GPUMDkit 温度、结构、MSD与振动绘图

本篇以集群GPUMDkit 1.5.8为准。下载输入与参考结果，解压进入gpumdkit-examples。所有工具操作在自己的工作副本执行。

module load gpumdkit/1.5.8
gpumdkit.sh -doctor

按什么顺序操作#

在输出文件所在目录调用工具。无图形界面的SSH终端使用保存参数，随后下载PNG查看。thermo、thermo2、thermo3只是排版不同；比较时还要核对采样间隔、是否含平衡段、晶胞体积单位。rdf_pmf使用−kBT ln g(r)，温度必须与轨迹一致；g(r)为0的位置不能解释为有限PMF。

本章功能与终端入口#

带“→”的是交互菜单：先运行gpumdkit.sh，再逐项输入编号；不是把箭头整行粘进终端。

声子与Excel导出的独立补充环境#

414需要phonopy；PDOS导出xlsx需要openpyxl。只在自己的虚拟环境补充，公共模块保持原样：

module load gpumdkit/1.5.8
python -m venv --system-site-packages ~/.venvs/gpumdkit-extra
~/.venvs/gpumdkit-extra/bin/pip install phonopy==4.8.3 openpyxl==3.1.5
export GPUMDKIT_EXTRA_PYTHON=~/.venvs/gpumdkit-extra/bin/python

下方带-extra的示例用这个解释器调用工具自带脚本。

实际操作：plt-thermo#

从附件根目录新建这个示例：

python new-case.py plt-thermo
cd work/plt-thermo

执行以下命令：

gpumdkit.sh -plt thermo save

本次生成的参考文件：thermo.png、thermo.out。自己的输出会写在当前work/plt-thermo目录。

下一例开始前执行cd ../..回到附件根目录；不要把两个例子的输出放在同一目录。

实际操作：plt-thermo2#

从附件根目录新建这个示例：

python new-case.py plt-thermo2
cd work/plt-thermo2

执行以下命令：

gpumdkit.sh -plt thermo2 save

本次生成的参考文件：thermo.png、thermo.out。自己的输出会写在当前work/plt-thermo2目录。

下一例开始前执行cd ../..回到附件根目录；不要把两个例子的输出放在同一目录。

实际操作：plt-thermo3#

从附件根目录新建这个示例：

python new-case.py plt-thermo3
cd work/plt-thermo3

执行以下命令：

gpumdkit.sh -plt thermo3 save

本次生成的参考文件：thermo.png、thermo.out。自己的输出会写在当前work/plt-thermo3目录。

下一例开始前执行cd ../..回到附件根目录；不要把两个例子的输出放在同一目录。

实际操作：plt-rdf#

从附件根目录新建这个示例：

python new-case.py plt-rdf
cd work/plt-rdf

执行以下命令：

gpumdkit.sh -plt rdf save

本次生成的参考文件：rdf.out、thermo.out、rdf.png、adf.out。自己的输出会写在当前work/plt-rdf目录。

下一例开始前执行cd ../..回到附件根目录；不要把两个例子的输出放在同一目录。

实际操作：plt-vac#

从附件根目录新建这个示例：

python new-case.py plt-vac
cd work/plt-vac

执行以下命令：

gpumdkit.sh -plt vac save

本次生成的参考文件：sdc.out、msd.out、thermo.out、viscosity.out、vac.png。自己的输出会写在当前work/plt-vac目录。

下一例开始前执行cd ../..回到附件根目录；不要把两个例子的输出放在同一目录。

实际操作：plt-msd#

从附件根目录新建这个示例：

python new-case.py plt-msd
cd work/plt-msd

执行以下命令：

gpumdkit.sh -plt msd save

本次生成的参考文件：sdc.out、msd.out、thermo.out、viscosity.out、msd.png。自己的输出会写在当前work/plt-msd目录。

下一例开始前执行cd ../..回到附件根目录；不要把两个例子的输出放在同一目录。

实际操作：plt-sdc#

从附件根目录新建这个示例：

python new-case.py plt-sdc
cd work/plt-sdc

执行以下命令：

gpumdkit.sh -plt sdc save

本次生成的参考文件：sdc.out、msd.out、thermo.out、viscosity.out、sdc.png。自己的输出会写在当前work/plt-sdc目录。

下一例开始前执行cd ../..回到附件根目录；不要把两个例子的输出放在同一目录。

实际操作：plt-msd_sdc#

从附件根目录新建这个示例：

python new-case.py plt-msd_sdc
cd work/plt-msd_sdc

执行以下命令：

gpumdkit.sh -plt msd_sdc save

本次生成的参考文件：sdc.out、msd.out、thermo.out、msd_sdc.png、viscosity.out。自己的输出会写在当前work/plt-msd_sdc目录。

下一例开始前执行cd ../..回到附件根目录；不要把两个例子的输出放在同一目录。

实际操作：plt-cohesive#

从附件根目录新建这个示例：

python new-case.py plt-cohesive
cd work/plt-cohesive

执行以下命令：

gpumdkit.sh -plt cohesive save

本次生成的参考文件：cohesive.png、cohesive.out。自己的输出会写在当前work/plt-cohesive目录。

下一例开始前执行cd ../..回到附件根目录；不要把两个例子的输出放在同一目录。

实际操作：rdf-pmf-correct#

从附件根目录新建这个示例：

python new-case.py rdf-pmf-correct
cd work/rdf-pmf-correct

执行以下命令：

gpumdkit.sh -plt rdf_pmf 300 2 save

本次生成的参考文件：rdf.out、thermo.out、rdf_pmf.png、adf.out。自己的输出会写在当前work/rdf-pmf-correct目录。

下一例开始前执行cd ../..回到附件根目录；不要把两个例子的输出放在同一目录。

实际操作：pdos-extra#

从附件根目录新建这个示例：

python new-case.py pdos-extra
cd work/pdos-extra

执行以下命令：

"$GPUMDKIT_EXTRA_PYTHON" "$GPUMDkit_path/Scripts/plt_scripts/plt_pdos.py" save

本次生成的参考文件：dos.out、thermo.out、heat_capacity.png、mvac.out、vac_pdos.png。自己的输出会写在当前work/pdos-extra目录。

下一例开始前执行cd ../..回到附件根目录；不要把两个例子的输出放在同一目录。

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