数据分析与结构处理工具

各章节保留原指南中的版本、平台、操作示例与适用边界；章节日期不同，使用时按所列版本核对。全部软件分项

环境与使用说明#

6.1 VASPKIT#

VASPKIT1.3.5与1.5.1并存，默认保持1.3.5。可显式选择：

module load vaspkit/1.5.1
vaspkit

安装路径：/public/software/vaspkit/vaspkit.1.3.5。启动器首次运行时初始化个人 ~/.vaspkit，已有配置会保留。无需照搬其他集群覆盖配置文件的命令。

1.5.1普通用户Si对称性测试601通过（空间群227、192操作）。沿用现有Python3.6.13辅助环境，5个Python3辅助脚本语法及NumPy/SciPy/Matplotlib导入通过；随包两个Python2遗留脚本原样保留，未声称能用Python3运行。已有用户的配置与哈希保持不变，新用户模板使用本版本utilities和version64 PBE/LDA赝势。不能以主程序通过推断所有绘图/遗留脚本均已验收。

VASPKIT 安装方式与环境#

1.3.5 使用已部署的程序包，项目记录的是模块、启动包装器、赝势路径和 Python 辅助环境配置，没有本集群从源码重编的证据。不能按 VASP 的 oneAPI 版本给 VASPKIT 填一个推测的编译器。

Python 辅助环境为 /public/toolkit/miniconda3/envs/vaspkit，主要服务相关脚本/绘图功能；这不意味着 VASPKIT 主程序本身是 Python 编译。具体 Python 包版本不能拿早期建议版本替代实际清单。来源：VASPKIT 部署记录。

6.2 Wannier90#

可执行程序在各前缀的 bin 中。供 VASP 调用的 libwannier.a 是单独的库接口，不能把 VASP 内部调用库等同于启动 wannier90.x。

公共独立程序模板位于 /public/slurm_scripts/{hs_user,tc_user}/wannier90。VASP 5.4.4 链接 2.1.0，当前五个 6.x 构建链接 3.1.0；接口输入限制见 Wannier90 交付记录。

Wannier90 编译方式与环境#

8173m两套通过源码 Make 系统和各自 make.inc 构建，优化参数为 -O2 -xCORE-AVX512，数学库为 MKL sequential（-qmkl=sequential）。独立 MPI 配置设置 COMMS=mpi，包装器分别为 mpiifort、mpiifx；串行库配置与独立 MPI 程序配置分开保存。VASP 5.4.4/6.x 分别链接同一 Fortran 工具链下的库，避免混用 ifort/ifx/NVHPC 的 Fortran 模块和运行库。

8173m独立程序保持Intel CPU/MPI构建；GPU VASP已另行链接NVHPC25.3编译的Wannier90 3.1.0串行库。两种Fortran工具链的库不能混用。库内局域化在CPU执行，VASP电子结构部分使用GPU。来源：Wannier90 交付记录。

Wannier90：独立程序如何提交#

3.1.0 模板允许把不带 .win 后缀的文件基名作为第一个参数。例如当前目录有 silicon.win 及本次步骤所需的其他数据：

cp -i /public/slurm_scripts/hs_user/wannier90/3.1.0/8173m/sub_wannier90_3.1.0_8173m.sh .
sbatch sub_wannier90_3.1.0_8173m.sh silicon

后处理使用 sub_postw90_3.1.0_8173m.sh，同样传入 seedname。没有传参时，模板默认 wannier90。不要把 silicon.win 整个文件名传成 seedname，导致程序查找错误名称。

Wannier90 局域化与 postw90 后处理是不同阶段，所需文件由具体流程决定。先确认 VASP 已生成匹配的接口数据，再运行相应阶段；不能仅复制一个 .win 就认为所有计算输入齐全。

6.3 LOBSTER#

当前提供三个独立版本，普通用户可通过 module 选择。默认仍为 5.1.1，使用新版需显式加载 lobster/6.0.0。

三版均为 Linux x86-64 静态二进制部署，没有本地源码重编。表中 GCC 是程序启动横幅报告的上游编译器，不需要用户加载同版本 GCC。6.0 手册与 ELF 均确认无需额外运行库，不依赖 Conda、MPI、oneAPI 或 CUDA；没有将它描述为专门 AVX-512 编译的程序。

并行与提交#

LOBSTER 使用单节点 OpenMP 多线程，1 个进程 × 56 个 CPU 线程。直接启动一次程序，不通过 mpirun -np 56 运行，也没有 GPU 加速。8173m 独占整节点计费，模板保持 --cpus-per-task=56 和 OMP_NUM_THREADS=${SLURM_CPUS_PER_TASK}。

module load lobster/6.0.0
cp /public/slurm_scripts/hs_user/lobster/8173m/sub_lobster.6.0.0.sh .
sbatch sub_lobster.6.0.0.sh

套餐用户将路径中的 hs_user 换成 tc_user。也可通过 yskit 选择 LOBSTER 与版本，将脚本复制到含 lobsterin 及对应电子结构输出的算例目录。运行前检查输入；缺少输入时程序即使返回 0，也不代表成键分析完成。

VASP 接口和文档#

LOBSTER 是独立后处理程序，无需为它重编 VASP。6.0 要求合适的静态计算、PAW 势、局域基组和能带数，使用 ISYM=0 或 -1，并输出传统 WAVECAR。vasp_std 的复杂波函数可用；手册明确不支持 vasp_gam、SOC 或非共线磁性。带齐结构和计算输出，尤其不要漏掉 CONTCAR。具体选项应参考本版本手册，不把一个测试体系的基组或 NBANDS 当作通用参数。

6.0 官方用户手册、FAQ 和更新记录位于 /public/software/lobster/6.0.0/docs；示例在同目录下的 examples/{VASP,QE,ABINIT,Generic,Custom_Basis}。新版增加氧化分数、价态、对应轨道和密度矩阵相关功能，是否启用及物理解释按手册处理。

验收范围与已知限制#

官方包原样 QE 金刚石数据有已知问题：6.0.0 和 5.1.1 均报 Unable to find Fermi energy，包中原附 5.1.0 日志也有同一错误。因此没有将这一 QE 案例写成验收通过，也没有判定其它 QE 输入均不支持。使用 QE 时应单独检查输出格式和费米能信息。

详情见 LOBSTER 6.0.0 安装与验收记录。旧版脚本修正历史见 维护记录。

6.5 WannierTools#

WannierTools读取紧束缚Hamiltonian，进行能带、Wilson loop、表面态等分析；与Wannier90是不同程序，不需要为它重新编译VASP或Wannier90。

采用-O3 -xCORE-AVX512，MPI并行，每进程1线程；没有GPU加速构建。实际构建及初步验收在支持AVX512的manage01完成。ARPACK77项测试通过，能带/Wilson loop/小矩阵稀疏求解的1/4进程对照通过；Wilson loop本次容差1e-4，非位级一致。8173m最终验收作业859已在ccn001-8173m完成（COMPLETED，0:0，15秒），1/4进程能带、Wilson loop及小矩阵稀疏求解对照通过。

加载：module load wanniertools/2.7.0-8173m。在计算目录准备wt.in及其引用的hr文件，通过yskit复制模板，或使用/public/slurm_scripts/{hs_user,tc_user}/wanniertools/2.7.0/8173m/sub_wanniertools_2.7.0_8173m.sh，然后sbatch提交。

模板默认单节点56个MPI进程、每进程1CPU；修改--ntasks-per-node调整进程数，保持--cpus-per-task=1、OMP_NUM_THREADS=1、MKL_NUM_THREADS=1。不申请GPU，也不要在登录节点执行正式计算。程序读取当前目录wt.in，主要结果写入WT.out及各功能的dat文件，终端输出合并在%j.out。

官方示例位于安装目录examples；Bi2Se3的Hamiltonian需要先解压其Bi2Se3_hr.tar.gz。Python对称化附加工具本次未部署。构建与验收记录：管理员维护记录。

6.7 ATOMKIT#

ATOMKIT 是 VASPKIT 团队的结构建模、编辑和格式转换工具，不是 PyPI 上的同名轨迹分析库。本次直接部署官方 atomkit.0.9.0.linux.x64.tar.gz，没有本地编译或修改主程序，不依赖集群 oneAPI/NVHPC module。ELF 含 GCC 9.4.0 构建标记和 Intel Fortran 运行时符号，但不足以确定完整编译工具链、优化参数或精度选项；不将它标为当前集群源码编译版。动态依赖包括系统 libc、libstdc++、libX11 等，在 login01 已全部解析，无需 Conda、MPI 或 CUDA。

module load atomkit/0.9.0
atomkit

在个人可写工作目录使用，先选择任务，再按提示输入结构格式编号和文件名，例如 175 POSCAR。程序按任务自动生成输出文件；重复运行前注意同名输出。无需常规 Slurm 脚本，也不按 GPU 型号分别部署。

首次运行自动创建 ~/.atomkit，已有文件保持不变。默认 ATOMKIT_UTILITIES_PATH 指向共享安装目录的 utilities，PYTHON_BIN 为 /usr/bin/python3；当前官方 utilities 目录为空，主程序所测功能无需额外 Python 包。没有执行会修改 ~/.bashrc 的上游 setup.sh。自定义外部脚本所需依赖由用户另行配置。

复制并转换官方硅结构示例：

module load atomkit/0.9.0
mkdir -p ~/atomkit-si
cd ~/atomkit-si
cp "$ATOMKIT_ROOT/crystals/elements/Si-Silicon_c5.vasp" POSCAR
# 113为导出CIF；175为输入VASP格式。输出POSCAR.cif。
printf '113\n175 POSCAR\n' | atomkit
# CIF转回VASP，输出POSCAR.vasp。
printf '175\n113 POSCAR.cif\n' | atomkit
# 2×2×2超胞，最后175选择导出VASP格式。
printf '401\n175 POSCAR\n2 2 2\n175\n' | atomkit

其他例子和晶体库位于 $ATOMKIT_ROOT/examples、$ATOMKIT_ROOT/crystals，复制到个人目录后使用，不在公共安装目录写输出。

验收： login01 普通用户启动/退出、动态库检查、个人配置不覆盖均通过。Si 的 POSCAR→CIF→POSCAR 保持8原子，晶格最大误差3×10⁻¹⁶ Å、周期分数坐标误差0；2×2×2超胞为64原子，晶格与复制坐标均符合预期。没有宣称所有格式或高级建模功能均已验收。

版本与图形功能： 包内版本日期2024-03-26，SourceForge发布日期2024-06-04；程序会显示上游 beta 提示。官网仍称可视化是未来功能，但包内 changelog 和菜单显示0.9.0已加入任务8（polyscope GUI），以包内信息为准。GUI需要可用图形显示环境，本次未验收，也不要求普通终端用户启用X11转发。

保留官方 license：允许学术等用途免费使用，当前也允许商业企业免费使用，但未经作者书面许可不得再分发安装包。完整说明见 $ATOMKIT_ROOT/README.cluster.md；验收和下载记录在 管理员维护记录。

6.8 Atomsk#

Atomsk用于原子结构生成、格式转换、超胞、位错与多晶建模，与ATOMKIT是不同程序。按官方发布源码编译，保持上游算法；没有使用GitHub开发分支。遵循官方建议使用-O2，保留-fno-backslash和预处理选项；公共模块沿用上游-fno-tree-pre兼容开关。启用-DOPENMP -fopenmp，未使用-march=native或AVX-512。源码实数kind为SELECTED_REAL_KIND(15,307)，双精度；保留默认整数宽度，链接LP64数学库。

Netlib LAPACK/BLAS3.12.1采用GFortran13.3与-O2单独编译，路径/public/software/atomsk/deps/lapack/3.12.1/gcc-13.3。Atomsk静态链接其中liblapack.a和libblas.a；系统GNU Fortran、GNU OpenMP运行库动态链接。不需要加载oneAPI/MKL、MPI、CUDA或Conda，不区分P100/V100版本。

module load atomsk/0.13.1
atomsk --help
atomsk --create fcc 4.05 Al Al.xsf
atomsk Al.xsf -duplicate 2 2 2 Al32.xsf
atomsk Al32.xsf POSCAR

请在个人可写目录运行。小规模操作可在login01执行，module在未指定OMP_NUM_THREADS时设为1，并保留用户已有线程设置；不要在login01自行提高线程做大型建模。Atomsk仅部分功能支持OpenMP，增加线程不保证各阶段都满载。

8173m作业模板：

/public/slurm_scripts/hs_user/atomsk/0.13.1/8173m/sub_atomsk_0.13.1_8173m.sh
/public/slurm_scripts/tc_user/atomsk/0.13.1/8173m/sub_atomsk_0.13.1_8173m.sh

可通过yskit选择Atomsk模板，或复制对应文件到工作目录。8173m独占整节点56核计费，模板固定1进程、56CPU，OMP_NUM_THREADS=$SLURM_CPUS_PER_TASK；末尾-nthreads与申请一致。不使用mpirun，也不把CPU数降到56以下。

sbatch sub_atomsk_0.13.1_8173m.sh --create fcc 4.05 Al -duplicate 20 20 20 Al.xsf

命令参数写在脚本名之后；输出文件已有时软件可能提示如何处理，因此应使用独立算例目录和输出名。

HTML文档$ATOMSK_ROOT/share/doc/atomsk/index.html，命令手册man atomsk，示例$ATOMSK_ROOT/share/examples。配置模板位于$ATOMSK_ROOT/etc/atomsk.conf，个人配置可按官方文档放入~/.config/atomsk.conf；没有自动覆盖或创建个人配置。辅助Shell工具独立放在$ATOMSK_ROOT/share/tools，不加入PATH；部分工具直接修改输入或使用固定临时文件，使用前检查脚本，不把主程序验收理解为所有附带脚本都已验收。许可为GPLv3或更高。

验收： 私有LAPACK官方CTest107/107通过；login01普通用户创建FCC Al、2×2×2超胞、XSF↔VASP和LAMMPS转换通过，晶格一致，分数坐标最大差1.12×10⁻¹⁶；官方各向异性Fe螺位错示例生成3600原子，结构数据为有限值。32000原子复制/形变案例单线程与56线程配置的晶格和坐标完全一致。Slurm874在ccn001-8173m、56CPU、COMPLETED/0:0，未将该短例作为性能或全部物理功能验收。

构建时上游Makefile在并行编译选项模块时出现缺少dislocation_aniso.mod，使用-j1成功完成；LAPACK构建使用-j16。这是构建先后顺序问题，未修改算法。记录：管理员维护记录。

6.10 Moltemplate#

Moltemplate 用于生成 LAMMPS 分子结构、拓扑和力场输入；小规模建模直接在 login01 运行，MD 计算使用现有 LAMMPS Slurm 模板。

构建环境。 源码固定 commit a07165868ff4a7788e48a260b08703fcc9c3ed78，环境 /public/toolkit/miniconda3/envs/moltemplate-2.22.5。Moltemplate 本体为 Python/Bash，无 C/C++/Fortran 扩展，不需要 oneAPI、NVHPC、MPI 或 CUDA，不分 P100/V100 构建，也没有单/双精度构建开关。NumPy 使用 Conda 二进制依赖。Conda 使用清华 conda-forge，pip 使用清华源，安装命令为 python -m pip install -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple /public/software/moltemplate/2.22.5。没有重编现有 LAMMPS。

module load moltemplate/2.22.5
moltemplate.sh system.lt
# 若外部坐标与 LT 模板的原子顺序一致：
moltemplate.sh -pdb system.pdb system.lt

示例位于 $MOLTEMPLATE_ROOT/examples，文档在 $MOLTEMPLATE_ROOT/doc，力场模板在 $MOLTEMPLATE_ROOT/moltemplate/force_fields。先复制到个人目录再操作。根据模板，生成 system.data、system.in.init、system.in.settings、电荷/约束文件及主输入示例；不要假定所有例子都有同名主输入文件。生成完毕，按相应 LAMMPS 版本的模板提交模拟。

不提供 Moltemplate 单核 Slurm 模板：其主建模流程不是 MPI 并行，不能用 mpirun 同时启动56份处理同一目录。小建模使用 login01；大模型先评估资源。8173m 正式计算仍必须申请56核。GPU加速属于后续 LAMMPS 模拟，且依赖势函数支持，不是 Moltemplate 的加速功能。

PACKMOL 已另行安装，可加载 packmol/21.2.3；VMD、OVITO 未作为此次部署依赖安装，使用它们的例子仍有额外依赖。力场和原子类型由用户根据体系选择；现有 LAMMPS 是否支持对应样式也须核对。cleanup_moltemplate.sh 为可选清理操作，不应盲目用于 many-body 势或 dreiding 氢键模型。公共 module 不修改个人 .bashrc。

验收。 login01 普通用户加载与 pip check 通过；官方丁烷缩小为8分子，生成112原子、104键、192角、216二面角，LAMMPS赋电荷后总电荷为0；PDB水盒780原子的坐标逐一比较完全一致；完整粗粒化聚合物示例生成378原子、351键。8173m Slurm作业878使用56核、通用 LAMMPS 22Jul2025 Update6（oneAPI2024.2），完成 run0 与10步NVE，退出0，热力学量有限。仅属安装衔接测试，不代表长时间生产模拟或全部力场的验证。上游 tests/test_genpoly_lt.py 只生成DNA模板定义，依赖未附带的 oxdna2.lt，不能直接作为独立完整建模示例。

详细说明：/public/software/moltemplate/2.22.5/README.cluster.md；安装记录：管理员维护记录。

6.11 Packmol#

Packmol 按分子数量、空间范围和距离约束生成初始坐标，可与 Moltemplate 配合生成 LAMMPS 输入。Packmol 不分配力场，也不替代后续能量最小化与平衡。

构建环境。 保留上游 Fortran 双精度，不使用 -march=native、AVX-512 专用指令或 fast-math。标准构建为串行程序，无 MPI/OpenMP/CUDA，未链接 MKL/BLAS；不分 P100/V100 版本。通过 cmake --build ... -j16 并行编译，运行时仍是串行。运行库为系统 libgfortran/libm/libc/libgcc，已在 login01 普通用户环境核对。无需新增 Conda、Python 或 Julia 环境。Julia 是上游完整回归测试框架的依赖，本次未安装，也未声称完成全部上游回归。

module load packmol/21.2.3
packmol < packmol.inp > packmol.log
# 也可使用新式命令参数：
packmol -i packmol.inp -o packed.pdb

示例输入和分子文件在 $PACKMOL_ROOT/share/packmol/testing，需复制到个人目录并保持输入所引用的相对路径。小规模装箱可在 login01 运行；耗时/高内存模型先评估资源。无单核 Slurm 模板，不能用 mpirun 启动56份写同一输出；若组织独立任务到8173m，仍必须按56核申请并合理分配任务。

与 Moltemplate 配合。 两个 module 可同时加载：

module load packmol/21.2.3 moltemplate/2.22.5
packmol < packmol.inp > packmol.log
moltemplate.sh -pdb packed.pdb system.lt

输入文件中的 output 须设置为上述 packed.pdb；分子及原子顺序必须与 LT 模板一致。上游 Packmol 水示例为 H–H–O，Moltemplate SPCE 为 O–H–H，本次验证先按每个分子调整顺序再导入，不能直接把不同顺序的坐标套入模板。拓扑/电荷/力场及正式 MD 由 Moltemplate 和所选模拟程序处理，未重编现有软件。

验收范围。 login01 普通用户运行三组官方输入（增加固定随机种子12345）：1000水分子/3000原子、1000水+400尿素/6200原子、周期边界500水+300尿素/3900原子，均返回Success。逐原子检查计数、分子间最短距离与几何约束；最短距离分别为2.140969、2.141138、2.082298 Å，周期案例使用最小镜像。水盒接入 Moltemplate 后3000原子坐标完全一致，原子类型顺序检查通过。只验收装箱与文件接口，没有进行长时间MD或GPU测试。

Packmol precision 的几何约束判定与具体罚函数有关；本次盒/平面约束源码采用距离平方，不能把日志中的约束违反值一律解释为 Å。默认精度下可能存在小幅越界，应根据实际模型要求检查，不能仅凭Success认为坐标严格位于边界内。

详情：管理员维护记录，使用说明 $PACKMOL_ROOT/README.cluster.md。

6.16 qvasp#

qvasp用于VASP输入准备、结构转换及结果提取。采用官方2.26 Linux x86-64包，轻量操作在login01运行；VASP本身继续使用现有CPU/GPU版本和Slurm模板。

独立环境/public/toolkit/miniconda3/envs/qvasp-2.26使用Python3.11.16、NumPy1.26.4、SciPy1.13.1、Matplotlib3.9.4、MDAnalysis2.9.0，23个Python依赖精确锁定；Conda经清华conda-forge、pip经清华PyPI安装二进制wheel，无新增本地扩展构建。cif2pos2所需真正的libgfortran.so.3来自Anaconda libgfortran3.0.0 build1，私有安装在deps/libgfortran3，只对该子进程添加库路径。没有以.so.5冒充.so.3，也不要求加载编译器/MPI模块。

PBE/LDA连接既有/public/software/vasp/potcar/version64/PBE和LDA，不部署包中旧势库、不启用PW91。-vaspkit/-atomkit调用现有1.3.5/0.9.0公共包装器并保留个人配置。-phonond按需调用现有Phonopy2.43.6，公共Phonopy默认版本与用户父进程环境不变。Python库路径/单线程数学库设置仅用于qvasp子进程；module卸载恢复原PATH和根目录变量。

module load qvasp/2.26
qvasp -help
qvasp -relax                     # 写入INCAR，再核对体系参数
qvasp -pbe C H                   # 按POSCAR的元素/势名顺序拼接
qvasp -3k 0.03                   # 三维网格；用户检查收敛
qvasp -c2p sample.cif
qvasp -c2p2 sample.cif            # 私有Fortran3运行库
qvasp -p2c POSCAR                # <当前目录名>.cif
qvasp -sc POSCAR                 # 交互扩胞
qvasp -e                        # OUTCAR最后能量
qvasp -bandd                    # EIGENVAL / OUTCAR / CONTCAR
qvasp -dosd                     # DOSCAR → DOS*.dat
qvasp -wkd                      # LOCPOT / OUTCAR，选择Efermi及方向
qvasp -piez -c elastic.OUTCAR -e electronic.OUTCAR -i ionic.OUTCAR -o tensors.txt
qvasp -rdf                      # XDATCAR / OSZICAR / OUTCAR，交互选择两种元素
qvasp -baderd                   # AECCAR0 / AECCAR2 / CHGCAR

在用户算例目录中执行并备份需保留的输入。部分原生参数经过固定长度Fortran转发，宜使用短普通文件名。模板、自动维度判断、k点与路径生成均需用户检查；退出0或“OK”不证明结果完整。

Slurm适配。 无参数qvasp查询本人作业；qvasp -sub DIR...先要求每个目录中已有非空可读的vasp.script，再调用sbatch，不覆盖脚本或自动决定VASP/分区/资源。用户可通过yskit选择已有VASP模板，检查后保存为vasp.script。qvasp -d JOBID...只取消显式ID。qvasp是串行轻量工具，没有专用Slurm模板；实际8173m VASP作业继续使用56核模板。

扩展接口。 -phonon只生成需编辑的INCAR/band.conf/mesh.conf；-phonond需DFPT vasprun.xml、POSCAR-unitcell和填写后的band.conf，保留官方--factor=521.471，结果为cm⁻¹。已适配Phonopy2.43.6成功--gnuplot导出后返回1的行为，仅在输出为有效数值时接受。-ueff以Bash执行，VASP命令由用户填写；验收覆盖输入准备，未执行整套线性响应VASP。Raman/SLME/旧Python2 VTST/KDB/Matlab不开放，pymatgen/seekpath/sumo未安装。

验收与限制。 manage01汇总、login01普通用户各19组通过，覆盖生成文件和数值；包括现有赝势拼接、官方能带/DOS/功函数/Bader参考、分文件压电张量、三帧PBC RDF、三维BCC路径/HSE权重和既有Phonopy接口。默认/显式module、真实只读Slurm查询、父进程环境恢复及已有个人配置保留通过；提交/取消仅模拟命令验收，无真实任务变更。

二维石墨烯在上游2.26的-kline/-khse/-kphonon报label not found: A，此类路径改用既有VASPKIT或人工核对。-piez -a中相邻电子/离子表可能覆盖电子项，使用已验证的分文件-c/-e/-i。-redlat已验收Direct坐标、无选择性约束/速度的格式，其他变体未验证。旧声子存储band.yaml的DIM=4与配套DIM=2/16原子力常数不符；当前DIM=2由现有Phonopy4.7.2 Rust后端复核，差小于6×10⁻¹¹cm⁻¹，失败记录保留、容差未放宽。上述限制未以科学源码补丁修复。

公共详细说明：/public/software/qvasp/2.26/README.cluster.md；安装/适配/依赖/验收记录：qvasp交付状态。官方资料：主页、安装、2.26发布。

6.17 Multiwfn nogui#

用于波函数、电子密度、原子电荷和成键等分析。nogui可通过SSH文本菜单交互并导出数据；图形相关功能不可用。

module load multiwfn_nogui/2026.10.1
Multiwfn your.fch
# 等价命令：multiwfn_nogui your.fch

公共settings默认1线程，原始模板另存 settings.upstream.ini。个人设置请将 $MULTIWFN_ROOT/settings.ini 复制到自己的工作目录，或者用 -set /path/settings.ini，不要修改共享模板。入口自动设置资源目录、OpenMP栈和栈限制。命令行 -nt N 可指定线程。

大型分析从yskit选择56核模板：

sbatch sub_multiwfn_nogui_2026.10.1_8173m.sh your.fch commands.in

commands.in每行对应一次菜单输入，最后正常退出用q；不要直接提交一个需要人机输入但未提供菜单文件的任务。模板1进程×56线程，不能使用56MPI启动56份相同计算。官方示例/quick start/引用说明保留在安装前缀；官方H2O波函数Mulliken分析在login01单线程、8173m56线程均通过，总电荷约-9.7e-9。

6.18 OVITO Python#

独立环境 /public/toolkit/miniconda3/envs/ovito-3.16.1，用于分子动力学轨迹的结构、缺陷、配位和RDF批处理。本次没有购买/激活Pro桌面版；也没有承诺远程桌面渲染的所有功能。

module load ovito/3.16.1
python analysis.py

模块默认 OVITO_THREAD_COUNT=1，大型计算用yskit的1进程×56核模板，设置该变量为56后启动Python。用户脚本可以使用OVITO原生并行算法；如另开进程池，应重新分配每进程线程，避免56进程各启56线程。256原子FCC分类、配位数12及RDF导出通过。参考官方线程说明。

6.19 critic2#

固定正式tag1.4、commit897b033a9516c246d238543d75c51f769514ef13。该tag内VERSION实际为1.4.155且启动横幅带development，保留上游内容；这不是额外安装了另一份未知开发分支。Libcint tag6.1.2的库内部版本仍为6.1.1，同样按上游原样记录。

CMake源码构建，GNU Fortran/C Release覆盖为已批准的-O2。LAPACK/BLAS静态链接已有同编译器通用库；NLopt/Libxc/Libcint各自私有构建并写入运行库搜索路径。关闭GUI、tblite、libxtb及共享开发库，Libxc保留上游默认导数构建选项。不要混用其他软件的Fortran .mod 或Intel/GNU库。

module load critic2/1.4
critic2 input.cri output.cro

大型任务使用yskit的1进程×56线程模板。Gaussian格式化检查点文件在critic2中使用 .fchk 后缀；Multiwfn接受的 .fch 后缀不能直接假定被critic2自动识别。

官方nodata回归原始430/434通过：3项为等距邻居排列/代表原子选择差异，规范化比较通过；1项为当前Libxc功能目录与上游参考不同。原始失败不抹去，也不写成434全通过。另用水分子波函数验证：网格积分10.00007096电子，Libcint积分10.0000000097电子，Libxc积分和HF能量计算正常，程序0警告结束。详细原始差异与数值在安装记录中保留。

6.20 Bader#

这是独立公共Bader安装，与qvasp内附的旧bader.x分别管理。源码无OpenMP指令，不支持用MPI并行计算一次密度积分；不要简单写成56份相同命令。

module load bader/1.05
bader CHGCAR -ref CHGCAR_sum

CHGCAR_sum须来自用户正确准备的全电子参考密度，不能凭文件名推断其物理内容。小型串行后处理可在login01运行，未提供假并行Slurm模板。验收重新计算已有qvasp金刚石DFT电荷密度，ACF与参考逐字一致，两原子电子数3.986027和4.013975，总电子数8。

5.30 py4vasp#

py4vasp 读取 VASP 的 vaspout.h5，不会替代 VASP 可执行程序。环境包含 h5py 3.16.0、NumPy 2.4.6、Plotly 7.1.0、nglview 4.0.1、ASE 3.29.0；完整锁定清单见 pip freeze（详见对应公共安装说明）。h5py 自带 HDF5 2.0.0 用于独立 Python 分析进程，VASP 链接的私有 Fortran HDF5 为 1.14.6，两者职责不同。

module load py4vasp/0.11.3
python - <<'PY'
import py4vasp
calculation = py4vasp.Calculation.from_path('.')
print(calculation.energy.read())
print(calculation.force.read()['forces'])
print(calculation.structure.read())
calculation.energy.to_graph().to_plotly().write_html('energy.html')
PY

在有 vaspout.h5 的算例目录运行；也可将 '.' 改为结果目录路径。生成的 HTML 下载后可在浏览器中查看。不要把 py4vasp 安装到 DeePMD 等计算环境，也不要同时加载多个公共科学 Python 环境。已检查依赖、导入及真实五版 VASP 结果读取、Plotly 图构造；需要浏览器的静态 PNG/PDF 导出尚未配置。说明与原始验证见 py4vasp 记录（详见对应公共安装说明）。

6.21 VTST scripts#

提供 NEB 插值和能垒后处理、dimer/动力学矩阵辅助、结构转换、电荷密度及 DOS 工具。1040 是脚本包修订号，与 VASP 内置 VTST 代码 revision 214 分别管理。所有平台共用这套脚本，小型准备和后处理可在 login01 运行；计算仍选择匹配的 VASP 功能构建并使用其 Slurm 模板。

module load vtstscripts/1040
nebmake.pl POSCAR.initial POSCAR.final 5
dist.pl POSCAR.initial POSCAR.final

这里的5表示五个中间图像，加端点共七个目录00至06。两个端点须保持元素和原子顺序匹配，检查插值路径是否合理。完成NEB后，端点目录也放入相应OUTCAR，再依次运行nebef.pl、nebbarrier.pl、nebspline.pl；后者读取neb.dat生成spline.dat、exts.dat和mep.eps。nebresults.pl会解压/重新压缩OUTCAR，先在工作副本中分析有保留要求的原数据。

module增加PATH/PERL5LIB并设置VTSTSCRIPTS_ROOT，不切换VASP或Conda环境。可选Python工具需要NumPy/ASE时加载ase/3.29.0，现有Python3.11.16/NumPy2.3.5/ASE3.29.0下nebmake.py ... -NOIDPP的线性插值已实际验证，默认IDPP未测试。25个Python文件中20个通过语法检查；con2xyz.py、pos2xyz.py、xyz2con.py、coverage.py含旧Python2语法，getangle.py缺右括号，保持上游原样，不能直接用于Python3。优先使用相应Perl工具；aselite中另有np.product旧API兼容限制，未宣称整个Python工具集完成移植。旧AKMC自动提交脚本未适配Slurm。

验收核对161个原始文件SHA不变、111个Perl及13个Shell语法、五图像坐标、3Å距离、归一化模式向量、POSCAR→CON→XYZ转换、解析1eV能垒的样条与EPS图；login01普通用户模块发现/加载/卸载、与VASP模块共存及Python线性插值通过，无VASP计算或作业提交。详情见公共使用说明（集群内文件：/public/software/vasp/vtstscripts/1040/README.cluster.md）和部署记录（详见对应公共安装说明），用途与参数见官方脚本说明。

6.22 vasptool#

vasptool 用于VASP输入准备、结构处理和计算结果分析。本集群将上传的本地集成包修复后部署，版本、路径和模块统一采用管理员指定的 1.5.2；它与现有VASPKIT1.3.5、qvasp分别保留。

上传原包名为1.5.2-local-r5，由既有修改的1.5.1常规内核、1.5.2扩展内核和Python前端组成。未提供完整Fortran科学源码，原编译器及优化选项不能据此推定；本轮未改动科学ELF。新增修复保留Python源码和补丁，运行环境位于/public/toolkit/miniconda3/envs/vasptool-1.5.2。Conda使用清华conda-forge镜像，科学包按已验证的版本锁使用清华PyPI wheel安装，不混用其他科学软件环境，也不需要加载VASP编译器或MPI模块来启动vasptool。

module load vasptool/1.5.2
vasptool --version
vasptool --show-config
vasptool                         # 交互菜单，在自己的工作目录运行
vasptool --lang en               # 仅本次使用英文；菜单99可保存语言偏好
vasptool -task 257               # 示例：按提示分析匹配的投影能带输入

无需初始化即可使用公共配置：PBE/LDA指向现有/public/software/vasp/potcar/version64/{PBE,LDA}；没有公共PW91库。若已有~/.vaspkit，程序优先读取个人整份配置，不覆盖、不逐键合并。先用--show-config确认来源；旧配置中的Python、utilities、势库和PBS提交项需要在自己的副本中检查。个人配置可参考/public/software/vasptool/1.5.2/bin/.vaspkit，已有文件请先自行备份。

本轮重点修复：320电荷/磁化网格与PAW扩胞，257匹配同一PROCAR状态的能量/投影和k路径，110按原子投影计算IPR，u1振动热修正、u2 Bader结果转PQR的Python3兼容，109 Slurm模板和实际提交退出码，917路径元数据检查，以及202/509的错误解释或数值显示。IPR是所选原子投影子空间的指标，零投影态单列未定义；u1只含振动项；u2默认N_Bader−ZVAL电子增量，vasptool u2 --net-charge改用净电荷符号。320输出是原周期密度的超胞表示，不能当作重新自洽的计算。

109在缺少job.sh时生成现有VASP6.6.1普通CPU/8173m模板，56MPI×1；不覆盖已有脚本，确认后才调用sbatch job.sh。提交前检查分区、VASP分支和输入；其他版本/P100/V100模板可用yskit选择。小型前后处理可在login01执行；大PROCAR、CHGCAR或FFT任务使用计算节点，8173m仍须申请总56CPU，不启动56份相同的串行后处理写同一文件。一般扩胞默认工作数组预算2GiB，可按实际已分配内存设置VASPTOOL_MAX_MEMORY_GB。

正式安装在login01普通用户下通过公共模块显式/默认加载、卸载恢复、个人配置优先级、原生库依赖和13项包回放；11个全新正式路径案例通过，关键科学输出与此前独立验证的候选一致。独立检查包含24480行投影能带、IPR、扩胞电荷和PAW、热修正及Bader符号。不表示187个入口全部获得科学认证：其他高级分支仍沿用原内核，503窗口/网格收敛敏感性及传统WAVECAR严格FFT约1.0056×10⁻⁵的开放偏差保留。详见安装说明（集群内文件：/public/software/vasptool/1.5.2/CLUSTER-CHANGES.md）和修复及验收记录（详见对应公共安装说明）。