ABACUS 截断能与k点收敛
截断能与k点收敛:终端操作、完整输入、真实结果与适用范围。
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本篇采用鸢算科技集群 ABACUS 3.10.1 的实际输入与输出。下载实操资料包,解压后进入 abacus-examples。inputs 是干净输入,cases 是参考结果,work 用于你的新计算。
这篇要做什么#
分别改变平面波截断能和k网格,其他设置保持不变。先看每原子能量差,再按任务检查力、应力或带隙是否稳定。scf_thr控制电子自洽残差,不能把它直接等同于VASP的EDIFF能量阈值。本例2×2×2用于快速演示,不能当成硅的通用收敛网格;图中的能量差会直观展示稀疏采样的影响。
1 准备并提交#
python new-case.py cutoff-20
cd work/cutoff-20
sbatch run.sh
提交脚本使用核时分区模板。套餐用户按自己的资源权限用 yskit 生成提交脚本,保留相同的 ABACUS 计算命令。不要在登录节点直接运行计算。
本篇资料目录:cutoff-20、cutoff-30、pw-scf、cutoff-50、cutoff-60、kmesh-1、kmesh-3、kmesh-4。其他对照例回到资料包根目录,换目录名后用同样三个命令提交。
2 核心输入#
cutoff-20/INPUT 的完整内容:
INPUT_PARAMETERS
suffix tutorial
calculation scf
basis_type pw
ecutwfc 20
scf_thr 1e-8
scf_nmax 150
ks_solver cg
device gpu
precision double
cal_force 1
cal_stress 1
pseudo_dir ../../PP_ORB
orbital_dir ../../PP_ORB
重点检查:ecutwfc、ecutrho、scf_thr。参数与说明应按3.10.1理解;官网 latest 的新增参数见版本与扩展范围。
展开完整 STRU 结构与 KPT 采样文件
STRU#
ATOMIC_SPECIES
Si 28.0855 Si_ONCV_PBE-1.0.upf
NUMERICAL_ORBITAL
Si_gga_8au_100Ry_2s2p1d.orb
LATTICE_CONSTANT
10.26
LATTICE_VECTORS
0 0.5 0.5
0.5 0 0.5
0.5 0.5 0
ATOMIC_POSITIONS
Direct
Si
0.0
2
0 0 0 1 1 1
0.25 0.25 0.25 1 1 1
KPT#
K_POINTS
0
Gamma
2 2 2 0 0 0
对照输入的差别#
cutoff-30:
ecutwfc 30
pw-scf:
ecutwfc 40
out_chg 1
out_pot 1
out_wfc_pw 1
cutoff-50:
ecutwfc 50
cutoff-60:
ecutwfc 60
kmesh-1:
ecutwfc 40
kmesh-3:
ecutwfc 40
kmesh-4:
ecutwfc 40
3 检查输出和实际结果#
squeue -u "$USER"
tail -n 30 stdout.log
ls OUT.*
确认正常结束后,再检查电子收敛、几何或时间步终止条件以及本篇需要的结果文件。SCF电子收敛不等于晶胞或原子优化完成。
| 实算目录 | 最后总能量 / eV | 计算类型 | 执行路径 |
|---|---|---|---|
cutoff-20 |
-211.859335677 | scf |
GPU |
cutoff-30 |
-211.905719490 | scf |
GPU |
pw-scf |
-211.920965741 | scf |
GPU |
cutoff-50 |
-211.925153515 | scf |
GPU |
cutoff-60 |
-211.926648386 | scf |
GPU |
kmesh-1 |
-197.524341629 | scf |
GPU |
kmesh-3 |
-213.857552620 | scf |
GPU |
kmesh-4 |
-214.289242798 | scf |
GPU |
总能量是整个输入晶胞的量;不同原子数、赝势、泛函或物理条件的数值不能直接相减。CPU路径也在分配的计算资源中执行,本表不提供CPU节点性能对照。


4 提取和重画#
回到资料包根目录:
module load ase/3.29.0
python plot.py convergence
ls figures
plot.py读取对应原始日志或结果文件;已有CSV在 analysis。结构可打开输出的 STRU.cif,cube可在VESTA查看。保留原始数据、坐标单位和参数,修改绘图不能改变计算结果。