GROMACS 轨迹、数据与文件工具

本文以鸢算科技集群 GROMACS 2026.4 实际结果为例。下载输入、参考轨迹、分析与绘图资料包，资料包约 529 MB，包含参考轨迹。解压后进入 gromacs-examples。参考输出在 cases；新计算由 new-case.py 建立独立目录。

本篇按集群 2026.4 实际命令列表整理。带“已跑示例”的条目链接到本资料包中的实际输入和命令；“专用数据入口”说明用途与条件，不把查看帮助当作已完成该物性计算。所有命令可先用 gmx 命令名 -h 查看版本对应参数。

help#

查询命令、选择语法和版本帮助。

专用数据入口：本批未提供该命令的独立实算结果。运行前先根据其帮助准备专用轨迹、拓扑、索引或前置分析文件；它不一定适合本附件中的水盒或蛋白短轨迹。

gmx help -h

该命令的官方参数说明。

check#

检查轨迹、能量和输入文件一致性。

已跑示例：salt-015。命令在该目录执行，前置文件来源和后续解读见本专题对应操作篇。

gmx check -f md.xtc

该命令的官方参数说明。

dump#

把TPR、TRR等二进制内容转成可读文本。

已跑示例：water-300/analysis。命令在该目录执行，前置文件来源和后续解读见本专题对应操作篇。

gmx dump -s ../md.tpr

该命令的官方参数说明。

report-methods#

从TPR提取模拟方法摘要。

已跑示例：water-300/analysis。命令在该目录执行，前置文件来源和后续解读见本专题对应操作篇。

gmx report-methods -s ../md.tpr -o methods.out

该命令的官方参数说明。

energy#

选择EDR中的能量项并导出XVG。

已跑示例：anneal。命令在该目录执行，前置文件来源和后续解读见本专题对应操作篇。

printf %s 'Potential
Total-Energy
Temperature
0
' | gmx energy -f run.edr -o energy.xvg

该命令的官方参数说明。

eneconv#

裁剪或合并能量文件。

已跑示例：water-300/analysis。命令在该目录执行，前置文件来源和后续解读见本专题对应操作篇。

gmx eneconv -f ../md.edr -o last.edr -b 50

该命令的官方参数说明。

enemat#

从已记录的能量组项构建能量矩阵。

专用数据入口：本批未提供该命令的独立实算结果。运行前先根据其帮助准备专用轨迹、拓扑、索引或前置分析文件；它不一定适合本附件中的水盒或蛋白短轨迹。

gmx enemat -h

该命令的官方参数说明。

analyze#

XVG序列统计、相关函数与拟合。

已跑示例：water-300/analysis。命令在该目录执行，前置文件来源和后续解读见本专题对应操作篇。

gmx analyze -f msd.xvg -av msd-average.xvg -ac msd-acf.xvg

该命令的官方参数说明。

trjconv#

PBC处理、拟合、抽帧与格式转换。

已跑示例：ubiquitin/analysis。命令在该目录执行，前置文件来源和后续解读见本专题对应操作篇。

printf %s 'Protein
System
' | gmx trjconv -s ../md.tpr -f ../md.xtc -o center.xtc -pbc mol -center

该命令的官方参数说明。

convert-trj#

用选择表达式转换轨迹格式和原子子集。

已跑示例：ubiquitin/analysis。命令在该目录执行，前置文件来源和后续解读见本专题对应操作篇。

gmx convert-trj -s ../md.tpr -f center.xtc -o protein.xtc -select "group Protein"

该命令的官方参数说明。

trjcat#

按时间拼接轨迹。

已跑示例：water-300/analysis。命令在该目录执行，前置文件来源和后续解读见本专题对应操作篇。

gmx trjcat -f first.xtc second.xtc -o joined.xtc

该命令的官方参数说明。

traj#

传统轨迹坐标、速度、力和盒参数提取。

已跑示例：water-300/analysis。命令在该目录执行，前置文件来源和后续解读见本专题对应操作篇。

printf %s 'System
' | gmx traj -s ../md.tpr -f ../md.trr -ov velocity.xvg

该命令的官方参数说明。

trajectory#

用选择表达式导出坐标、速度或力。

已跑示例：water-300/analysis。命令在该目录执行，前置文件来源和后续解读见本专题对应操作篇。

gmx trajectory -s ../md.tpr -f ../md.xtc -select 'atomnr 1' -ox oxygen-position.xvg

该命令的官方参数说明。

distance#

计算成对位置之间的距离。

已跑示例：water-300/analysis。命令在该目录执行，前置文件来源和后续解读见本专题对应操作篇。

gmx distance -s ../md.tpr -f ../md.xtc -select 'atomnr 1 plus atomnr 4' -oall distance.xvg

该命令的官方参数说明。

pairdist#

按选择计算成对距离、最小距离或最大距离。

已跑示例：ubiquitin/analysis。命令在该目录执行，前置文件来源和后续解读见本专题对应操作篇。

gmx pairdist -s ../md.tpr -f center.xtc -ref 'resid 1 and name CA' -sel 'resid 76 and name CA' -o terminal-distance.xvg

该命令的官方参数说明。

gangle#

通过选择表达式计算向量夹角或二面角。

已跑示例：water-300/analysis。命令在该目录执行，前置文件来源和后续解读见本专题对应操作篇。

gmx gangle -s ../md.tpr -f ../md.xtc -g1 angle -group1 'atomnr 2 1 3' -oall angle.xvg

该命令的官方参数说明。

angle#

按索引中的原子组计算角度或二面角分布。

专用数据入口：本批未提供该命令的独立实算结果。运行前先根据其帮助准备专用轨迹、拓扑、索引或前置分析文件；它不一定适合本附件中的水盒或蛋白短轨迹。

gmx angle -h

该命令的官方参数说明。

mk_angndx#

从拓扑生成供angle使用的角度索引。

专用数据入口：本批未提供该命令的独立实算结果。运行前先根据其帮助准备专用轨迹、拓扑、索引或前置分析文件；它不一定适合本附件中的水盒或蛋白短轨迹。

gmx mk_angndx -h

该命令的官方参数说明。

filter#

对坐标做频率过滤或平滑，改变了动力学信息。

专用数据入口：本批未提供该命令的独立实算结果。运行前先根据其帮助准备专用轨迹、拓扑、索引或前置分析文件；它不一定适合本附件中的水盒或蛋白短轨迹。

gmx filter -h

该命令的官方参数说明。

sigeps#

转换LJ的C6/C12与σ/ε参数。

专用数据入口：本批未提供该命令的独立实算结果。运行前先根据其帮助准备专用轨迹、拓扑、索引或前置分析文件；它不一定适合本附件中的水盒或蛋白短轨迹。

gmx sigeps -h

该命令的官方参数说明。

xpm2ps#

将GROMACS矩阵图XPM转换为PS。

已跑示例：ubiquitin/analysis。命令在该目录执行，前置文件来源和后续解读见本专题对应操作篇。

gmx xpm2ps -f contacts.xpm -o contacts.eps

该命令的官方参数说明。

mindist#

两组的最小距离及接触数。

已跑示例：ubiquitin/analysis。命令在该目录执行，前置文件来源和后续解读见本专题对应操作篇。

printf %s 'Protein
SOL
' | gmx mindist -s ../md.tpr -f center.xtc -od mindist.xvg -on contacts.xvg -dt 2

该命令的官方参数说明。

选工具时特别注意#

check和dump用于检查，不会修复不一致的原子顺序。XTC只有坐标，无法恢复未保存的速度/力。filter会改变时间相关信息，不用于未经判断的动力学性质统计。