pymatgen终端命令与批量读取

下载输入、实测结果和完整脚本。在解压目录运行 bash run.sh，结果写入 work/；reference/保留原始结构与CSV，脚本不会自动提交新的电子结构计算。

1 查本地帮助#

module load pymatgen/2026.9.24
pmg --help
pmg structure --help

本机命令包含config、analyze、query、plot、structure、view、diff、potcar八类。资料包保留各自帮助；下面给出本批真正执行的操作。在线query需要用户自己的数据库权限；view需要图形显示环境，不能在无显示的终端里视为已经显示成功。

2 转换结构与查对称性#

pmg structure -f reference/POSCAR-Si -s 0.001
pmg structure -f reference/POSCAR-Si my-si.cif -c

第一个读取空间群，第二个按目标扩展名转换格式。原结构保留，输出到新文件。若文件名触发工具的原胞自动处理，应再核对原子数和晶胞。

3 比较两份INCAR#

cat > INCAR-one <<'ONE'
ENCUT = 400
EDIFF = 1E-6
ONE
cat > INCAR-two <<'TWO'
ENCUT = 550
EDIFF = 1E-6
TWO
pmg diff -i INCAR-one INCAR-two

实际输出将ENCUT 400→550列为差异，EDIFF为相同项。比较只检查参数内容，不会判断550 eV是否已经对你的体系收敛。

4 直接从终端画XRD#

pmg plot -x reference/POSCAR-Si --out_file si-xrd.png

绘图不要省略输出文件参数后等待图形窗口。DOS也有相应入口，详细选项先查看 pmg plot --help；本专题的电子结构页给出更易控制的Python绘图流程。

5 限定目录、串行读取VASP#

python - <<'BORG'
from pymatgen.apps.borg.hive import VaspToComputedEntryDrone
from pymatgen.apps.borg.queen import BorgQueen
q = BorgQueen(VaspToComputedEntryDrone(inc_structure=True),
              number_of_drones=1)
q.serial_assimilate('inputs/bands')
for e in q.get_data():
    print(e.composition.formula, e.energy)
BORG

目录限定为本资料包的单个算例。当前安装版 pmg analyze 会按整机CPU数创建进程，因此小目录示例使用显式单进程的Borg接口；批量分析时也应按自己的资源分配限制并行度，避免在登录节点扫描整个共享盘。

Borg输出的能量仍取决于被读取的计算类型。能带非自洽目录中的能量不应直接混入结构相稳定性比较；形成能教程使用的是单独核对的基态计算参照。

6 配置和授权数据各自管理#

config和potcar涉及个人配置及势函数目录，请先查看本地帮助、保留原配置，并按自己的VASP许可管理数据。本资料包不分发POTCAR，不写用户API key，也没有为演示修改公共软件配置。

这些是当前主要实操入口；在线数据库、图形查看和其他专业模块需要对应条件，不能把八类帮助能打开等同于全部功能已经运行。