ABACUS 赝势类型与数值精度
赝势类型与数值精度:终端操作、完整输入、真实结果与适用范围。
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本篇采用鸢算科技集群 ABACUS 3.10.1 的实际输入与输出。下载实操资料包,解压后进入 abacus-examples。inputs 是干净输入,cases 是参考结果,work 用于你的新计算。
这篇要做什么#
超软赝势和单精度都有后端与实现条件。已安装版不是每个组合都能在GPU上工作;教程按实际成功的路径给出示例。单精度不适合作为高精度力差、微小能量差的默认设置;对照双精度并检查电子收敛才有意义。
1 准备并提交#
python new-case.py ultrasoft-fe-tutorial
cd work/ultrasoft-fe-tutorial
sbatch run.sh
提交脚本使用核时分区模板。套餐用户按自己的资源权限用 yskit 生成提交脚本,保留相同的 ABACUS 计算命令。不要在登录节点直接运行计算。
本篇资料目录:ultrasoft-fe-tutorial、precision-single-pathfix。其他对照例回到资料包根目录,换目录名后用同样三个命令提交。
2 核心输入#
ultrasoft-fe-tutorial/INPUT 的完整内容:
INPUT_PARAMETERS
calculation scf
nbands 10
symmetry 0
latname bcc
nspin 2
pseudo_dir ../../PP_ORB
ecutwfc 60
ecutrho 240
scf_thr 1e-7
scf_nmax 150
basis_type pw
smearing_method gaussian
smearing_sigma 0.015
mixing_type pulay
mixing_beta 0.4
pseudo_mesh 1
pseudo_rcut 10
cal_force 1
cal_stress 1
orbital_dir ../../PP_ORB
device cpu
ks_solver dav
重点检查:precision、ecutwfc、ecutrho、device。参数与说明应按3.10.1理解;官网 latest 的新增参数见版本与扩展范围。
展开完整 STRU 结构与 KPT 采样文件
STRU#
ATOMIC_SPECIES
Fe 55.845 Fe.pbe-nd-rrkjus.UPF
LATTICE_CONSTANT
5.6
ATOMIC_POSITIONS
Direct
Fe
8
1
0 0 0
KPT#
K_POINTS
0
Gamma
2 2 2 0 0 0
对照输入的差别#
precision-single-pathfix:
suffix autotest
device gpu
scf_thr 1e-6
scf_nmax 100
smearing_method gauss
smearing_sigma 0.002
mixing_type broyden
mixing_beta 0.3
precision single
ks_solver cg
3 检查输出和实际结果#
squeue -u "$USER"
tail -n 30 stdout.log
ls OUT.*
确认正常结束后,再检查电子收敛、几何或时间步终止条件以及本篇需要的结果文件。SCF电子收敛不等于晶胞或原子优化完成。
| 实算目录 | 最后总能量 / eV | 计算类型 | 执行路径 |
|---|---|---|---|
ultrasoft-fe-tutorial |
-758.030714788 | scf |
CPU |
precision-single-pathfix |
-1714.215160520 | scf |
GPU |
总能量是整个输入晶胞的量;不同原子数、赝势、泛函或物理条件的数值不能直接相减。CPU路径也在分配的计算资源中执行,本表不提供CPU节点性能对照。
4 提取和重画#
回到资料包根目录:
module load ase/3.29.0
python plot.py ultrasoft-precision
ls figures
plot.py读取对应原始日志或结果文件;已有CSV在 analysis。结构可打开输出的 STRU.cif,cube可在VESTA查看。保留原始数据、坐标单位和参数,修改绘图不能改变计算结果。