VASPKIT:超胞能带展开
展开把超胞本征态投影回参考原胞的倒空间。先确定原胞、超胞和变换矩阵,再生成映射k点;结构、矩阵和波函数必须来自同一套计算。
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展开把超胞本征态投影回参考原胞的倒空间。先确定原胞、超胞和变换矩阵,再生成映射k点;结构、矩阵和波函数必须来自同一套计算。
先准备示例#
下载输入、后处理数据与绘图脚本,解压后进入目录:
unzip vaspkit-examples-*.zip
cd vaspkit-examples
python3 prepare.py
module load vaspkit/1.5.1
prepare.py从集群安装的官方examples复制需要的原始示例;附件本身不转发这些分发文件。每个功能的目录独立,下面的cd cases/...均从附件根目录开始。完成一个功能后可用cd ../..回到根目录。
本例结果图#

图由实际导出的数据绘制。附件根目录执行module load phonopy/4.8.3,再执行python plot.py可重画;此模块提供绘图所需的Python环境。
主要例子的文件#
本专题在集群计算/建立的 graphene-unfold 模型。
INCAR#
ENCUT=450
EDIFF=1E-6
EDIFFG=-0.02
PREC=Accurate
ISMEAR=0
SIGMA=0.05
LREAL=.FALSE.
IBRION=-1
NSW=0
LORBIT=11
LWAVE=.TRUE.
LCHARG=.TRUE.
ALGO=Normal
ISYM=0
KPOINTS#
0.080 5 3 1 6 0.080 49 3 21 18 10 # Parameters to Generate KPOINTS (Do NOT Edit This Line)
55
Reciprocal lattice
0.00000000000000 0.00000000000000 0.00000000000000 1
0.20000000000000 0.00000000000000 0.00000000000000 2
0.40000000000000 0.00000000000000 0.00000000000000 2
0.00000000000000 0.33333333333333 0.00000000000000 2
0.20000000000000 0.33333333333333 0.00000000000000 4
0.40000000000000 0.33333333333333 0.00000000000000 4
0.33333333333000 -0.00000000001000 0.00000000000000 0
0.31666666666350 -0.05000000000950 0.00000000000000 0
0.29999999999700 -0.10000000000900 0.00000000000000 0
0.28333333333050 -0.15000000000850 0.00000000000000 0
0.26666666666400 -0.20000000000800 0.00000000000000 0
0.24999999999750 -0.25000000000750 0.00000000000000 0
0.23333333333100 -0.30000000000700 0.00000000000000 0
0.21666666666450 -0.35000000000650 0.00000000000000 0
0.19999999999800 -0.40000000000600 0.00000000000000 0
0.18333333333150 -0.45000000000550 0.00000000000000 0
0.16666666666500 0.49999999999500 0.00000000000000 0
0.14999999999850 0.44999999999550 0.00000000000000 0
0.13333333333200 0.39999999999600 0.00000000000000 0
0.11666666666550 0.34999999999650 0.00000000000000 0
0.09999999999900 0.29999999999700 0.00000000000000 0
0.08333333333250 0.24999999999750 0.00000000000000 0
0.06666666666600 0.19999999999800 0.00000000000000 0
0.04999999999950 0.14999999999850 0.00000000000000 0
0.03333333333300 0.09999999999900 0.00000000000000 0
0.01666666666650 0.04999999999950 0.00000000000000 0
0.00000000000000 0.00000000000000 0.00000000000000 0
0.00000000000000 0.00000000000000 0.00000000000000 0
0.00000000000000 0.05882352941176 0.00000000000000 0
0.00000000000000 0.11764705882353 0.00000000000000 0
0.00000000000000 0.17647058823529 0.00000000000000 0
0.00000000000000 0.23529411764706 0.00000000000000 0
0.00000000000000 0.29411764705882 0.00000000000000 0
0.00000000000000 0.35294117647059 0.00000000000000 0
0.00000000000000 0.41176470588235 0.00000000000000 0
0.00000000000000 0.47058823529412 0.00000000000000 0
0.00000000000000 -0.47058823529412 0.00000000000000 0
0.00000000000000 -0.41176470588235 0.00000000000000 0
0.00000000000000 -0.35294117647059 0.00000000000000 0
0.00000000000000 -0.29411764705882 0.00000000000000 0
0.00000000000000 -0.23529411764706 0.00000000000000 0
0.00000000000000 -0.17647058823529 0.00000000000000 0
0.00000000000000 -0.11764705882353 0.00000000000000 0
0.00000000000000 -0.05882352941176 0.00000000000000 0
0.00000000000000 0.00000000000000 0.00000000000000 0
0.00000000000000 0.00000000000000 0.00000000000000 0
0.03703703703667 -0.00000000000111 0.00000000000000 0
0.07407407407333 -0.00000000000222 0.00000000000000 0
0.11111111111000 -0.00000000000333 0.00000000000000 0
0.14814814814667 -0.00000000000444 0.00000000000000 0
0.18518518518333 -0.00000000000556 0.00000000000000 0
0.22222222222000 -0.00000000000667 0.00000000000000 0
0.25925925925667 -0.00000000000778 0.00000000000000 0
0.29629629629333 -0.00000000000889 0.00000000000000 0
0.33333333333000 -0.00000000001000 0.00000000000000 0
完整的配套文件通过附件和prepare.py准备。若本功能需要WAVECAR/WAVEDER,先按新计算与波函数准备运行自己的VASP,不使用其他体系的波函数代替。
各功能操作#
281 · 展开网格与映射#
按下面顺序输入;原子编号从1开始,元素名与当前POSCAR一致。更换体系时先核对所需的文件和编号。
实例来源:安装包示例 band_unfolding/graphene/orthorhombic_lattice,在集群重新执行本功能;不是本轮重新进行全部上游VASP计算。
在附件根目录执行:
cd cases/281
vaspkit < answers.in
answers.in实际内容如下,每行对应一次输入;也可运行vaspkit后逐行手动键入。
281
2
0.08
0.08
目录中的主要配套文件:INCAR、KPATH.in、KPOINTS、KPOINTS_MAPPING_TABLE.in、POSCAR、TRANSMAT.in。
本次得到:KPOINTS、KPOINTS_MAPPING_TABLE.in。原始输入与结果保持在同一例子目录;表格文件先查看首行列名,再选择横纵轴。
本例输出摘要(数值仅对应上述输入):
0) Quit
9) Back
(Typical Value: 0.03-0.04 is Generally Precise Enough)
(Typical Value: 0.03-0.04 for DFT and 0.04-0.06 for hybrid DFT)
K-Mesh for SCF Calculation: 5 3 1
The Number of K-Point along K-Path 1: 21
The Number of K-Point along K-Path 2: 18
The Number of K-Point along K-Path 3: 10
Number of Elements: 1
POTCAR File No.1: [ POTCAR_C ], Valence Electron: 4.0
Total Atoms: 4
Total Valence Electrons: 16.0
282 · 有效能带谱权重#
石墨烯正交超胞的本次实际波函数,权重体现原胞动量成分。展开后的弱线不是自动认定的缺陷态。
实例来源:本专题在集群计算/建立的 graphene-unfold 模型。
在附件根目录执行:
cd cases/282
vaspkit < answers.in
answers.in实际内容如下,每行对应一次输入;也可运行vaspkit后逐行手动键入。
282
目录中的主要配套文件:DOSCAR、EIGENVAL、INCAR、KPATH.in、KPOINTS、KPOINTS_MAPPING_TABLE.in、OUTCAR、POSCAR、PROCAR、TRANSMAT.in。
本次得到:EBS.dat、ENERGY.grd、KLABELS、MOMENTUM.grd、WEIGHT.grd。原始输入与结果保持在同一例子目录;表格文件先查看首行列名,再选择横纵轴。
本例输出摘要(数值仅对应上述输入):
SPIN = 1
NKPTS = 55
NBANDS = 12
ENCUT = 450.00
Maximum number of G values: GX = 5, GY = 8, GZ = 21
Estimated maximum number of plane-waves (NPWS): 3519
Percentage complete: 24.5%
Percentage complete: 49.0%
Percentage complete: 73.5%
Percentage complete: 98.0%
Percentage complete: 100.0%
EMIN, EMAX, SIGMA and NEDOS: -20.00 20.00 0.20 2001
283 · 原子投影展开#
按下面顺序输入;原子编号从1开始,元素名与当前POSCAR一致。更换体系时先核对所需的文件和编号。
实例来源:本专题在集群计算/建立的 graphene-unfold 模型。
在附件根目录执行:
cd cases/283
vaspkit < answers.in
answers.in实际内容如下,每行对应一次输入;也可运行vaspkit后逐行手动键入。
283
1
all
目录中的主要配套文件:DOSCAR、EIGENVAL、INCAR、KPATH.in、KPOINTS、KPOINTS_MAPPING_TABLE.in、OUTCAR、POSCAR、PROCAR、TRANSMAT.in。
本次得到:KLABELS、PEBS_C.dat、SELECTED_ATOMS_LIST。原始输入与结果保持在同一例子目录;表格文件先查看首行列名,再选择横纵轴。
本例输出摘要(数值仅对应上述输入):
4) Select Atoms by SELECTED_ATOMS_LIST File
SPIN = 1
NKPTS = 55
NBANDS = 12
ENCUT = 450.00
Maximum number of G values: GX = 5, GY = 8, GZ = 21
Estimated maximum number of plane-waves (NPWS): 3519
Percentage complete: 24.5%
Percentage complete: 49.0%
Percentage complete: 73.5%
Percentage complete: 98.0%
Percentage complete: 100.0%
284 · 元素投影展开#
按下面顺序输入;原子编号从1开始,元素名与当前POSCAR一致。更换体系时先核对所需的文件和编号。
实例来源:本专题在集群计算/建立的 graphene-unfold 模型。
在附件根目录执行:
cd cases/284
vaspkit < answers.in
answers.in实际内容如下,每行对应一次输入;也可运行vaspkit后逐行手动键入。
284
目录中的主要配套文件:DOSCAR、EIGENVAL、INCAR、KPATH.in、KPOINTS、KPOINTS_MAPPING_TABLE.in、OUTCAR、POSCAR、PROCAR、TRANSMAT.in。
本次得到:KLABELS、PEBS_C.dat。原始输入与结果保持在同一例子目录;表格文件先查看首行列名,再选择横纵轴。
本例输出摘要(数值仅对应上述输入):
SPIN = 1
NKPTS = 55
NBANDS = 12
ENCUT = 450.00
Maximum number of G values: GX = 5, GY = 8, GZ = 21
Estimated maximum number of plane-waves (NPWS): 3519
Percentage complete: 24.5%
Percentage complete: 49.0%
Percentage complete: 73.5%
Percentage complete: 98.0%
Percentage complete: 100.0%
285 · 指定轨道展开#
按下面顺序输入;原子编号从1开始,元素名与当前POSCAR一致。更换体系时先核对所需的文件和编号。
实例来源:本专题在集群计算/建立的 graphene-unfold 模型。
在附件根目录执行:
cd cases/285
vaspkit < answers.in
answers.in实际内容如下,每行对应一次输入;也可运行vaspkit后逐行手动键入。
285
1
all
1
目录中的主要配套文件:DOSCAR、EIGENVAL、INCAR、KPATH.in、KPOINTS、KPOINTS_MAPPING_TABLE.in、OUTCAR、POSCAR、PROCAR、TRANSMAT.in。
本次得到:ENERGY.grd、KLABELS、MOMENTUM.grd、PEBS_SUM.dat、SELECTED_ATOMS_LIST、WEIGHT.grd。原始输入与结果保持在同一例子目录;表格文件先查看首行列名,再选择横纵轴。
本例输出摘要(数值仅对应上述输入):
SPIN = 1
NKPTS = 55
NBANDS = 12
ENCUT = 450.00
Maximum number of G values: GX = 5, GY = 8, GZ = 21
Estimated maximum number of plane-waves (NPWS): 3519
Percentage complete: 24.5%
Percentage complete: 49.0%
Percentage complete: 73.5%
Percentage complete: 98.0%
Percentage complete: 100.0%
EMIN, EMAX, SIGMA and NEDOS: -20.00 20.00 0.20 2001
换成自己的体系#
先复制一份计算目录,确认POSCAR、INCAR、KPOINTS和各结果来自同一计算,再运行所需菜单。涉及静态、优化或声子等前置VASP任务,先完成计算再后处理;VASPKIT不会替代这些计算。保留结构、输入参数、工具版本和提取后的数据,后续改图时不必反复重算。
方法参考:VASPKIT官方教程;菜单与交互输入以本专题实际使用的安装版本为准。使用结果开展研究时引用VASPKIT论文。