GPUMDkit 极性材料与空间分布分析
极性材料与空间分布分析：终端操作、输入输出、集群示例与适用条件。
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本篇以集群GPUMDkit 1.5.8为准。下载输入与参考结果，解压进入gpumdkit-examples。所有工具操作在自己的工作副本执行。
module load gpumdkit/1.5.8
gpumdkit.sh -doctor
按什么顺序操作#
邻居表、局域位移、八面体转动与ABO₃局域极化需要明确中心原子、邻居种类、配位数以及Born有效电荷。形式价态不能直接代替Born有效电荷。共享1.5.8环境暂未包含ferrodispcalc；这部分列出正式命令与输入要求，不提供虚构的极化实算值。
本章功能与终端入口#
带“→”的是交互菜单：先运行gpumdkit.sh，再逐项输入编号；不是把箭头整行粘进终端。
| 功能 | 命令或菜单 | 输入、输出与关键条件 |
|---|---|---|
| 邻居表406 | gpumdkit.sh -calc nlist -i model.xyz -c 4 -n 6 -C Ti -E O |
例为Ti–O六配位；依赖ferrodispcalc，参数需匹配实际结构 |
| 局域位移407 | gpumdkit.sh -calc disp -i movie.xyz -n nl-Ti-O.dat -o displacements.dat |
相对于指定邻居中心的位移，可选帧区间 |
| 平均结构408 | gpumdkit.sh -calc avg-struct -i trajectory.xyz -l 0.5 -o averaged.xyz |
使用后50%帧；扩散液体平均位置不能视为稳定晶体结构 |
| 八面体转角409 | gpumdkit.sh -calc oct-tilt -i movie.xyz -n nl-Ti-O.dat -o tilt.dat |
需要实际BO₆邻居关系与ferrodispcalc |
| ABO₃局域极化410 | gpumdkit.sh -calc pol-abo3 -i movie.xyz --nl-ba nl-Ti-Ba.dat --nl-bo nl-Ti-O.dat --bec Ba=2.7 Ti=7.0 O=-3.233333 |
电荷仅为参数格式示意，必须替换成体系自己的Born有效电荷，不是本专题计算值 |
| 概率密度508 | gpumdkit.sh -pda POSCAR trajectory.xyz Si 0.5 |
网格0.5 Å，输出CHGCAR格式概率密度；VESTA可打开，不是电子电荷密度 |
实际操作：pda#
从附件根目录新建这个示例：
python new-case.py pda
cd work/pda
执行以下命令：
gpumdkit.sh -pda POSCAR trajectory.xyz Si 0.5
本次生成的参考文件：见附件reference/pda，其中保留对应结构与输出。自己的输出会写在当前work/pda目录。
下一例开始前执行cd ../..回到附件根目录；不要把两个例子的输出放在同一目录。
实际操作：calc-avg#
从附件根目录新建这个示例：
python new-case.py calc-avg
cd work/calc-avg
执行以下命令：
gpumdkit.sh -calc avg-struct -i trajectory.xyz -l 0.5 -o averaged.xyz
本次生成的参考文件：见附件reference/calc-avg，其中保留对应结构与输出。自己的输出会写在当前work/calc-avg目录。
下一例开始前执行cd ../..回到附件根目录；不要把两个例子的输出放在同一目录。
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