VASPKIT:声子色散与元素投影
先用支持声子色散输出的VASP版本写出频率与本征矢,再由VASPKIT提取。硅原胞小例子演示文件衔接;研究长程力常数时应增大超胞并检查声学和规则。
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先用支持声子色散输出的VASP版本写出频率与本征矢,再由VASPKIT提取。硅原胞小例子演示文件衔接;研究长程力常数时应增大超胞并检查声学和规则。
先准备示例#
下载输入、后处理数据与绘图脚本,解压后进入目录:
unzip vaspkit-examples-*.zip
cd vaspkit-examples
python3 prepare.py
module load vaspkit/1.5.1
prepare.py从集群安装的官方examples复制需要的原始示例;附件本身不转发这些分发文件。每个功能的目录独立,下面的cd cases/...均从附件根目录开始。完成一个功能后可用cd ../..回到根目录。
本例结果图#

图由实际导出的数据绘制。附件根目录执行module load phonopy/4.8.3,再执行python plot.py可重画;此模块提供绘图所需的Python环境。
主要例子的文件#
本专题在集群计算/建立的 si-phonon 模型。
POSCAR#
Si
1.0000000000000000
0.0000000000000000 2.7344629562984917 2.7344629562984917
2.7344629562984917 0.0000000000000000 2.7344629562984917
2.7344629562984917 2.7344629562984917 0.0000000000000000
Si
2
Direct
0.0000000000000000 0.0000000000000000 -0.0000000000000000
0.2500000000000000 0.2500000000000000 0.2500000000000000
INCAR#
ENCUT=400
EDIFF=1E-6
EDIFFG=-0.02
PREC=Accurate
ISMEAR=0
SIGMA=0.05
LREAL=.FALSE.
IBRION=6
NSW=1
ISIF=3
LPHON_DISPERSION=.TRUE.
PHON_NWRITE=-3
LWAVE=.FALSE.
LCHARG=.FALSE.
完整的配套文件通过附件和prepare.py准备。若本功能需要WAVECAR/WAVEDER,先按新计算与波函数准备运行自己的VASP,不使用其他体系的波函数代替。
各功能操作#
952 · 声子色散#
选择1输出THz;VASP本例必须用PHON_NWRITE=-3输出本征矢,才能继续953–955投影。
实例来源:本专题在集群计算/建立的 si-phonon 模型。
在附件根目录执行:
cd cases/952
vaspkit < answers.in
answers.in实际内容如下,每行对应一次输入;也可运行vaspkit后逐行手动键入。
952
1
目录中的主要配套文件:INCAR、KPOINTS、OUTCAR、POSCAR、QPOINTS、TRANSMAT.in。
本次得到:KLABELS、PHONON_BAND.dat、REFORMATTED_PHONON_BAND.dat。原始输入与结果保持在同一例子目录;表格文件先查看首行列名,再选择横纵轴。
本例输出摘要(数值仅对应上述输入):
1) THz
2) cm^-1
3) meV
953 · 元素投影声子#
按下面顺序输入;原子编号从1开始,元素名与当前POSCAR一致。更换体系时先核对所需的文件和编号。
实例来源:本专题在集群计算/建立的 si-phonon 模型。
在附件根目录执行:
cd cases/953
vaspkit < answers.in
answers.in实际内容如下,每行对应一次输入;也可运行vaspkit后逐行手动键入。
953
1
目录中的主要配套文件:INCAR、KPOINTS、OUTCAR、POSCAR、QPOINTS、TRANSMAT.in。
本次得到:KLABELS、PHONON_PBAND_Si.dat。原始输入与结果保持在同一例子目录;表格文件先查看首行列名,再选择横纵轴。
本例输出摘要(数值仅对应上述输入):
1) THz
2) cm^-1
3) meV
954 · 原子投影声子#
按下面顺序输入;原子编号从1开始,元素名与当前POSCAR一致。更换体系时先核对所需的文件和编号。
实例来源:本专题在集群计算/建立的 si-phonon 模型。
在附件根目录执行:
cd cases/954
vaspkit < answers.in
answers.in实际内容如下,每行对应一次输入;也可运行vaspkit后逐行手动键入。
954
1
1
all
目录中的主要配套文件:INCAR、KPOINTS、OUTCAR、POSCAR、QPOINTS、TRANSMAT.in。
本次得到:KLABELS、PHONON_PBAND.dat。原始输入与结果保持在同一例子目录;表格文件先查看首行列名,再选择横纵轴。
本例输出摘要(数值仅对应上述输入):
1) THz
2) cm^-1
3) meV
955 · 元素权重声子#
按下面顺序输入;原子编号从1开始,元素名与当前POSCAR一致。更换体系时先核对所需的文件和编号。
实例来源:本专题在集群计算/建立的 si-phonon 模型。
在附件根目录执行:
cd cases/955
vaspkit < answers.in
answers.in实际内容如下,每行对应一次输入;也可运行vaspkit后逐行手动键入。
955
1
目录中的主要配套文件:INCAR、KPOINTS、OUTCAR、POSCAR、QPOINTS、TRANSMAT.in。
本次得到:KLABELS、PHONON_PBAND_ELEMENTS.dat。原始输入与结果保持在同一例子目录;表格文件先查看首行列名,再选择横纵轴。
本例输出摘要(数值仅对应上述输入):
1) THz
2) cm^-1
3) meV
换成自己的体系#
先复制一份计算目录,确认POSCAR、INCAR、KPOINTS和各结果来自同一计算,再运行所需菜单。涉及静态、优化或声子等前置VASP任务,先完成计算再后处理;VASPKIT不会替代这些计算。保留结构、输入参数、工具版本和提取后的数据,后续改图时不必反复重算。
方法参考:VASPKIT官方教程;菜单与交互输入以本专题实际使用的安装版本为准。使用结果开展研究时引用VASPKIT论文。