ABACUS LDA、GGA与meta-GGA
LDA、GGA与meta-GGA:终端操作、完整输入、真实结果与适用范围。
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本篇采用鸢算科技集群 ABACUS 3.10.1 的实际输入与输出。下载实操资料包,解压后进入 abacus-examples。inputs 是干净输入,cases 是参考结果,work 用于你的新计算。
这篇要做什么#
dft_functional选择交换关联泛函,SCAN依赖Libxc。PBE赝势上切换PZ/SCAN用于演示输入接口,并不等于建立了各泛函完全一致的赝势基准。做材料研究时应检查赝势生成泛函、价电子和相对论处理;不同泛函的总能量不能用来直接评判哪个泛函更准确。
1 准备并提交#
python new-case.py xc-PZ
cd work/xc-PZ
sbatch run.sh
提交脚本使用核时分区模板。套餐用户按自己的资源权限用 yskit 生成提交脚本,保留相同的 ABACUS 计算命令。不要在登录节点直接运行计算。
本篇资料目录:xc-PZ、xc-PBE、xc-SCAN。其他对照例回到资料包根目录,换目录名后用同样三个命令提交。
2 核心输入#
xc-PZ/INPUT 的完整内容:
INPUT_PARAMETERS
suffix tutorial
calculation scf
basis_type pw
ecutwfc 40
scf_thr 1e-8
scf_nmax 150
ks_solver cg
device gpu
precision double
cal_force 1
cal_stress 1
pseudo_dir ../../PP_ORB
orbital_dir ../../PP_ORB
dft_functional PZ
重点检查:dft_functional、ecutwfc。参数与说明应按3.10.1理解;官网 latest 的新增参数见版本与扩展范围。
展开完整 STRU 结构与 KPT 采样文件
STRU#
ATOMIC_SPECIES
Si 28.0855 Si_ONCV_PBE-1.0.upf
NUMERICAL_ORBITAL
Si_gga_8au_100Ry_2s2p1d.orb
LATTICE_CONSTANT
10.26
LATTICE_VECTORS
0 0.5 0.5
0.5 0 0.5
0.5 0.5 0
ATOMIC_POSITIONS
Direct
Si
0.0
2
0 0 0 1 1 1
0.25 0.25 0.25 1 1 1
KPT#
K_POINTS
0
Gamma
2 2 2 0 0 0
对照输入的差别#
xc-PBE:
dft_functional PBE
xc-SCAN:
dft_functional SCAN
3 检查输出和实际结果#
squeue -u "$USER"
tail -n 30 stdout.log
ls OUT.*
确认正常结束后,再检查电子收敛、几何或时间步终止条件以及本篇需要的结果文件。SCF电子收敛不等于晶胞或原子优化完成。
| 实算目录 | 最后总能量 / eV | 计算类型 | 执行路径 |
|---|---|---|---|
xc-PZ |
-211.554078290 | scf |
GPU |
xc-PBE |
-211.920965741 | scf |
GPU |
xc-SCAN |
-211.999793938 | scf |
GPU |
总能量是整个输入晶胞的量;不同原子数、赝势、泛函或物理条件的数值不能直接相减。CPU路径也在分配的计算资源中执行,本表不提供CPU节点性能对照。

4 提取和重画#
回到资料包根目录:
module load ase/3.29.0
python plot.py xc
ls figures
plot.py读取对应原始日志或结果文件;已有CSV在 analysis。结构可打开输出的 STRU.cif,cube可在VESTA查看。保留原始数据、坐标单位和参数,修改绘图不能改变计算结果。
进一步查阅#
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