VASPKIT:晶体与分子对称性
空间群依赖晶胞、原点和容差。先识别对称性,再决定是否转换原胞或常规胞;磁性、缺陷和有意施加的应变不应盲目对称化。
阅读本篇目录
空间群依赖晶胞、原点和容差。先识别对称性,再决定是否转换原胞或常规胞;磁性、缺陷和有意施加的应变不应盲目对称化。
先准备示例#
下载输入、后处理数据与绘图脚本,解压后进入目录:
unzip vaspkit-examples-*.zip
cd vaspkit-examples
python3 prepare.py
module load vaspkit/1.5.1
prepare.py从集群安装的官方examples复制需要的原始示例;附件本身不转发这些分发文件。每个功能的目录独立,下面的cd cases/...均从附件根目录开始。完成一个功能后可用cd ../..回到根目录。
主要例子的文件#
安装包示例 seek_kpath/GaAs_bulk,在集群重新执行本功能;不是本轮重新进行全部上游VASP计算。
完整的配套文件通过附件和prepare.py准备。若本功能需要WAVECAR/WAVEDER,先按新计算与波函数准备运行自己的VASP,不使用其他体系的波函数代替。
各功能操作#
601 · 晶体对称性#
按下面顺序输入;原子编号从1开始,元素名与当前POSCAR一致。更换体系时先核对所需的文件和编号。
实例来源:安装包示例 seek_kpath/GaAs_bulk,在集群重新执行本功能;不是本轮重新进行全部上游VASP计算。
在附件根目录执行:
cd cases/601
vaspkit < answers.in
answers.in实际内容如下,每行对应一次输入;也可运行vaspkit后逐行手动键入。
601
目录中的主要配套文件:KPATH.in、POSCAR。
本例输出摘要(数值仅对应上述输入):
Total Atoms: 8
Full Formula Unit: As4Ga4
Crystal Class: -43m
Lattice Constants: 5.654 5.654 5.654
Lattice Angles: 90.00 90.00 90.00
Volume: 180.717
Density (g/cm3): 5.316
Space Group Number: 216
Point Group: 31 [ Td ]
International: F-43m
Symmetry Operations: 96
Symmetry Accuracy: 1.0E-05
602 · 寻找原胞#
按下面顺序输入;原子编号从1开始,元素名与当前POSCAR一致。更换体系时先核对所需的文件和编号。
实例来源:安装包示例 seek_kpath/GaAs_bulk,在集群重新执行本功能;不是本轮重新进行全部上游VASP计算。
在附件根目录执行:
cd cases/602
vaspkit < answers.in
answers.in实际内容如下,每行对应一次输入;也可运行vaspkit后逐行手动键入。
602
目录中的主要配套文件:KPATH.in、POSCAR。
本次得到:PRIMCELL.vasp。原始输入与结果保持在同一例子目录;表格文件先查看首行列名,再选择横纵轴。
本例输出摘要(数值仅对应上述输入):
Total Atoms in Primitive Cell: 2
Lattice Constants in Primitive Cell: 3.998 3.998 3.998
Lattice Angles in Primitive Cell: 60.000 60.000 60.000
Crystal Class: -43m
Space Group Number: 216
Point Group: 31 [ Td ]
International: F-43m
Symmetry Operations: 96
603 · 寻找常规胞#
按下面顺序输入;原子编号从1开始,元素名与当前POSCAR一致。更换体系时先核对所需的文件和编号。
实例来源:安装包示例 seek_kpath/GaAs_bulk,在集群重新执行本功能;不是本轮重新进行全部上游VASP计算。
在附件根目录执行:
cd cases/603
vaspkit < answers.in
answers.in实际内容如下,每行对应一次输入;也可运行vaspkit后逐行手动键入。
603
目录中的主要配套文件:KPATH.in、POSCAR。
本次得到:CONVCELL.vasp。原始输入与结果保持在同一例子目录;表格文件先查看首行列名,再选择横纵轴。
本例输出摘要(数值仅对应上述输入):
Lattice Constants in Conventional Cell: 5.469 5.469 5.469
Lattice Angles in Conventional Cell: 90.000 90.000 90.000
Crystal Class: m-3m
Space Group Number: 227
Point Group: 32 [ Oh ]
International: Fd-3m
Symmetry Operations: 48
604 · 等价原子#
按下面顺序输入;原子编号从1开始,元素名与当前POSCAR一致。更换体系时先核对所需的文件和编号。
实例来源:安装包示例 seek_kpath/GaAs_bulk,在集群重新执行本功能;不是本轮重新进行全部上游VASP计算。
在附件根目录执行:
cd cases/604
vaspkit < answers.in
answers.in实际内容如下,每行对应一次输入;也可运行vaspkit后逐行手动键入。
604
目录中的主要配套文件:KPATH.in、POSCAR。
本例输出摘要(数值仅对应上述输入):
Full Formula Unit: As4Ga4
Total Atoms: 8
Lattice Constants: 5.654 5.654 5.654
Lattice Angles: 90.00 90.00 90.00
Space Group Number: 216
International: F-43m
Symmetry Operations: 96
Symmetry Accuracy: 1.0E-05
Non-Equivalent Atoms: [As] 1
Non-Equivalent Atoms: [Ga] 1
608 · 优化结构对称性#
按下面顺序输入;原子编号从1开始,元素名与当前POSCAR一致。更换体系时先核对所需的文件和编号。
实例来源:安装包示例 seek_kpath/GaAs_bulk,在集群重新执行本功能;不是本轮重新进行全部上游VASP计算。
在附件根目录执行:
cd cases/608
vaspkit < answers.in
answers.in实际内容如下,每行对应一次输入;也可运行vaspkit后逐行手动键入。
608
目录中的主要配套文件:KPATH.in、POSCAR。
本例输出摘要(数值仅对应上述输入):
Total Atoms: 8
Full Formula Unit: As4Ga4
Crystal Class: -43m
Lattice Constants: 5.654 5.654 5.654
Lattice Angles: 90.00 90.00 90.00
Volume: 180.717
Density (g/cm3): 5.316
Space Group Number: 216
Point Group: 31 [ Td ]
International: F-43m
Symmetry Operations: 96
Symmetry Accuracy: 1.0E-05
609 · 分子点群#
按下面顺序输入;原子编号从1开始,元素名与当前POSCAR一致。更换体系时先核对所需的文件和编号。
实例来源:安装包示例 thermo_correction/ethanol,在集群重新执行本功能;不是本轮重新进行全部上游VASP计算。
在附件根目录执行:
cd cases/609
vaspkit < answers.in
answers.in实际内容如下,每行对应一次输入;也可运行vaspkit后逐行手动键入。
609
目录中的主要配套文件:CONTCAR、INCAR、KPOINTS、OUTCAR、POSCAR。
本例输出摘要(数值仅对应上述输入):
Prototype: AB2C6
Total Atoms: 9
换成自己的体系#
先复制一份计算目录,确认POSCAR、INCAR、KPOINTS和各结果来自同一计算,再运行所需菜单。涉及静态、优化或声子等前置VASP任务,先完成计算再后处理;VASPKIT不会替代这些计算。保留结构、输入参数、工具版本和提取后的数据,后续改图时不必反复重算。
方法参考:VASPKIT官方教程;菜单与交互输入以本专题实际使用的安装版本为准。使用结果开展研究时引用VASPKIT论文。