VASPKIT专题

VASPKIT：超胞、原子编辑与结构格式

在副本中完成建模，查看输出结构后再替换POSCAR。删除、替换和移动原子只是建立候选模型，接下来通常还要做结构优化。

更新于 2026-10-26约 15 分钟阅读按任务与环境选择适用配置

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在副本中完成建模，查看输出结构后再替换POSCAR。删除、替换和移动原子只是建立候选模型，接下来通常还要做结构优化。

先准备示例#

unzip vaspkit-examples-*.zip
cd vaspkit-examples
python3 prepare.py
module load vaspkit/1.5.1

prepare.py从集群安装的官方examples复制需要的原始示例；附件本身不转发这些分发文件。每个功能的目录独立，下面的cd cases/...均从附件根目录开始。完成一个功能后可用cd ../..回到根目录。

主要例子的文件#

安装包示例 seek_kpath/GaAs_bulk，在集群重新执行本功能；不是本轮重新进行全部上游VASP计算。

完整的配套文件通过附件和prepare.py准备。若本功能需要WAVECAR/WAVEDER，先按新计算与波函数准备运行自己的VASP，不使用其他体系的波函数代替。

各功能操作#

400 · 变换矩阵建胞#

按下面顺序输入；原子编号从1开始，元素名与当前POSCAR一致。更换体系时先核对所需的文件和编号。

实例来源：安装包示例 seek_kpath/GaAs_bulk，在集群重新执行本功能；不是本轮重新进行全部上游VASP计算。

在附件根目录执行：

cd cases/400
vaspkit < answers.in

answers.in实际内容如下，每行对应一次输入；也可运行vaspkit后逐行手动键入。

目录中的主要配套文件：KPATH.in、POSCAR。

本次得到：SUPERCELL.vasp。原始输入与结果保持在同一例子目录；表格文件先查看首行列名，再选择横纵轴。

本例输出摘要（数值仅对应上述输入）：

Enter the 1st row of Transformation Matrix to redefine cell:
(MUST be three integers, e.g., 1 2 3)
Enter the 2nd row of Transformation Matrix to redefine cell:
(MUST be three integers, e.g., 1 2 3)
Enter the 3th row of Transformation Matrix to redefine cell:
(MUST be three integers, e.g., 1 2 3)

401 · 整数扩胞#

1为所选扩胞方式，2 2 1是三个方向倍数；本例GaAs常规胞8原子扩为32原子。

实例来源：安装包示例 seek_kpath/GaAs_bulk，在集群重新执行本功能；不是本轮重新进行全部上游VASP计算。

在附件根目录执行：

cd cases/401
vaspkit < answers.in

answers.in实际内容如下，每行对应一次输入；也可运行vaspkit后逐行手动键入。

401
1
2 2 1

目录中的主要配套文件：KPATH.in、POSCAR。

本次得到：SUPERCELL_221.vasp。原始输入与结果保持在同一例子目录；表格文件先查看首行列名，再选择横纵轴。

本例输出摘要（数值仅对应上述输入）：

1) POSCAR
2) CONTCAR
3) Specified Structure File
(Tip: MUST be three integers, e.g., 1 2 3)

402 · 固定原子#

依次选择POSCAR、按原子编号选择、1号原子、all方向；本例固定的是1号原子的全部坐标分量，不是固定全部原子。表面模型可改选底层原子。

实例来源：安装包示例 seek_kpath/GaAs_bulk，在集群重新执行本功能；不是本轮重新进行全部上游VASP计算。

在附件根目录执行：

cd cases/402
vaspkit < answers.in

answers.in实际内容如下，每行对应一次输入；也可运行vaspkit后逐行手动键入。

402
1
1
1
all

目录中的主要配套文件：KPATH.in、POSCAR。

本次得到：POSCAR、POSCAR_FIX.vasp。原始输入与结果保持在同一例子目录；表格文件先查看首行列名，再选择横纵轴。

本例输出摘要（数值仅对应上述输入）：

1) POSCAR
2) CONTCAR
3) Specified Structure File
1) Fix Atoms by Atomic Indexes/Labels
2) Fix Atoms by Layers
3) Fix Atoms by Heights
4) Fix Atoms by SELECTED_ATOMS_LIST File
1) x direction
2) y direction
3) z direction

403 · 移动原子#

示例仅移动1号原子，移动向量为0.1 0 0；必须先看当前选择的坐标模式。

实例来源：安装包示例 seek_kpath/GaAs_bulk，在集群重新执行本功能；不是本轮重新进行全部上游VASP计算。

在附件根目录执行：

cd cases/403
vaspkit < answers.in

answers.in实际内容如下，每行对应一次输入；也可运行vaspkit后逐行手动键入。

目录中的主要配套文件：KPATH.in、POSCAR。

本次得到：POSCAR、POSCAR_REV.vasp、SELECTED_ATOMS_LIST。原始输入与结果保持在同一例子目录；表格文件先查看首行列名，再选择横纵轴。

本例输出摘要（数值仅对应上述输入）：

1) Select Atoms by Atomic Indices/Labels
2) Select Atoms by Layers
3) Select Atoms by Heights
4) Select Atoms by SELECTED_ATOMS_LIST File
1) Fractional coordinate
2) Cartesian coordinate
(e.g., 0.5 0.5 0.5)

404 · 删除原子#

按下面顺序输入；原子编号从1开始，元素名与当前POSCAR一致。更换体系时先核对所需的文件和编号。

实例来源：安装包示例 seek_kpath/GaAs_bulk，在集群重新执行本功能；不是本轮重新进行全部上游VASP计算。

在附件根目录执行：

cd cases/404
vaspkit < answers.in

answers.in实际内容如下，每行对应一次输入；也可运行vaspkit后逐行手动键入。

404
1
1

目录中的主要配套文件：KPATH.in、POSCAR。

本次得到：POSCAR、POSCAR_REV.vasp、SELECTED_ATOMS_LIST。原始输入与结果保持在同一例子目录；表格文件先查看首行列名，再选择横纵轴。

本例输出摘要（数值仅对应上述输入）：

1) Select Atoms by Atomic Indices/Labels
2) Select Atoms by Layers
3) Select Atoms by Heights
4) Select Atoms by SELECTED_ATOMS_LIST File

405 · 交换晶轴#

按下面顺序输入；原子编号从1开始，元素名与当前POSCAR一致。更换体系时先核对所需的文件和编号。

实例来源：安装包示例 seek_kpath/GaAs_bulk，在集群重新执行本功能；不是本轮重新进行全部上游VASP计算。

在附件根目录执行：

cd cases/405
vaspkit < answers.in

answers.in实际内容如下，每行对应一次输入；也可运行vaspkit后逐行手动键入。

405
1

目录中的主要配套文件：KPATH.in、POSCAR。

本次得到：POSCAR、POSCAR_REV.vasp。原始输入与结果保持在同一例子目录；表格文件先查看首行列名，再选择横纵轴。

本例输出摘要（数值仅对应上述输入）：

1) x <-> y
2) y <-> z
3) z <-> x

406 · 原子排序#

按下面顺序输入；原子编号从1开始，元素名与当前POSCAR一致。更换体系时先核对所需的文件和编号。

实例来源：安装包示例 seek_kpath/GaAs_bulk，在集群重新执行本功能；不是本轮重新进行全部上游VASP计算。

在附件根目录执行：

cd cases/406
vaspkit < answers.in

answers.in实际内容如下，每行对应一次输入；也可运行vaspkit后逐行手动键入。

406
3
1

目录中的主要配套文件：KPATH.in、POSCAR。

本次得到：POSCAR、POSCAR_REV.vasp。原始输入与结果保持在同一例子目录；表格文件先查看首行列名，再选择横纵轴。

本例输出摘要（数值仅对应上述输入）：

1) x Direction
2) y Direction
3) z Direction
1) Ascending Order
2) Descending Order

407 · 旋转晶格#

此版本407是旋转晶格，412才是随机原子位移。

实例来源：安装包示例 seek_kpath/GaAs_bulk，在集群重新执行本功能；不是本轮重新进行全部上游VASP计算。

在附件根目录执行：

cd cases/407
vaspkit < answers.in

answers.in实际内容如下，每行对应一次输入；也可运行vaspkit后逐行手动键入。

407
90 0 0

目录中的主要配套文件：KPATH.in、POSCAR。

本次得到：POSCAR、POSCAR_REV.vasp。原始输入与结果保持在同一例子目录；表格文件先查看首行列名，再选择横纵轴。

本例输出摘要（数值仅对应上述输入）：

(e.g., 90 0 0 means a 90-degree rotation around the x-axis)

408 · 绕轴旋转原子#

按下面顺序输入；原子编号从1开始，元素名与当前POSCAR一致。更换体系时先核对所需的文件和编号。

实例来源：安装包示例 seek_kpath/GaAs_bulk，在集群重新执行本功能；不是本轮重新进行全部上游VASP计算。

在附件根目录执行：

cd cases/408
vaspkit < answers.in

answers.in实际内容如下，每行对应一次输入；也可运行vaspkit后逐行手动键入。

目录中的主要配套文件：KPATH.in、POSCAR。

本次得到：POSCAR、POSCAR_REV.vasp、SELECTED_ATOMS_LIST。原始输入与结果保持在同一例子目录；表格文件先查看首行列名，再选择横纵轴。

本例输出摘要（数值仅对应上述输入）：

1) Select Atoms by Atomic Indices/Labels
2) Select Atoms by Layers
3) Select Atoms by Heights
4) Select Atoms by SELECTED_ATOMS_LIST File
1) Rotation of about x Axis
2) Rotation of about y Axis
3) Rotation of about z Axis
4) Rotation of about An Axis Passing Through Specified Point

409 · 添加原子#

按下面顺序输入；原子编号从1开始，元素名与当前POSCAR一致。更换体系时先核对所需的文件和编号。

实例来源：安装包示例 seek_kpath/GaAs_bulk，在集群重新执行本功能；不是本轮重新进行全部上游VASP计算。

在附件根目录执行：

cd cases/409
vaspkit < answers.in

answers.in实际内容如下，每行对应一次输入；也可运行vaspkit后逐行手动键入。

409
1
Si
0.1 0.1 0.1

目录中的主要配套文件：KPATH.in、POSCAR。

本次得到：POSCAR、POSCAR_REV.vasp。原始输入与结果保持在同一例子目录；表格文件先查看首行列名，再选择横纵轴。

本例输出摘要（数值仅对应上述输入）：

1) Fractional coordinate
2) Cartesian coordinate
(e.g., Si 0.5 0.5 0.0)

410 · 替换元素#

按下面顺序输入；原子编号从1开始，元素名与当前POSCAR一致。更换体系时先核对所需的文件和编号。

实例来源：安装包示例 seek_kpath/GaAs_bulk，在集群重新执行本功能；不是本轮重新进行全部上游VASP计算。

在附件根目录执行：

cd cases/410
vaspkit < answers.in

answers.in实际内容如下，每行对应一次输入；也可运行vaspkit后逐行手动键入。

410
1
1
As Si

目录中的主要配套文件：KPATH.in、POSCAR。

本次得到：POSCAR、POSCAR_REV.vasp、SELECTED_ATOMS_LIST。原始输入与结果保持在同一例子目录；表格文件先查看首行列名，再选择横纵轴。

本例输出摘要（数值仅对应上述输入）：

1) Select Atoms by Atomic Indices/Labels
2) Select Atoms by Layers
3) Select Atoms by Heights
4) Select Atoms by SELECTED_ATOMS_LIST File

411 · 跨结构复制原子#

A.vasp为两原子Si，B.vasp为单个H；复制全部H后得到3原子示意结构，不代表稳定的Si-H晶体。

实例来源：安装包示例 seek_kpath/GaAs_bulk，在集群重新执行本功能；不是本轮重新进行全部上游VASP计算。

在附件根目录执行：

cd cases/411
vaspkit < answers.in

answers.in实际内容如下，每行对应一次输入；也可运行vaspkit后逐行手动键入。

411
A.vasp B.vasp
1
all

目录中的主要配套文件：A.vasp、B.vasp、KPATH.in、POSCAR、POSCAR2。

本次得到：POSCAR、POSCAR_REV.vasp、SELECTED_ATOMS_LIST。原始输入与结果保持在同一例子目录；表格文件先查看首行列名，再选择横纵轴。

本例输出摘要（数值仅对应上述输入）：

(e.g., POSCAR1 POSCAR2)
1) Select Atoms by Atomic Indices/Labels
2) Select Atoms by Layers
3) Select Atoms by Heights
4) Select Atoms by SELECTED_ATOMS_LIST File

412 · 随机原子位移#

对选中的1号原子施加0.02量级随机位移。随机模型每次可能不同，保存实际POSCAR用于复现。

实例来源：安装包示例 seek_kpath/GaAs_bulk，在集群重新执行本功能；不是本轮重新进行全部上游VASP计算。

在附件根目录执行：

cd cases/412
vaspkit < answers.in

answers.in实际内容如下，每行对应一次输入；也可运行vaspkit后逐行手动键入。

目录中的主要配套文件：KPATH.in、POSCAR。

本次得到：POSCAR、POSCAR_REV.vasp、SELECTED_ATOMS_LIST。原始输入与结果保持在同一例子目录；表格文件先查看首行列名，再选择横纵轴。

本例输出摘要（数值仅对应上述输入）：

1) POSCAR
2) CONTCAR
3) Specified Structure File
1) Select Atoms by Atomic Indices/Labels
2) Select Atoms by Layers
3) Select Atoms by Heights
4) Select Atoms by SELECTED_ATOMS_LIST File

413 · 分数与笛卡尔坐标转换#

按下面顺序输入；原子编号从1开始，元素名与当前POSCAR一致。更换体系时先核对所需的文件和编号。

实例来源：安装包示例 seek_kpath/GaAs_bulk，在集群重新执行本功能；不是本轮重新进行全部上游VASP计算。

在附件根目录执行：

cd cases/413
vaspkit < answers.in

answers.in实际内容如下，每行对应一次输入；也可运行vaspkit后逐行手动键入。

413
1

目录中的主要配套文件：KPATH.in、POSCAR。

本次得到：POSCAR、POSCAR_REV.vasp。原始输入与结果保持在同一例子目录；表格文件先查看首行列名，再选择横纵轴。

本例输出摘要（数值仅对应上述输入）：

1) POSCAR
2) CONTCAR
3) Specified Structure File

414 · 去除微小晶格畸变#

只对数值误差引起的微小畸变使用；有意应变的结构不应执行这一操作。

实例来源：安装包示例 seek_kpath/GaAs_bulk，在集群重新执行本功能；不是本轮重新进行全部上游VASP计算。

在附件根目录执行：

cd cases/414
vaspkit < answers.in

answers.in实际内容如下，每行对应一次输入；也可运行vaspkit后逐行手动键入。

414
1

目录中的主要配套文件：KPATH.in、POSCAR。

本次得到：POSCAR、POSCAR_REV.vasp。原始输入与结果保持在同一例子目录；表格文件先查看首行列名，再选择横纵轴。

本例输出摘要（数值仅对应上述输入）：

1) POSCAR
2) CONTCAR
3) Specified Structure File

415 · 镜面变换#

按下面顺序输入；原子编号从1开始，元素名与当前POSCAR一致。更换体系时先核对所需的文件和编号。

实例来源：安装包示例 seek_kpath/GaAs_bulk，在集群重新执行本功能；不是本轮重新进行全部上游VASP计算。

在附件根目录执行：

cd cases/415
vaspkit < answers.in

answers.in实际内容如下，每行对应一次输入；也可运行vaspkit后逐行手动键入。

415
1
1

目录中的主要配套文件：KPATH.in、POSCAR。

本次得到：POSCAR、POSCAR_REV.vasp。原始输入与结果保持在同一例子目录；表格文件先查看首行列名，再选择横纵轴。

本例输出摘要（数值仅对应上述输入）：

1) Reflection along XY plane
2) Reflection along XZ plane
3) Reflection along YZ plane
1) POSCAR
2) CONTCAR
3) Specified Structure File

419 · 导出CIF、PDB、XSF和XYZ#

先选导出格式，再选输入结构；格式1/2/3/4分别对应CIF/PDB/XSF/XYZ。主实例实际导出CIF，其他格式按相同提示选择。

实例来源：安装包示例 seek_kpath/GaAs_bulk，在集群重新执行本功能；不是本轮重新进行全部上游VASP计算。

在附件根目录执行：

cd cases/419
vaspkit < answers.in

answers.in实际内容如下，每行对应一次输入；也可运行vaspkit后逐行手动键入。

419
1
1

目录中的主要配套文件：KPATH.in、POSCAR。

本次得到：POSCAR、POSCAR.cif。原始输入与结果保持在同一例子目录；表格文件先查看首行列名，再选择横纵轴。

本例输出摘要（数值仅对应上述输入）：

1) Export CIF Format (*.cif)
2) Export PDB Format (*.pdb)
3) Export XCrySDen Format (*.xsf)
4) Export XYZ Format (*.xyz)
1) POSCAR
2) CONTCAR
3) Specified Structure File

换成自己的体系#

先复制一份计算目录，确认POSCAR、INCAR、KPOINTS和各结果来自同一计算，再运行所需菜单。涉及静态、优化或声子等前置VASP任务，先完成计算再后处理；VASPKIT不会替代这些计算。保留结构、输入参数、工具版本和提取后的数据，后续改图时不必反复重算。

方法参考：VASPKIT官方教程；菜单与交互输入以本专题实际使用的安装版本为准。使用结果开展研究时引用VASPKIT论文。

需要根据你的体系选择资源？联系讨论计算需求。实际可用软件与权限，以当前账户和运行环境为准。