GPUMD 实用教程导航
实用教程导航，包含终端命令、完整输入与集群实际算例。
阅读本篇目录
本专题按实际任务组织：每篇都有终端命令、完整控制文件、鸢算科技集群运行实例和结构或数据图。以GPUMD 5.9.1为准；这里覆盖下表已实跑的方法，不把所有软件关键字或扩展都声称为已演示。
先准备环境和模型#
按计算目标选择#
| 你要做什么 | 操作教程 |
|---|---|
| 第一次运行与输出检查 | 打开教程 |
| 原子位置与晶胞优化 | 打开教程 |
| 体积扫描与能量最低点 | 打开教程 |
| 弹性常数与矩阵读法 | 打开教程 |
| 恒温恒压与热膨胀参考 | 打开教程 |
| 径向分布与键角分布 | 打开教程 |
| 高温扩散与速度相关 | 打开教程 |
| 应力相关与黏度 | 打开教程 |
| 振动态密度与相关时间 | 打开教程 |
| 有限位移声子色散 | 打开教程 |
| 平衡态Green–Kubo热导率 | 打开教程 |
| HNEMD热导率与驱动力 | 打开教程 |
| 频谱热流的输出与作图 | 打开教程 |
| 冷热源与空间温度分布 | 打开教程 |
| 二维石墨烯与真空层 | 打开教程 |
| 使用已有NEP势运行MD | 打开教程 |
| NEP预测与误差分析 | 打开教程 |
| NEP与GNEP训练流程 | 打开教程 |
| PLUMED集体变量与约束 | 打开教程 |
| 轨迹导出与重启续算 | 打开教程 |
| 热导率的尺寸与温度对照 | 打开教程 |
| 硅、锗与铜的势函数选择 | 打开教程 |
| 弹性应变幅度对照 | 打开教程 |
| 连续拉伸与应力应变图 | 打开教程 |
实例资料包#
下载73个实例、参考输出和绘图脚本。解压后先运行：
unzip gpumd-examples-*.zip
cd gpumd-examples
python new-case.py 01-first-md
cd work/01-first-md
sbatch run.sh
附件含Si、Ge、Cu、石墨烯和官方Pb–Te训练/预测示例；使用两台P100及V10016G节点完成。每个目录独立，按自己需要选做。输入结构与绘图脚本可直接修改，原始参考数据保留在cases中。
怎样理解示例结果#
这些教程用于学会操作，不把短轨迹变成严格的材料定值。热导率对照包含三个尺寸、三个温度和两次独立重复，每组生产轨迹1 ns；仍需按体系做更充分的收敛与统计。NEP/GNEP短训练展示流程，训练集回算不等于独立泛化评估。高级模块如路径积分、副本交换、电子输运与专用电荷模型不在本轮已演示范围。
配套工具#
格式转换、抽样、训练集检查和常见绘图优先使用GPUMDkit专题，每个入口说明终端命令、输入输出和当前版本适用范围。各篇仍保留结构和多算例对照绘图脚本。
需要根据你的体系选择资源？联系讨论计算需求。实际可用软件与权限，以当前账户和运行环境为准。