GPUMDkit 成分、范围与数据筛选

本篇以集群GPUMDkit 1.5.8为准。下载输入与参考结果，解压进入gpumdkit-examples。所有工具操作在自己的工作副本执行。

module load gpumdkit/1.5.8
gpumdkit.sh -doctor

按什么顺序操作#

筛选阈值必须对应自己的体系，不能把本例1.5 Å与20 eV/Å当通用规则。周期体系优先使用带_pbc的距离检查。先查看数量和范围，再筛选；保留原文件，检查被剔除的构型。电荷平衡检查基于化学氧化态推断，不是电子密度或Bader电荷计算。

本章功能与终端入口#

带“→”的是交互菜单：先运行gpumdkit.sh，再逐项输入编号；不是把箭头整行粘进终端。

使用时注意#

1.5.8的能量范围脚本与当前ASE的energy存放位置存在兼容差异。若-range ... energy读不到标签，使用ASE正式接口，不修改共享软件：

python - <<'ASE'
from ase.io import read
f = read("train.xyz", index=":")
e = [a.get_potential_energy()/len(a) for a in f]
print("energy eV/atom:", min(e), max(e))
ASE

旧数据的force:R:3与ASE识别的forces:R:3不同。不要删掉力列；优先从DFT输出重新转换，或只在副本中规范字段名。本专题硅标签实例已使用工具输出的forces格式。

实际操作：chem_species#

从附件根目录新建这个示例：

python new-case.py chem_species
cd work/chem_species

执行以下命令：

gpumdkit.sh -chem_species train.xyz

本次生成的参考文件：见附件reference/chem_species，其中保留对应结构与输出。自己的输出会写在当前work/chem_species目录。

下一例开始前执行cd ../..回到附件根目录；不要把两个例子的输出放在同一目录。

实际操作：analyze_comp#

从附件根目录新建这个示例：

python new-case.py analyze_comp
cd work/analyze_comp

执行以下命令：

gpumdkit.sh -analyze_comp train.xyz

交互提示中依次输入（空行表示接受默认值）：

0

也可直接执行附件的bash run-tool.sh，它会读取配套answers.in。

本次生成的参考文件：见附件reference/analyze_comp，其中保留对应结构与输出。自己的输出会写在当前work/analyze_comp目录。

下一例开始前执行cd ../..回到附件根目录；不要把两个例子的输出放在同一目录。

实际操作：min_dist#

从附件根目录新建这个示例：

python new-case.py min_dist
cd work/min_dist

执行以下命令：

gpumdkit.sh -min_dist trajectory.xyz

本次生成的参考文件：见附件reference/min_dist，其中保留对应结构与输出。自己的输出会写在当前work/min_dist目录。

下一例开始前执行cd ../..回到附件根目录；不要把两个例子的输出放在同一目录。

实际操作：min_dist_pbc#

从附件根目录新建这个示例：

python new-case.py min_dist_pbc
cd work/min_dist_pbc

执行以下命令：

gpumdkit.sh -min_dist_pbc trajectory.xyz

本次生成的参考文件：见附件reference/min_dist_pbc，其中保留对应结构与输出。自己的输出会写在当前work/min_dist_pbc目录。

下一例开始前执行cd ../..回到附件根目录；不要把两个例子的输出放在同一目录。

实际操作：filter_dist#

从附件根目录新建这个示例：

python new-case.py filter_dist
cd work/filter_dist

执行以下命令：

gpumdkit.sh -filter_dist trajectory.xyz 1.5

本次生成的参考文件：见附件reference/filter_dist，其中保留对应结构与输出。自己的输出会写在当前work/filter_dist目录。

下一例开始前执行cd ../..回到附件根目录；不要把两个例子的输出放在同一目录。

实际操作：filter_dist_pbc#

从附件根目录新建这个示例：

python new-case.py filter_dist_pbc
cd work/filter_dist_pbc

执行以下命令：

gpumdkit.sh -filter_dist_pbc trajectory.xyz 1.5

本次生成的参考文件：见附件reference/filter_dist_pbc，其中保留对应结构与输出。自己的输出会写在当前work/filter_dist_pbc目录。

下一例开始前执行cd ../..回到附件根目录；不要把两个例子的输出放在同一目录。

实际操作：filter_box#

从附件根目录新建这个示例：

python new-case.py filter_box
cd work/filter_box

执行以下命令：

gpumdkit.sh -filter_box trajectory.xyz 25

本次生成的参考文件：见附件reference/filter_box，其中保留对应结构与输出。自己的输出会写在当前work/filter_box目录。

下一例开始前执行cd ../..回到附件根目录；不要把两个例子的输出放在同一目录。

实际操作：filter_range#

从附件根目录新建这个示例：

python new-case.py filter_range
cd work/filter_range

执行以下命令：

gpumdkit.sh -filter_range trajectory.xyz Si Si 1.5 3.0

本次生成的参考文件：见附件reference/filter_range，其中保留对应结构与输出。自己的输出会写在当前work/filter_range目录。

下一例开始前执行cd ../..回到附件根目录；不要把两个例子的输出放在同一目录。

实际操作：cbc#

从附件根目录新建这个示例：

python new-case.py cbc
cd work/cbc

执行以下命令：

gpumdkit.sh -cbc train.xyz

本次生成的参考文件：见附件reference/cbc，其中保留对应结构与输出。自己的输出会写在当前work/cbc目录。

下一例开始前执行cd ../..回到附件根目录；不要把两个例子的输出放在同一目录。

实际操作：shift-zero#

从附件根目录新建这个示例：

python new-case.py shift-zero
cd work/shift-zero

执行以下命令：

gpumdkit.sh -shift_energy

交互提示中依次输入（空行表示接受默认值）：

train.xyz
aligned.xyz
2
n

也可直接执行附件的bash run-tool.sh，它会读取配套answers.in。

本次生成的参考文件：aligned.xyz。自己的输出会写在当前work/shift-zero目录。

下一例开始前执行cd ../..回到附件根目录；不要把两个例子的输出放在同一目录。

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