VASPKIT:1.3.5旧版入口与版本差异
旧版教程里的数字不能直接搬到1.5.1。这里保留1.3.5独有的格式转换实例,生成的其他软件输入仍需补齐该软件自己的赝势、基组和收敛参数。
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旧版教程里的数字不能直接搬到1.5.1。这里保留1.3.5独有的格式转换实例,生成的其他软件输入仍需补齐该软件自己的赝势、基组和收敛参数。
先准备示例#
下载输入、后处理数据与绘图脚本,解压后进入目录:
unzip vaspkit-examples-*.zip
cd vaspkit-examples
python3 prepare.py
module load vaspkit/1.3.5
prepare.py从集群安装的官方examples复制需要的原始示例;附件本身不转发这些分发文件。每个功能的目录独立,下面的cd cases/...均从附件根目录开始。完成一个功能后可用cd ../..回到根目录。
主要例子的文件#
安装包示例 seek_kpath/GaAs_bulk,在集群重新执行本功能;不是本轮重新进行全部上游VASP计算。
POSCAR#
Si
1.0000000000000000
0.0000000000000000 2.7344629562984917 2.7344629562984917
2.7344629562984917 0.0000000000000000 2.7344629562984917
2.7344629562984917 2.7344629562984917 0.0000000000000000
Si
2
Direct
0.0000000000000000 0.0000000000000000 -0.0000000000000000
0.2500000000000000 0.2500000000000000 0.2500000000000000
完整的配套文件通过附件和prepare.py准备。若本功能需要WAVECAR/WAVEDER,先按新计算与波函数准备运行自己的VASP,不使用其他体系的波函数代替。
各功能操作#
old-410 · CP2K输入#
按下面顺序输入;原子编号从1开始,元素名与当前POSCAR一致。更换体系时先核对所需的文件和编号。
实例来源:安装包示例 seek_kpath/GaAs_bulk,在集群重新执行本功能;不是本轮重新进行全部上游VASP计算。
在附件根目录执行:
cd cases/old-410
vaspkit < answers.in
answers.in实际内容如下,每行对应一次输入;也可运行vaspkit后逐行手动键入。
410
1
目录中的主要配套文件:KPOINTS、POSCAR。
本次得到:cp2k.inp。原始输入与结果保持在同一例子目录;表格文件先查看首行列名,再选择横纵轴。
本例输出摘要(数值仅对应上述输入):
1) POSCAR
2) CONTCAR
3) Specified Structure File
old-411 · 转笛卡尔坐标#
按下面顺序输入;原子编号从1开始,元素名与当前POSCAR一致。更换体系时先核对所需的文件和编号。
实例来源:安装包示例 seek_kpath/GaAs_bulk,在集群重新执行本功能;不是本轮重新进行全部上游VASP计算。
在附件根目录执行:
cd cases/old-411
vaspkit < answers.in
answers.in实际内容如下,每行对应一次输入;也可运行vaspkit后逐行手动键入。
411
1
目录中的主要配套文件:POSCAR。
本次得到:POSCAR、POSCAR_REV。原始输入与结果保持在同一例子目录;表格文件先查看首行列名,再选择横纵轴。
本例输出摘要(数值仅对应上述输入):
1) POSCAR
2) CONTCAR
3) Specified Structure File
old-412 · 转分数坐标#
按下面顺序输入;原子编号从1开始,元素名与当前POSCAR一致。更换体系时先核对所需的文件和编号。
实例来源:安装包示例 seek_kpath/GaAs_bulk,在集群重新执行本功能;不是本轮重新进行全部上游VASP计算。
在附件根目录执行:
cd cases/old-412
vaspkit < answers.in
answers.in实际内容如下,每行对应一次输入;也可运行vaspkit后逐行手动键入。
412
1
目录中的主要配套文件:POSCAR。
本次得到:POSCAR、POSCAR_REV。原始输入与结果保持在同一例子目录;表格文件先查看首行列名,再选择横纵轴。
本例输出摘要(数值仅对应上述输入):
1) POSCAR
2) CONTCAR
3) Specified Structure File
old-413 · CIF导出#
按下面顺序输入;原子编号从1开始,元素名与当前POSCAR一致。更换体系时先核对所需的文件和编号。
实例来源:安装包示例 seek_kpath/GaAs_bulk,在集群重新执行本功能;不是本轮重新进行全部上游VASP计算。
在附件根目录执行:
cd cases/old-413
vaspkit < answers.in
answers.in实际内容如下,每行对应一次输入;也可运行vaspkit后逐行手动键入。
413
1
目录中的主要配套文件:POSCAR。
本次得到:POSCAR、POSCAR.cif。原始输入与结果保持在同一例子目录;表格文件先查看首行列名,再选择横纵轴。
本例输出摘要(数值仅对应上述输入):
1) POSCAR
2) CONTCAR
3) Specified Structure File
old-414 · ATAT晶格输入#
按下面顺序输入;原子编号从1开始,元素名与当前POSCAR一致。更换体系时先核对所需的文件和编号。
实例来源:安装包示例 seek_kpath/GaAs_bulk,在集群重新执行本功能;不是本轮重新进行全部上游VASP计算。
在附件根目录执行:
cd cases/old-414
vaspkit < answers.in
answers.in实际内容如下,每行对应一次输入;也可运行vaspkit后逐行手动键入。
414
1
目录中的主要配套文件:POSCAR。
本次得到:lat.in。原始输入与结果保持在同一例子目录;表格文件先查看首行列名,再选择横纵轴。
本例输出摘要(数值仅对应上述输入):
1) POSCAR
2) CONTCAR
3) Specified Structure File
old-415 · XSF导出#
按下面顺序输入;原子编号从1开始,元素名与当前POSCAR一致。更换体系时先核对所需的文件和编号。
实例来源:安装包示例 seek_kpath/GaAs_bulk,在集群重新执行本功能;不是本轮重新进行全部上游VASP计算。
在附件根目录执行:
cd cases/old-415
vaspkit < answers.in
answers.in实际内容如下,每行对应一次输入;也可运行vaspkit后逐行手动键入。
415
1
目录中的主要配套文件:POSCAR。
本次得到:POSCAR、POSCAR.xsf。原始输入与结果保持在同一例子目录;表格文件先查看首行列名,再选择横纵轴。
本例输出摘要(数值仅对应上述输入):
1) POSCAR
2) CONTCAR
3) Specified Structure File
old-416 · Quantum ESPRESSO输入#
按下面顺序输入;原子编号从1开始,元素名与当前POSCAR一致。更换体系时先核对所需的文件和编号。
实例来源:安装包示例 seek_kpath/GaAs_bulk,在集群重新执行本功能;不是本轮重新进行全部上游VASP计算。
在附件根目录执行:
cd cases/old-416
vaspkit < answers.in
answers.in实际内容如下,每行对应一次输入;也可运行vaspkit后逐行手动键入。
416
1
目录中的主要配套文件:KPOINTS、POSCAR。
本次得到:pwscf.in。原始输入与结果保持在同一例子目录;表格文件先查看首行列名,再选择横纵轴。
本例输出摘要(数值仅对应上述输入):
1) POSCAR
2) CONTCAR
3) Specified Structure File
old-417 · Elk输入#
按下面顺序输入;原子编号从1开始,元素名与当前POSCAR一致。更换体系时先核对所需的文件和编号。
实例来源:安装包示例 seek_kpath/GaAs_bulk,在集群重新执行本功能;不是本轮重新进行全部上游VASP计算。
在附件根目录执行:
cd cases/old-417
vaspkit < answers.in
answers.in实际内容如下,每行对应一次输入;也可运行vaspkit后逐行手动键入。
417
1
目录中的主要配套文件:KPOINTS、POSCAR。
本次得到:elk.in。原始输入与结果保持在同一例子目录;表格文件先查看首行列名,再选择横纵轴。
本例输出摘要(数值仅对应上述输入):
1) POSCAR
2) CONTCAR
3) Specified Structure File
old-418 · SIESTA结构输入#
按下面顺序输入;原子编号从1开始,元素名与当前POSCAR一致。更换体系时先核对所需的文件和编号。
实例来源:安装包示例 seek_kpath/GaAs_bulk,在集群重新执行本功能;不是本轮重新进行全部上游VASP计算。
在附件根目录执行:
cd cases/old-418
vaspkit < answers.in
answers.in实际内容如下,每行对应一次输入;也可运行vaspkit后逐行手动键入。
418
1
目录中的主要配套文件:KPOINTS、POSCAR。
本次得到:POSCAR、POSCAR.fdf。原始输入与结果保持在同一例子目录;表格文件先查看首行列名,再选择横纵轴。
本例输出摘要(数值仅对应上述输入):
1) POSCAR
2) CONTCAR
3) Specified Structure File
old-419 · PDB导出#
按下面顺序输入;原子编号从1开始,元素名与当前POSCAR一致。更换体系时先核对所需的文件和编号。
实例来源:安装包示例 seek_kpath/GaAs_bulk,在集群重新执行本功能;不是本轮重新进行全部上游VASP计算。
在附件根目录执行:
cd cases/old-419
vaspkit < answers.in
answers.in实际内容如下,每行对应一次输入;也可运行vaspkit后逐行手动键入。
419
1
目录中的主要配套文件:POSCAR。
本次得到:POSCAR、POSCAR.pdb。原始输入与结果保持在同一例子目录;表格文件先查看首行列名,再选择横纵轴。
本例输出摘要(数值仅对应上述输入):
1) POSCAR
2) CONTCAR
3) Specified Structure File
old-603 · 常规晶胞#
按下面顺序输入;原子编号从1开始,元素名与当前POSCAR一致。更换体系时先核对所需的文件和编号。
实例来源:安装包示例 seek_kpath/GaAs_bulk,在集群重新执行本功能;不是本轮重新进行全部上游VASP计算。
在附件根目录执行:
cd cases/old-603
vaspkit < answers.in
answers.in实际内容如下,每行对应一次输入;也可运行vaspkit后逐行手动键入。
603
目录中的主要配套文件:POSCAR。
本次得到:CONVCELL.vasp。原始输入与结果保持在同一例子目录;表格文件先查看首行列名,再选择横纵轴。
本例输出摘要(数值仅对应上述输入):
Lattice Constants in Conventional Cell: 5.469 5.469 5.469
Lattice Angles in Conventional Cell: 90.000 90.000 90.000
Crystal Class: m-3m
Space Group: 227
Point Group: 32 [ Oh ]
International: Fd-3m
Symmetry Operations: 48
old-513 · 旧版宇称入口#
按下面顺序输入;原子编号从1开始,元素名与当前POSCAR一致。更换体系时先核对所需的文件和编号。
这是实验性入口;本例波函数在当前程序中出现平面波数不匹配,不能据此判断宇称或拓扑。请参考本站VASP能带不可约表示教程,用经过波函数格式核对的IrRep流程。
本例未提供可直接采用的原生结果。
old-917 · 旧版速度入口#
按下面顺序输入;原子编号从1开始,元素名与当前POSCAR一致。更换体系时先核对所需的文件和编号。
本例当前程序产生额外异常路径并中断,部分写出的速度数值不作为结果使用。有效质量示例912可正常运行;速度分析应在核对路径单位后由局部能带斜率计算v=(1/ħ)dE/dk。
本例未提供可直接采用的原生结果。
换成自己的体系#
先复制一份计算目录,确认POSCAR、INCAR、KPOINTS和各结果来自同一计算,再运行所需菜单。涉及静态、优化或声子等前置VASP任务,先完成计算再后处理;VASPKIT不会替代这些计算。保留结构、输入参数、工具版本和提取后的数据,后续改图时不必反复重算。
方法参考:VASPKIT官方教程;菜单与交互输入以本专题实际使用的安装版本为准。使用结果开展研究时引用VASPKIT论文。