LAMMPS 环境与任务提交

本文使用鸢算科技集群 LAMMPS 30 Sep 2026 的真实计算。下载输入、参考轨迹、分析脚本与数据图（约 72.5 MB），解压后进入 lammps-examples。cases 保存参考结果，inputs 保存干净输入，使用 new-case.py 创建自己的计算副本。

选择版本与模块#

本次使用 LAMMPS 30 Sep 2026。GPU 包与 KOKKOS 是分别编译的程序；模块互斥，一次只加载一个。GPU 包的安装帮助显示 GCC 13.3.0、Open MPI 5.0.10、CUDA 12.8、mixed GPU 精度；KOKKOS 构建使用 C++20 和对应 Pascal60/Volta70 架构。PLUMED 2.9.4 已通过本专题实际调用。

module avail lammps
module load lammps/30Sep2026-p100-gpu
which lmp
module list

在获分配的计算资源中可用 mpirun -np 1 lmp -h 查看安装包与样式。不要只依据网上最新手册判断本地构建包含所有包；本专题附件保留实际帮助输出。

完整提交模板#

下面以一个 P100 GPU包算例为例。#SBATCH 申请的卡数和 MPI/线程设置应互相匹配；不要把进程数随意放大。

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=lmp-example
#SBATCH --partition=gpu-8v100-16g-hs
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --cpus-per-task=2
#SBATCH --gres=gpu:v100-16g:1
#SBATCH --mem=4G
#SBATCH --time=00:40:00
#SBATCH --output=job-%j.out
set -e
source /etc/profile.d/lmod.sh
module load lammps/30Sep2026-v100-gpu
export OMP_NUM_THREADS=1 OPENBLAS_NUM_THREADS=1 MKL_NUM_THREADS=1
cd "$SLURM_SUBMIT_DIR"
bash workflow.sh

KOKKOS 的完整模板在对应 backend-p100-kokkos 或 backend-v100-kokkos 输入目录。32GB V100 的模块虽属 V100 架构，本专题没有运行该资源，也没有新增 CPU 节点速度数据。历史性能比较保留在原有性能专题，不与本批短算例运行时间拼接。

查看任务#

sbatch run.sh
squeue -u "$USER"
tail -n 40 job-任务编号.out

输出显示正常结束后，还要检查原子数、最后步数、温度/能量和预期文件。run 0 是静态评价，不是没有成功执行；优化则应确认停止条件。

进一步查阅#

• LAMMPS专题目录
• 官方30 Sep 2026手册
• GPU与KOKKOS包的详细使用范围