GPUMDkit专题

GPUMDkit 实用工具专题

实用工具专题：终端操作、输入输出、集群示例与适用条件。

更新于 2026-10-26约 2 分钟阅读按任务与环境选择适用配置

阅读本篇目录

GPUMDkit是GPUMD/NEP的配套工具：准备结构和训练数据，整理批量目录，计算与分析结果，再绘图。本专题按任务分篇，命令以集群1.5.8为准。

先跑一个最短例子#

module load gpumdkit/1.5.8
unzip gpumdkit-examples-*.zip
cd gpumdkit-examples
python new-case.py pos2exyz
cd work/pos2exyz
gpumdkit.sh -pos2exyz POSCAR converted.xyz
head -n 2 converted.xyz

本例把64原子Si的POSCAR转换为带晶胞、周期边界的extxyz。先用这个例子确认环境，再选自己的任务。

按任务阅读#

任务	教程
结构与数据格式转换	打开教程
扩胞、分组与帧提取	打开教程
抽样、扰动与训练集拆分	打开教程
成分、范围与数据筛选	打开教程
NEP预测、描述符与异常构型	打开教程
结构优化、NEB、XRD与声子	打开教程
MSD、扩散与离子电导	打开教程
极性材料与空间分布分析	打开教程
训练误差与描述符绘图	打开教程
温度、结构、MSD与振动绘图	打开教程
热导率、黏度与温度序列绘图	打开教程
批量目录与主动学习流程	打开教程
环境检查、进度与网页控制台	打开教程

全部功能索引汇总转换、菜单、计算器和全部42种绘图入口（别名单独说明）。

资料包怎么用#

inputs是可复用输入，reference是本次工具输出，work是新建的工作目录。每例的run-tool.sh记录命令，菜单例配有answers.in。每次从根目录用python new-case.py 例子名新建；同名目录已存在时程序会停止，避免覆盖。

计算放在哪里#

少量格式转换和看图可在登录环境完成；描述符、大轨迹分析、NEP计算与训练应申请计算资源。可在yskit生成的脚本中加入下面的工具环境和命令，随后sbatch run.sh：

source /etc/profile.d/lmod.sh
module load gpumdkit/1.5.8
export OMP_NUM_THREADS=1 OPENBLAS_NUM_THREADS=1 MPLBACKEND=Agg
bash run-tool.sh

GPUMDkit的数据处理多数使用CPU，加载此模块并不会自动调用GPU。GPUMD/NEP的GPU任务另见GPUMD版本与提交。

本专题数据与适用范围#

硅、铜、锗和石墨烯MD输出来自配套GPUMD专题的实际计算；PbTe数据和NEP模型取自GPUMD官方示例；带能量、力、virial的硅标签来自鸢算科技已有VASP位移计算。保留原始结果和参数，不把短采样拟合当成材料定值。当前未配置的OVITO、ferrodispcalc、phonopy/DeepMD扩展环境在对应章节说明。

GPUMDkit官方项目 · GPUMDkit论文

需要根据你的体系选择资源？联系讨论计算需求。实际可用软件与权限，以当前账户和运行环境为准。