提取脚本(ZIP)

先按NaCl目录输入完成VASP计算,再提交post.sh,最后执行extract_qtaim.py提取自己的topology.cro。下载包保留参考数据和图,不包含授权势文件或大体积电荷密度。

需要根据你的体系选择资源?联系讨论计算需求。实际可用软件与权限,以当前账户和运行环境为准。

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