GPUMDkit 扩胞、分组与帧提取

本篇以集群GPUMDkit 1.5.8为准。下载输入与参考结果，解压进入gpumdkit-examples。所有工具操作在自己的工作副本执行。

module load gpumdkit/1.5.8
gpumdkit.sh -doctor

按什么顺序操作#

extxyz第二行记录晶胞、周期边界和各列含义。扩胞后的原子数等于原子数乘三个重复因子；group从0编号，get_frame从1编号。clean_xyz会去除部分元数据，做训练数据转换前先确认还需要哪些标签。

本章功能与终端入口#

带“→”的是交互菜单：先运行gpumdkit.sh，再逐项输入编号；不是把箭头整行粘进终端。

实际操作：replicate#

从附件根目录新建这个示例：

python new-case.py replicate
cd work/replicate

执行以下命令：

gpumdkit.sh -replicate POSCAR supercell.vasp 2 2 2

本次生成的参考文件：supercell.vasp。自己的输出会写在当前work/replicate目录。

本次Si结构从64原子扩为512原子，三个方向各重复2次。

下一例开始前执行cd ../..回到附件根目录；不要把两个例子的输出放在同一目录。

实际操作：addgroup#

从附件根目录新建这个示例：

python new-case.py addgroup
cd work/addgroup

执行以下命令：

gpumdkit.sh -addgroup POSCAR Si

本次生成的参考文件：见附件reference/addgroup，其中保留对应结构与输出。自己的输出会写在当前work/addgroup目录。

下一例开始前执行cd ../..回到附件根目录；不要把两个例子的输出放在同一目录。

实际操作：addweight#

从附件根目录新建这个示例：

python new-case.py addweight
cd work/addweight

执行以下命令：

gpumdkit.sh -addweight train.xyz weighted.xyz 2

本次生成的参考文件：见附件reference/addweight，其中保留对应结构与输出。自己的输出会写在当前work/addweight目录。

下一例开始前执行cd ../..回到附件根目录；不要把两个例子的输出放在同一目录。

实际操作：get_frame#

从附件根目录新建这个示例：

python new-case.py get_frame
cd work/get_frame

执行以下命令：

gpumdkit.sh -get_frame trajectory.xyz 2

本次生成的参考文件：见附件reference/get_frame，其中保留对应结构与输出。自己的输出会写在当前work/get_frame目录。

下一例开始前执行cd ../..回到附件根目录；不要把两个例子的输出放在同一目录。

实际操作：clean_xyz#

从附件根目录新建这个示例：

python new-case.py clean_xyz
cd work/clean_xyz

执行以下命令：

gpumdkit.sh -clean_xyz train.xyz clean.xyz

本次生成的参考文件：见附件reference/clean_xyz，其中保留对应结构与输出。自己的输出会写在当前work/clean_xyz目录。

下一例开始前执行cd ../..回到附件根目录；不要把两个例子的输出放在同一目录。

实际操作：frame_range#

从附件根目录新建这个示例：

python new-case.py frame_range
cd work/frame_range

执行以下命令：

gpumdkit.sh -frame_range trajectory.xyz 0 0.8

本次生成的参考文件：见附件reference/frame_range，其中保留对应结构与输出。自己的输出会写在当前work/frame_range目录。

下一例开始前执行cd ../..回到附件根目录；不要把两个例子的输出放在同一目录。

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