LAMMPS 用已有轨迹重新计算能量

本文使用鸢算科技集群 LAMMPS 30 Sep 2026 的真实计算。下载输入、参考轨迹、分析脚本与数据图（约 72.5 MB），解压后进入 lammps-examples。cases 保存参考结果，inputs 保存干净输入，使用 new-case.py 创建自己的计算副本。

要完成什么#

rerun 逐帧读取保存坐标，重新评价当前势函数和 compute，不产生新的动力学轨迹。需要先建立匹配的盒子、原子类型、质量和相互作用，并关闭不适合重放的积分/输出命令。

本例重新评价自己保存的 LJ 轨迹，并将同帧势能与原始模拟比较。轨迹采用 format float %.16g 保存足够精度，避免默认文本坐标舍入影响能量对照。这里只重放 x/y/z，因此不要把 rerun 中的温度当作重算出的正确动态温度；要分析速度性质需保存并读回相应速度。

图示为这一 LJ 模型的动力学输出示例；本次重放的逐帧数值与误差见数据表和资料包。更换势函数后的能量差，也不自动等于两种势的自由能差。

1 准备并提交#

python new-case.py rerun
cd work/rerun
sbatch run.sh

run.sh 是本算例匹配的核时 P100 或 V10016G 模板。套餐用户按自己的权限使用 yskit 生成提交脚本，保留下面的计算命令。完整模拟在计算节点执行。其他例子回到资料包根目录，替换目录名后分别提交。

2 实际计算命令与输入#

rerun#

mpirun -np 1 lmp -sf gpu -pk gpu 1 -in in.lammps > stdout.log 2>&1

下面是 rerun/in.lammps 的完整输入；其他目录的完整输入也在资料包中。

units lj
atom_style atomic
boundary p p p
lattice fcc 0.8
region box block 0 8 0 8 0 8
create_box 1 box
create_atoms 1 box
mass 1 1
pair_style lj/cut 2.5
pair_coeff * * 1 1 2.5
pair_modify shift yes
neighbor 0.3 bin
neigh_modify every 1 delay 0 check yes
thermo 100
thermo_style custom step time atoms temp pe ke etotal press vol density
thermo_modify norm no format float %.12g
timestep 0.004
velocity all create 1.0 927451 mom yes rot yes dist gaussian
fix eq all nvt temp 1.0 1.0 0.5
run 4000
unfix eq
reset_timestep 0
dump tr all custom 200 trajectory.lammpstrj id type x y z vx vy vz
dump_modify tr sort id format float %.16g
fix int all nvt temp 1.0 1.0 0.5
compute rdf all rdf 100
fix rdfout all ave/time 10 100 1000 c_rdf[*] file rdf.dat mode vector
compute msd all msd com yes
compute vac all vacf
fix transport all ave/time 10 1 10 c_msd[4] c_vac[4] file transport.dat
compute peatom all pe/atom
compute cn all coord/atom cutoff 1.4
compute centrosym all centro/atom fcc
run 2000
write_data final.data
write_restart final.restart
write_dump all custom final.dump id type x y z c_peatom c_cn c_centrosym modify sort id
unfix int
unfix rdfout
unfix transport
undump tr
thermo 1
rerun trajectory.lammpstrj dump x y z box yes

3 查看输出与实际数据#

tail -n 30 stdout.log
ls -lh

stdout.log 是计算输出；轨迹保存在 trajectory.lammpstrj（适用的算例），结构保存在 final.data。静态扫描和 run 0 对照不一定生成动力学轨迹。以下动态均值取最后一个热力学输出块的后半段；静态结果取对应输出，单位随输入确定。

LJ/珠簧例子使用约化单位；metal 为 K、g/cm³、eV；水的 real 单位为 K、g/cm³、kcal/mol。势能列是整个体系的总量，跨不同原子数不可直接相比。

本次同帧重放势能的最大差异为 7.622e-09 LJ能量/原子。

4 提取数据与重画#

回到附件根目录，使用已经安装的 ASE Python 环境执行真实数据分析脚本：

module load ase/3.29.0
python analyze.py --root .
ls analysis
ls figures

脚本使用 NumPy/Matplotlib，读取参考日志、轨迹和相关函数，生成 CSV 与 PNG。查看 analyze.py 中本篇对应目录的处理段，可以把路径换成你的新结果。完整脚本按本专题的全部参考目录组织，单个新算例不需要假造其他目录来运行；提取对应段即可。

进一步查阅#

• LAMMPS专题目录
• 官方30 Sep 2026手册
• GPU与KOKKOS包的详细使用范围