VASP运行与输出检查
从Slurm日志、OUTCAR和收敛信息确认程序是否正常完成。
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先确认程序与输入#
VASP一般使用INCAR、KPOINTS、POSCAR与POTCAR,文件名、元素顺序、赝势、版本和科学设置必须匹配。按功能选择普通、VTST、optcell、溶剂、Wannier或HDF5构建;标准、Γ专用与非共线程序不能任意互换。输入准备 · 版本与扩展
经Slurm运行#
在独立算例目录用yskit copy获取对应用户类型、版本和平台的模板,检查资源后提交。不要在登录环境直接启动生产计算。
yskit copy
# 检查实际复制的脚本后提交,以下submit.sh需要替换
sbatch submit.sh
squeue -u "$USER"
读取常见输出#
| 文件 | 主要用途 |
|---|---|
作业号.out |
程序启动、并行分组、运行警告和退出信息 |
OUTCAR |
输入解释、实际工作量、能量与力、计时及详细信息 |
OSZICAR |
电子与离子迭代摘要 |
CONTCAR |
计算结束或中断时的结构,使用前核对优化是否完成 |
vasprun.xml |
结构化结果;异常结束时可能不完整 |
WAVECAR、CHGCAR |
按实际设置生成的重启或后处理数据 |
HDF5等输出取决于版本和构建,不是所有程序都生成同样文件。
完成不等于收敛#
sacct -j JOBID --format=JobID,State,ExitCode,Elapsed
grep 'General timing and accounting' OUTCAR
grep 'reached required accuracy' OUTCAR
tail -n 30 OSZICAR
把JOBID替换为实际编号。计时尾段说明程序到达相应退出流程;reached required accuracy适用于相关离子优化流程,静态计算不一定有这行。还要核对电子迭代是否因达到NELM上限结束、离子优化是否达到目标,以及能量、力或目标性质是否合理。
发生错误时保留原始输出和输入,不要在原目录反复覆盖。诊断时提供作业编号、模块、脚本、完整错误上下文和必要输入,不提供密码或未授权的POTCAR内容。报错排查
需要根据你的体系选择资源?联系讨论计算需求。实际可用软件与权限,以当前账户和运行环境为准。