VASPKIT版本、环境与算例准备

本专题默认使用 VASPKIT Standard 1.5.1。集群同时保留1.3.5；直接加载不带版本号的模块目前仍指向1.3.5，所以按本文显式选择版本。

1. 加载和切换#

module load vaspkit/1.5.1
vaspkit

看到开头的Standard Edition 1.5.1后再按教程输入。模块的family设置用于避免同一shell叠加两个VASPKIT模块。切换旧版时：

module unload vaspkit
module load vaspkit/1.3.5
vaspkit

VASPKIT是独立的预处理/后处理程序，并不要求它与VASP使用相同的编译器或MPI。集群这里使用上游发布的Linux预编译程序，未把它重新编译成特定GPU版。Python辅助脚本、自动绘图与Fortran程序本身是不同的依赖部分。

2. 两个版本共用个人配置#

两版都读取你自己的~/.vaspkit，不是每版一个独立配置目录。集群包装脚本只在文件不存在时初始化，已有配置不会被切换模块自动覆盖。默认配置中的赝势位置、Python程序和VASPKIT_UTILITIES_PATH因此可能保留为先使用的版本。

先查看相关字段：

grep -E 'UTILITIES_PATH|PYTHON_BIN|PBE_PATH|SYMPREC|SYMMETRY_TOLERANCE' ~/.vaspkit

若准备按1.5.1完成本专题，且需要恢复为该版的集群配置，可以先备份自己的文件，再选择使用该版模板：

cp -p ~/.vaspkit ~/.vaspkit.before-1.5.1
cp "$VASPKIT_ROOT/etc/vaspkit.conf" ~/.vaspkit

这两行会替换你的个人配置，之前自定义的绘图、赝势选择或脚本入口需按需合并；不要在另一个需要旧配置的VASPKIT进程仍运行时执行。备份文件名若已存在，请先换一个名字。完成后恢复原配置：

cp -p ~/.vaspkit.before-1.5.1 ~/.vaspkit

本专题实例没有替换集群公共安装，也没有批量改动用户配置。两版的一些结构菜单编号不同；SYMPREC与SYMMETRY_TOLERANCE等字段也应按目标版模板核对。

3. 打开资料包#

到专题导航下载实例包，进入解压后的目录：

cd vaspkit-examples
python3 prepare.py

prepare.py在本机读取已经安装的1.5.1官方examples，校验版本对应文件，再复制到你的例子目录；已有文件保留。公开下载只包含我们制作的脚本与可公开的计算/后处理材料，不重新分发VASPKIT程序或其官方原始示例。

103、104、108等赝势生成/检查任务需要有权限使用的POTCAR；108运行前可先在其目录输入103，生成与POSCAR元素顺序一致的本地赝势。普通结构和数据提取，进入对应目录即可运行。例如总态密度：

module load vaspkit/1.5.1
cd cases/111
vaspkit < answers.in
head TDOS.dat

answers.in只是逐行键盘输入，不是VASP的INCAR。你也可以输入vaspkit，看屏幕提示，依次输入正文列出的数字或文字。不同任务的“1”可能表示方向、原子选择方式或单位，不能脱离提示理解。

为了反复试参数而不覆盖例子，先复制该例子目录：

cp -r cases/111 my-dos
cd my-dos
vaspkit

大型电荷网格、波函数、长轨迹和搜索任务应放到申请的计算资源内运行；生产VASP计算仍通过Slurm提交。可从yskit选择适用的软件与资源，生成提交脚本，在脚本中运行所需命令。小型结构编辑和查看文本不需要重新运行VASP。

4. 新计算与波函数准备#

公开附件不包含POTCAR、WAVECAR或WAVEDER。普通文本数据的例子可直接后处理；波函数导出、空间LDOS、跃迁矩阵元和能带展开，需要你先产生自己的波函数文件。

calculations提供以下输入目录：

每个目录提供run.sh。这里P100示例使用VASP 6.5.1 GPU入口；原生声子例子使用VASP 6.6.1 CPU程序，脚本通过Slurm申请V100分区资源以复现本例的执行环境。请根据你有权限的分区选择脚本，不能在登录节点直接执行VASP。VASP各版工具链细节见版本说明。

以硅为例，先在自洽目录由有相应使用权限的用户准备PBE赝势：

cd calculations/si-scf
vaspkit

输入103，确认生成的赝势元素顺序与POSCAR一致。然后：

sbatch run.sh

等待作业结束，并检查电子收敛及OUTCAR末尾是否完整。自洽确实完成后：

cp CHGCAR ../si-line-band/
cp POTCAR ../si-line-band/
cd ../si-line-band
sbatch run.sh

si-line-band/INCAR使用ICHARG=11读取自洽电荷，LORBIT=11保存投影，LWAVE=.TRUE.保存波函数，LOPTICS=.TRUE.产生光学矩阵元。线模式采样适合能带与沿路径矩阵元演示，不是收敛光学谱的布里渊区积分网格。

任务完成后，从附件根目录为相应例子补齐文件：

cp calculations/si-line-band/WAVECAR cases/713/
cp calculations/si-line-band/WAVEDER cases/714/

换自己的ENCUT、网格或NBANDS时，要把该次的POSCAR、INCAR、KPOINTS、DOSCAR、EIGENVAL和投影文件一并更新，不能仅替换WAVECAR而留下旧能带索引。Cu的123/125同理从cu-fermi复制WAVECAR；石墨烯282–285从graphene-unfold复制WAVECAR并保留对应映射表。

511/512/515/516使用既有NaCl例子的波函数。自己重算时可参考电荷与成键中的完整VASP流程；不要使用硅或铜波函数搭配NaCl POSCAR。当前124/126/513等边界请直接看对应教程，不建议反复重算试图掩盖程序兼容问题。

5. 弹性与堆垛扫描怎样衔接#

cases/200、cases/201和cases/926保留本次计算的结果。查看已完成结果时直接使用目录中的answers.in。自己重新建模，应复制目录到新位置，再把INPUT.in第一行从2改为1；此时工具执行生成结构阶段。不要在已有同名子目录的地方期待它自动重建。

金刚石201的五点能量—应变设置为：

1
3D
5
-0.01 -0.005 0.00 0.005 0.01

运行201后，在各应变子目录准备合法POTCAR，使用yskit生成VASP提交脚本并提交。固定离子示例采用IBRION=-1、NSW=0；若要离子松弛弹性常数，需改成保持形变晶胞、仅松弛原子的计算，并在所有应变点保持一致。

等全部子目录完成后，把第一行改回2，回到父目录执行：

vaspkit

输入201，得到ELASTIC_TENSOR。同理926生成阶段选择上层原子2、3，完成4个VASP子目录后切到模式2，再输入926及1 1显示一份周期网格。完整示例见二维材料。

6. 如何画图#

本专题的11张数据图均来自附件数据。回到附件根目录：

module load phonopy/4.8.3
python plot.py

图片出现在figures目录。该模块仅提供这里需要的Python、NumPy和Matplotlib，不改变VASPKIT提取的数据。若只想画一条曲线，也可以将DAT文件导入Origin，先按表头识别单位与能量零点；二维GRD数据必须同时读取对应X/Y网格，不能当成简单两列表。

7. 最常见的问题#

• 找不到文件：先执行pwd和ls，确认位于对应例子目录，且已经运行prepare.py。
• 运行时要求更多输入：检查answers.in是否属于当前版本；换版本后菜单编号可能改变。
• 只有数据没有图片：多数菜单主要输出数据，自动绘图还依赖个人配置和Python辅助脚本；也可使用附件的plot.py。
• 输出全零、NaN或不完整：先检查是否选了0帧、空原子集合、错误能带范围或不匹配波函数；不能仅以程序退出码判断科学结果。
• 自己计算得到的数值不同：核对结构、赝势、VASP版本、网格、ENCUT、NBANDS、展宽、能量参照与选择范围，再比较数值。