ABACUS 专题

ABACUS 内置经典势、FIRE与MSST

内置经典势、FIRE与MSST：终端操作、完整输入、真实结果与适用范围。

更新于 2026-10-27约 8 分钟阅读按任务与环境选择适用配置

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本篇采用鸢算科技集群 ABACUS 3.10.1 的实际输入与输出。下载实操资料包，解压后进入 abacus-examples。inputs 是干净输入，cases 是参考结果，work 用于你的新计算。

这篇要做什么#

ABACUS也有Lennard-Jones经典势执行路径。本例用于演示FIRE和MSST积分器，能量来自LJ模型，不是DFT。MSST需要冲击方向、速度与惯性参数，几十步教学运行不代表收敛的Hugoniot结果；生产计算还需要合理尺寸与冲击稳态判据。

1 准备并提交#

python new-case.py native-701_LJ_MD_FIRE
cd work/native-701_LJ_MD_FIRE
sbatch run.sh

提交脚本使用核时分区模板。套餐用户按自己的资源权限用 yskit 生成提交脚本，保留相同的 ABACUS 计算命令。不要在登录节点直接运行计算。

本篇资料目录：native-701_LJ_MD_FIRE、native-701_LJ_MD_MSST。其他对照例回到资料包根目录，换目录名后用同样三个命令提交。

2 核心输入#

native-701_LJ_MD_FIRE/INPUT 的完整内容：

INPUT_PARAMETERS
suffix autotest
calculation md
pseudo_dir ../../PP_ORB
esolver_type lj
lj_rcut 8.5
lj_epsilon 0.01032
lj_sigma 3.405
cal_force 1
cal_stress 1
force_thr_ev 1e-3
stress_thr 1e-6
md_nstep 30
md_type fire
md_dt 1
md_tfirst 300
init_vel 1
orbital_dir ../../PP_ORB
device cpu
scf_nmax 150

重点检查：esolver_type、md_type、lj_epsilon、lj_sigma、msst_vel。参数与说明应按3.10.1理解；官网 latest 的新增参数见版本与扩展范围。

展开完整 STRU 结构与 KPT 采样文件

STRU#

ATOMIC_SPECIES
He 4.0026 auto auto

LATTICE_CONSTANT
1.889727

LATTICE_VECTORS
   10.0000000000     0.0000000000     0.0000000000 #latvec1
    0.0000000000    10.0000000000     0.0000000000 #latvec2
    0.0000000000     0.0000000000    10.0000000000 #latvec3

ATOMIC_POSITIONS
Cartesian

He #label
0 #magnetism
32 #number of atoms
    0.0000000000     0.0000000000     0.0000000000 m  1  1  1 v     0.0003051236    -0.0001506039     0.0002563783
    0.0000000000     0.0000000000     5.0000000000 m  1  1  1 v     0.0001330836    -0.0002844927     0.0004575604
    0.0000000000     5.0000000000     0.0000000000 m  1  1  1 v    -0.0007284395     0.0001278596    -0.0001116420
    0.0000000000     5.0000000000     5.0000000000 m  1  1  1 v     0.0007317461    -0.0008538537     0.0001165929
    5.0000000000     0.0000000000     0.0000000000 m  1  1  1 v     0.0002153406     0.0004818484    -0.0003425506
    5.0000000000     0.0000000000     5.0000000000 m  1  1  1 v     0.0000115849    -0.0001553058     0.0001440467
    5.0000000000     5.0000000000     0.0000000000 m  1  1  1 v    -0.0005075296    -0.0001418554     0.0000517226
    5.0000000000     5.0000000000     5.0000000000 m  1  1  1 v     0.0003532731     0.0002838795    -0.0005240855
    2.5000000000     2.5000000000     0.0000000000 m  1  1  1 v     0.0007110217     0.0001188223     0.0000320587
    2.5000000000     2.5000000000     5.0000000000 m  1  1  1 v     0.0000716800    -0.0002982750     0.0003924065
    2.5000000000     7.5000000000     0.0000000000 m  1  1  1 v    -0.0000446191     0.0005436754    -0.0000488239
    2.5000000000     7.5000000000     5.0000000000 m  1  1  1 v     0.0002256764    -0.0005094877    -0.0002958008
    7.5000000000     2.5000000000     0.0000000000 m  1  1  1 v    -0.0000811382    -0.0003395719    -0.0003533055
    7.5000000000     2.5000000000     5.0000000000 m  1  1  1 v     0.0001046891     0.0002627214    -0.0000768329
    7.5000000000     7.5000000000     0.0000000000 m  1  1  1 v    -0.0001263117    -0.0002867947    -0.0005880112
    7.5000000000     7.5000000000     5.0000000000 m  1  1  1 v     0.0000051377    -0.0002585502     0.0005224161
    2.5000000000     0.0000000000     2.5000000000 m  1  1  1 v    -0.0000441228     0.0007354340     0.0000484884
    2.5000000000     0.0000000000     7.5000000000 m  1  1  1 v    -0.0003062640    -0.0000630593     0.0003011308
    2.5000000000     5.0000000000     2.5000000000 m  1  1  1 v     0.0000156182     0.0000352305    -0.0002909118
    2.5000000000     5.0000000000     7.5000000000 m  1  1  1 v     0.0002588185     0.0004562910    -0.0004669455
    7.5000000000     0.0000000000     2.5000000000 m  1  1  1 v     0.0000836607    -0.0003527362    -0.0000237714
    7.5000000000     0.0000000000     7.5000000000 m  1  1  1 v     0.0002682220     0.0003310257    -0.0001488492
    7.5000000000     5.0000000000     2.5000000000 m  1  1  1 v    -0.0001893987     0.0001038739    -0.0003576744
    7.5000000000     5.0000000000     7.5000000000 m  1  1  1 v     0.0003881776     0.0001685539     0.0000718978
    0.0000000000     2.5000000000     2.5000000000 m  1  1  1 v     0.0000439981     0.0003058987    -0.0000061514
    0.0000000000     2.5000000000     7.5000000000 m  1  1  1 v     0.0001835450    -0.0001686670     0.0004810819
    0.0000000000     7.5000000000     2.5000000000 m  1  1  1 v    -0.0000043640     0.0001908703     0.0000007071
    0.0000000000     7.5000000000     7.5000000000 m  1  1  1 v    -0.0006477776     0.0006839538    -0.0003073223
    5.0000000000     2.5000000000     2.5000000000 m  1  1  1 v     0.0001909232    -0.0005588096     0.0004036625
    5.0000000000     2.5000000000     7.5000000000 m  1  1  1 v    -0.0003495156    -0.0001304327    -0.0005131768
    5.0000000000     7.5000000000     2.5000000000 m  1  1  1 v    -0.0004054115    -0.0002425928     0.0005518707
    5.0000000000     7.5000000000     7.5000000000 m  1  1  1 v    -0.0008664276    -0.0000348499     0.0006238335

KPT#

K_POINTS
0
Gamma
1 1 1 0 0 0

对照输入的差别#

native-701_LJ_MD_MSST：

md_type msst
msst_qmass 200
msst_vel 0.028
msst_vis 0.3

3 检查输出和实际结果#

squeue -u "$USER"
tail -n 30 stdout.log
ls OUT.*

确认正常结束后，再检查电子收敛、几何或时间步终止条件以及本篇需要的结果文件。SCF电子收敛不等于晶胞或原子优化完成。

实算目录	最后总能量 / eV	计算类型	执行路径
`native-701_LJ_MD_FIRE`	-2.286459050	`md`	CPU
`native-701_LJ_MD_MSST`	-1.345301775	`md`	CPU

总能量是整个输入晶胞的量；不同原子数、赝势、泛函或物理条件的数值不能直接相减。CPU路径也在分配的计算资源中执行，本表不提供CPU节点性能对照。

4 提取和重画#

回到资料包根目录：

module load ase/3.29.0
python plot.py native-md
ls figures

plot.py读取对应原始日志或结果文件；已有CSV在 analysis。结构可打开输出的 STRU.cif，cube可在VESTA查看。保留原始数据、坐标单位和参数，修改绘图不能改变计算结果。

进一步查阅#

需要根据你的体系选择资源？联系讨论计算需求。实际可用软件与权限，以当前账户和运行环境为准。