GROMACS GPU显存与数值检查

本文以鸢算科技集群 GROMACS 2026.4 实际结果为例。下载输入、参考轨迹、分析与绘图资料包，资料包约 529 MB，包含参考轨迹。解压后进入 gromacs-examples。参考输出在 cases；新计算由 new-case.py 建立独立目录。

显存与可运行规模#

邻居表、PME网格、截断、域分解和GPU分工都会影响显存。下面是实际采样值，250 ms采样可能漏掉瞬间峰值，不能视作容量保证。

# 在自己的已分配任务中查看GPU与运行日志
nvidia-smi
grep -E 'GPU|PME|Performance' md.log

盒子太小无法域分解、虚拟位点不支持GPU update、SETTLE失败和OOM是不同问题。遇到约束错误先检查初始接触、时间步、力场与平衡；不要一律增加显卡。历史V100八卡测试中，部分默认直接GPU通信路径出现异常，同一输入改为仅对该作业设置GMX_DISABLE_DIRECT_GPU_COMM=1后完成；该设置是遇到对应问题时的局部排查选项，不建议无差别加入所有脚本。

数值对照怎么做#

同一初始帧、TPR和参数下，历史P100/V100单卡比较得到：

这是两种GPU之间的固定帧对照，不是CPU参考。长期轨迹因微小数值差逐渐分离并不直接说明错误，应比较守恒量、分布和目标性质的不确定度。

# 从自己的短NVE的EDR提取总能，检查漂移
printf 'Total-Energy
0
' | gmx energy -f nve.edr -o total-energy.xvg

本专题另提供可复现的1 fs/2 fs水盒NVE输入和曲线，见NVE与温控。

参数查阅#

以本集群 gmx 命令名 -h 为准；GROMACS 2026.4 命令手册和MDP 参数手册可查完整选项。