GROMACS 液体、界面与输运工具
液体、界面与输运工具，包含终端操作、输入文件、实际数据和适用范围。
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本文以鸢算科技集群 GROMACS 2026.4 实际结果为例。下载输入、参考轨迹、分析与绘图资料包，资料包约 529 MB，包含参考轨迹。解压后进入 gromacs-examples。参考输出在 cases；新计算由 new-case.py 建立独立目录。
本篇按集群 2026.4 实际命令列表整理。带“已跑示例”的条目链接到本资料包中的实际输入和命令；“专用数据入口”说明用途与条件，不把查看帮助当作已完成该物性计算。所有命令可先用 gmx 命令名 -h 查看版本对应参数。
rdf#
计算径向分布和累计配位数。
已跑示例：salt-015/analysis。命令在该目录执行，前置文件来源和后续解读见本专题对应操作篇。
gmx rdf -s ../md.tpr -f ../md.xtc -ref 'name OW' -sel 'name OW' -o rdf.xvg -cn coordination.xvg -b 20 -dt 1
msd#
按多个时间原点统计位移平方并拟合扩散。
已跑示例：salt-015/analysis。命令在该目录执行，前置文件来源和后续解读见本专题对应操作篇。
gmx msd -s ../md.tpr -f ../md.xtc -sel 'name OW' -o msd.xvg -beginfit 5 -endfit 25 -maxtau 40 -trestart 1
hbond#
新版选择表达式氢键几何分析。
已跑示例：salt-015/analysis。命令在该目录执行，前置文件来源和后续解读见本专题对应操作篇。
gmx hbond -s ../md.tpr -f ../md.xtc -r 'resname SOL' -t 'resname SOL' -num hbonds.xvg -dt 2
hbond-legacy#
旧版氢键工具及相应相关分析接口。
专用数据入口：本批未提供该命令的独立实算结果。运行前先根据其帮助准备专用轨迹、拓扑、索引或前置分析文件；它不一定适合本附件中的水盒或蛋白短轨迹。
gmx hbond-legacy -h
density#
沿盒子方向计算质量、电荷或数密度。
已跑示例：salt-015/analysis。命令在该目录执行，前置文件来源和后续解读见本专题对应操作篇。
printf %s 'System
' | gmx density -s ../md.tpr -f ../md.xtc -o density.xvg -d Z -sl 30
densmap#
计算二维平面或轴向密度分布。
专用数据入口：本批未提供该命令的独立实算结果。运行前先根据其帮助准备专用轨迹、拓扑、索引或前置分析文件；它不一定适合本附件中的水盒或蛋白短轨迹。
gmx densmap -h
densorder#
识别界面并分析表面起伏。
专用数据入口：本批未提供该命令的独立实算结果。运行前先根据其帮助准备专用轨迹、拓扑、索引或前置分析文件；它不一定适合本附件中的水盒或蛋白短轨迹。
gmx densorder -h
dipoles#
分子偶极、总偶极涨落和静态介电估计。
已跑示例：salt-015/analysis。命令在该目录执行，前置文件来源和后续解读见本专题对应操作篇。
printf %s 'SOL
' | gmx dipoles -s ../md.tpr -f ../md.xtc -o dipole.xvg -eps dielectric.xvg -a dipole-acf.xvg -temp 300 -dt 1
dielectric#
从偶极相关数据得到频率依赖介电量。
专用数据入口：本批未提供该命令的独立实算结果。运行前先根据其帮助准备专用轨迹、拓扑、索引或前置分析文件；它不一定适合本附件中的水盒或蛋白短轨迹。
gmx dielectric -h
current#
计算电荷电流相关和介电响应相关量。
专用数据入口：本批未提供该命令的独立实算结果。运行前先根据其帮助准备专用轨迹、拓扑、索引或前置分析文件；它不一定适合本附件中的水盒或蛋白短轨迹。
gmx current -h
potential#
对电荷密度积分得到电势和电场剖面。
已跑示例：salt-015/analysis。命令在该目录执行，前置文件来源和后续解读见本专题对应操作篇。
printf %s 'System
' | gmx potential -s ../md.tpr -f ../md.xtc -o potential.xvg -oc charge.xvg -of field.xvg -sl 30 -n system.ndx
velacc#
根据含速度轨迹计算速度自相关。
已跑示例：water-300/analysis。命令在该目录执行，前置文件来源和后续解读见本专题对应操作篇。
printf %s 'SOL
' | gmx velacc -s ../md.tpr -f ../md.trr -o vacf.xvg
rotacf#
按二元或三元原子组计算转动相关函数。
专用数据入口：本批未提供该命令的独立实算结果。运行前先根据其帮助准备专用轨迹、拓扑、索引或前置分析文件；它不一定适合本附件中的水盒或蛋白短轨迹。
gmx rotacf -h
vanhove#
位移分布及Van Hove相关函数。
已跑示例：water-300/analysis。命令在该目录执行，前置文件来源和后续解读见本专题对应操作篇。
printf %s 'SOL
' | gmx vanhove -s ../md.tpr -f ../md.xtc -om vanhove.xpm -or vanhove-r.xvg -rt 10
tcaf#
从横向电流相关估计黏度，需合适速度采样。
专用数据入口：本批未提供该命令的独立实算结果。运行前先根据其帮助准备专用轨迹、拓扑、索引或前置分析文件；它不一定适合本附件中的水盒或蛋白短轨迹。
gmx tcaf -h
dos#
从速度相关得到振动态密度及相关估计。
专用数据入口：本批未提供该命令的独立实算结果。运行前先根据其帮助准备专用轨迹、拓扑、索引或前置分析文件；它不一定适合本附件中的水盒或蛋白短轨迹。
gmx dos -h
freevolume#
随机插入探针估算几何自由体积。
已跑示例：water-300/analysis。命令在该目录执行，前置文件来源和后续解读见本专题对应操作篇。
gmx freevolume -s ../md.tpr -f ../md.xtc -dt 20 -ninsert 1000 -o freevolume.xvg
hydorder#
分析四面体水局域结构序参量。
专用数据入口：本批未提供该命令的独立实算结果。运行前先根据其帮助准备专用轨迹、拓扑、索引或前置分析文件；它不一定适合本附件中的水盒或蛋白短轨迹。
gmx hydorder -h
h2order#
统计水分子取向序参量。
专用数据入口：本批未提供该命令的独立实算结果。运行前先根据其帮助准备专用轨迹、拓扑、索引或前置分析文件；它不一定适合本附件中的水盒或蛋白短轨迹。
gmx h2order -h
order#
分析脂质尾链序参量，需正确的链原子索引。
专用数据入口：本批未提供该命令的独立实算结果。运行前先根据其帮助准备专用轨迹、拓扑、索引或前置分析文件；它不一定适合本附件中的水盒或蛋白短轨迹。
gmx order -h
sorient#
分析溶质周围的溶剂取向。
专用数据入口：本批未提供该命令的独立实算结果。运行前先根据其帮助准备专用轨迹、拓扑、索引或前置分析文件；它不一定适合本附件中的水盒或蛋白短轨迹。
gmx sorient -h
spol#
分析溶质附近溶剂偶极取向和极化。
专用数据入口：本批未提供该命令的独立实算结果。运行前先根据其帮助准备专用轨迹、拓扑、索引或前置分析文件；它不一定适合本附件中的水盒或蛋白短轨迹。
gmx spol -h
spatial#
计算三维空间分布函数。
专用数据入口：本批未提供该命令的独立实算结果。运行前先根据其帮助准备专用轨迹、拓扑、索引或前置分析文件；它不一定适合本附件中的水盒或蛋白短轨迹。
gmx spatial -h
trjorder#
按与指定组的距离排序分子。
专用数据入口：本批未提供该命令的独立实算结果。运行前先根据其帮助准备专用轨迹、拓扑、索引或前置分析文件；它不一定适合本附件中的水盒或蛋白短轨迹。
gmx trjorder -h
clustsize#
按距离判据统计原子团簇的大小。
专用数据入口：本批未提供该命令的独立实算结果。运行前先根据其帮助准备专用轨迹、拓扑、索引或前置分析文件；它不一定适合本附件中的水盒或蛋白短轨迹。
gmx clustsize -h
选工具时特别注意#
速度相关和振动态密度必须保存足够密集的速度；本例 1 ps 速度间隔只演示 VACF 文件流程，不能解析水分子高频振动。黏度、介电、扩散通常比平均温度需要更长统计。