GROMACS 实用教程导航

本文以鸢算科技集群 GROMACS 2026.4 实际结果为例。下载输入、参考轨迹、分析与绘图资料包，资料包约 529 MB，包含参考轨迹。解压后进入 gromacs-examples。参考输出在 cases；新计算由 new-case.py 建立独立目录。

推荐学习顺序#

先从小水盒跑通，再做蛋白质与更复杂方法。每篇展示真实命令、输入与结果；本批覆盖下列实际流程，不把所有特殊算法都称为已实算。

python new-case.py water-300
cd work/water-300
sbatch run.sh

准备与运行#

• 环境与GPU提交
• 从零运行一个水盒
• 蛋白质建模与溶剂化
• 加入盐离子和电中性处理
• 最小化、NVT与NPT平衡
• 生产运行、输出频率与结果检查
• 中断续算与轨迹重算

提取数据与看图#

• PBC处理、截取与拼接轨迹
• 索引组、原子选择与距离角度
• 能量、温度、压力与密度分析
• 径向分布与配位数
• MSD与扩散系数
• 氢键与溶剂化层
• 偶极、介电与电势剖面
• RMSD、RMSF、回转半径与SASA
• 二级结构与Ramachandran图
• PCA、聚类与接触图

扩展方法与GPU#

• NVE、随机动力学与退火
• 伞形采样与WHAM
• 软核自由能与BAR
• PLUMED偏置与集体变量
• GPU性能与参数选择
• GPU显存与数值检查

全部命令工具手册#

• 建模与计算工具
• 蛋白与构象分析工具
• 液体、界面与输运工具
• 自由能、谱学与特殊方法工具
• 轨迹、数据与文件工具

实例与范围#

本批新增水/盐水/泛素、NVE、随机动力学、退火、续算、重算、伞形窗口、软核λ窗口和PLUMED实例；输入和图均可下载复现。工具手册覆盖当前版本全部 101 个命令，其中 55 个在本批实际工作流中使用，其他专用工具注明前置数据与适用范围。性能图沿用此前集群GPU实测并单独标明来源。

只使用P100和V10016G，本批没有V10032G或CPU节点实算。轨迹以短流程教学为目的，不把短时扩散、介电、自由能或蛋白构象统计当作收敛研究结论。