ABACUS 电荷混合、占据与电子温度
电荷混合、占据与电子温度:终端操作、完整输入、真实结果与适用范围。
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本篇采用鸢算科技集群 ABACUS 3.10.1 的实际输入与输出。下载实操资料包,解压后进入 abacus-examples。inputs 是干净输入,cases 是参考结果,work 用于你的新计算。
这篇要做什么#
对相同Si结构演示电荷混合、展宽、固定占据和电子数设置。plain、pulay、broyden是迭代算法选择;Gaussian、Fermi–Dirac、Methfessel–Paxton展宽不完全等价。smearing_sigma与xc_temperature均应按手册核对Ry单位,不能直接填写摄氏温度。带电周期晶胞需要背景/补偿模型和有限尺寸检查,本例只演示电子数入口,不把总能量差当成缺陷形成能。固定占据数组按k点与能带数量匹配,Gamma示例的8个数不能直接用于多k点。
1 准备并提交#
python new-case.py mixing-plain
cd work/mixing-plain
sbatch run.sh
提交脚本使用核时分区模板。套餐用户按自己的资源权限用 yskit 生成提交脚本,保留相同的 ABACUS 计算命令。不要在登录节点直接运行计算。
本篇资料目录:mixing-plain、mixing-pulay、mixing-broyden、smearing-gaussian、smearing-fd、smearing-mp、finite-temperature-xc、charged-cell、fixed-occupations。其他对照例回到资料包根目录,换目录名后用同样三个命令提交。
2 核心输入#
mixing-plain/INPUT 的完整内容:
INPUT_PARAMETERS
suffix tutorial
calculation scf
basis_type pw
ecutwfc 40
scf_thr 1e-8
scf_nmax 150
ks_solver cg
device gpu
precision double
cal_force 1
cal_stress 1
pseudo_dir ../../PP_ORB
orbital_dir ../../PP_ORB
mixing_type plain
mixing_beta 0.4
重点检查:mixing_type、mixing_beta、smearing_method、smearing_sigma、ocp_set、nelec、xc_temperature。参数与说明应按3.10.1理解;官网 latest 的新增参数见版本与扩展范围。
展开完整 STRU 结构与 KPT 采样文件
STRU#
ATOMIC_SPECIES
Si 28.0855 Si_ONCV_PBE-1.0.upf
NUMERICAL_ORBITAL
Si_gga_8au_100Ry_2s2p1d.orb
LATTICE_CONSTANT
10.26
LATTICE_VECTORS
0 0.5 0.5
0.5 0 0.5
0.5 0.5 0
ATOMIC_POSITIONS
Direct
Si
0.0
2
0 0 0 1 1 1
0.25 0.25 0.25 1 1 1
KPT#
K_POINTS
0
Gamma
2 2 2 0 0 0
对照输入的差别#
mixing-pulay:
mixing_type pulay
mixing-broyden:
mixing_type broyden
smearing-gaussian:
smearing_method gaussian
smearing_sigma 0.01
smearing-fd:
smearing_method fd
smearing_sigma 0.01
smearing-mp:
smearing_method mp
smearing_sigma 0.01
finite-temperature-xc:
dft_functional LDA_XC_CORRKSDT
xc_temperature 0.01
charged-cell:
nelec 8.1
smearing_method fd
smearing_sigma 0.01
fixed-occupations:
out_chg 1
out_pot 1
out_wfc_pw 1
ocp 1
ocp_set 2 2 2 2 0 0 0 0
nbands 8
3 检查输出和实际结果#
squeue -u "$USER"
tail -n 30 stdout.log
ls OUT.*
确认正常结束后,再检查电子收敛、几何或时间步终止条件以及本篇需要的结果文件。SCF电子收敛不等于晶胞或原子优化完成。
| 实算目录 | 最后总能量 / eV | 计算类型 | 执行路径 |
|---|---|---|---|
mixing-plain |
-211.920965786 | scf |
GPU |
mixing-pulay |
-211.920965746 | scf |
GPU |
mixing-broyden |
-211.920965746 | scf |
GPU |
smearing-gaussian |
-211.918706808 | scf |
GPU |
smearing-fd |
-211.949347327 | scf |
GPU |
smearing-mp |
-211.915683729 | scf |
GPU |
finite-temperature-xc |
-211.465730715 | scf |
GPU |
charged-cell |
-211.277010853 | scf |
GPU |
fixed-occupations |
-197.524341646 | scf |
GPU |
总能量是整个输入晶胞的量;不同原子数、赝势、泛函或物理条件的数值不能直接相减。CPU路径也在分配的计算资源中执行,本表不提供CPU节点性能对照。
4 提取和重画#
回到资料包根目录:
module load ase/3.29.0
python plot.py scf-controls
ls figures
plot.py读取对应原始日志或结果文件;已有CSV在 analysis。结构可打开输出的 STRU.cif,cube可在VESTA查看。保留原始数据、坐标单位和参数,修改绘图不能改变计算结果。