GPUMDkit MSD、扩散与离子电导
MSD、扩散与离子电导：终端操作、输入输出、集群示例与适用条件。
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本篇以集群GPUMDkit 1.5.8为准。下载输入与参考结果，解压进入gpumdkit-examples。所有工具操作在自己的工作副本执行。
module load gpumdkit/1.5.8
gpumdkit.sh -doctor
按什么顺序操作#
-calc msd的时间参数是相邻保存帧之间的时间，单位fs，不是MD积分时间步长。若每10000步保存、步长1 fs，应填10000。输出四列是时间ps及xyz方向MSD Ų；GPUMD原生单组compute_msd输出七列，多出三个SDC列。四列数据不能直接画sdc/msd_sdc。高温液体稀疏轨迹可能跨越半个盒长，轨迹解缠会有歧义；生产分析优先在线compute_msd并增加保存频率。
本章功能与终端入口#
带“→”的是交互菜单：先运行gpumdkit.sh，再逐项输入编号；不是把箭头整行粘进终端。
| 功能 | 命令或菜单 | 输入、输出与关键条件 |
|---|---|---|
| 轨迹MSD412 | gpumdkit.sh -calc msd trajectory.xyz Si 10000 5 |
每帧10000 fs，最大相关5帧；稀疏轨迹示范，勿当高精度扩散值 |
| 离子电导401 | gpumdkit.sh -calc ionic-cond Li 1 |
需要含Li的model.xyz、msd.out、thermo.out；Nernst–Einstein近似，不含离子关联 |
使用时注意#
Si是本例中性硅，不能为了演示电导率把它当Li⁺或任意给它赋电荷。离子电导入口在真正含Li⁺等载流子的轨迹上使用；Nernst–Einstein电导不包括交叉关联。
实际操作：calc-msd#
从附件根目录新建这个示例：
python new-case.py calc-msd
cd work/calc-msd
执行以下命令：
gpumdkit.sh -calc msd trajectory.xyz Si 10000 5
本次生成的参考文件：msd.out。自己的输出会写在当前work/calc-msd目录。
下一例开始前执行cd ../..回到附件根目录；不要把两个例子的输出放在同一目录。
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