Sumo专题

Sumo命令与多软件格式

六个CLI入口、CASTEP/Questaal实际读取、固定来源数据和完整附件复跑。

更新于 2026-10-28约 6 分钟阅读按任务与环境选择适用配置
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下载完整算例、真实数据、绘图脚本和参考结果。解压后先进入附件目录;inputs/ 保存输入,reference/ 保存参考结果,bash run.sh 名称 将该项复制到 work/名称/ 并运行。重复运行会将旧结果移入 work/history/。这些是已有计算结果的准备与后处理操作,不会启动新的 DFT 计算。

module purge
module load amset/0.5.1
python -c "import importlib.metadata as m; print(m.version('sumo'))"

本次环境提供 Sumo 2.4.0.post1、Python 3.11.16、Pymatgen 2026.9.24、NumPy 1.26.4 和 Phonopy 4.8.1。Sumo 随当前 AMSET 环境提供;下面保持这一环境,避免混用另一个 Python。

1 六个命令分别做什么#

命令 输入与用途
sumo-kgen 结构与路径约定,生成高对称K点文件
sumo-bandplot 读取电子能带与投影,绘图并导出数据
sumo-bandstats 带隙、极值与局部带曲率/有效质量
sumo-dosplot 总DOS、元素/轨道/原子与自旋分量
sumo-optplot 介电函数及派生光学量
sumo-phonon-bandplot Phonopy/CASTEP声子、NAC及数据叠图

先查看本机帮助,避免把新版在线文档参数直接套进旧环境:

sumo-kgen --help
sumo-bandplot --help
sumo-bandstats --help
sumo-dosplot --help
sumo-optplot --help
sumo-phonon-bandplot --help

版本以 Python 包元数据为准;部分旧CLI帮助中的作者版本行不能替代安装版本。附件 COMMANDS.json 保存37条CLI配方,默认流程执行36条无需许可输入的配方,再执行1个有效质量API流程;另一条目录生成配方需自己的授权POTCAR。

2 CASTEP 格式:读取能带、投影DOS、声子#

下面的 CASTEP 与 Questaal 数据来自 Sumo官方v2.4.0的MIT许可测试材料,固定提交 28c722b5a9c540414a14474a90251e020e05cc96;附件记录URL、Git对象校验及SHA256。它们用于学习文件格式,并非本次在集群新运行的CASTEP或Questaal计算。Si、Cu、Fe、ZnS的VASP数据来源则是集群此前实际计算。

官方CASTEP Si格式参考数据,由本次Sumo实际读取并绘图

castep-kgen#

bash run.sh castep-kgen

这一步的原生命令(在生成的 work/castep-kgen/ 内执行):

sumo-kgen --code castep -p Si2.cell --seekpath --density 20

castep-bandplot#

bash run.sh castep-bandplot

这一步的原生命令(在生成的 work/castep-bandplot/ 内执行):

sumo-bandplot --code castep -f Si2.bands --font 'DejaVu Sans' --format png --width 10 --height 6 --dpi 180

castep-dos#

bash run.sh castep-dos

这一步的原生命令(在生成的 work/castep-dos/ 内执行):

sumo-dosplot --code castep -f NiO.bands --elements Ni.d,O.p --font 'DejaVu Sans' --format png --width 10 --height 6 --dpi 180

castep-phonons#

bash run.sh castep-phonons

这一步的原生命令(在生成的 work/castep-phonons/ 内执行):

sumo-phonon-bandplot -f zns.phonon --units THz --font 'DejaVu Sans' --format png --width 10 --height 6 --dpi 180

3 Questaal 格式:路径、能带、DOS和光学#

Questaal 使用自己约定的 site、bnds、dos 和 opt 文件。SnO₂示例直接使用固定来源;ZnO能带的 site 文件从同源VASP4结构重建,明确指定Zn/O元素及原生Bohr换算,并核对晶胞和分数坐标。不要把只带原子数的旧POSCAR默认读成H/He。

官方Questaal ZnO格式参考数据,由本次Sumo读取的能带

questaal-kgen#

bash run.sh questaal-kgen

这一步的原生命令(在生成的 work/questaal-kgen/ 内执行):

sumo-kgen --code questaal -p site.rutile --seekpath --density 20

questaal-bandplot#

bash run.sh questaal-bandplot

这一步的原生命令(在生成的 work/questaal-bandplot/ 内执行):

sumo-bandplot --code questaal -f bnds.band_calc --font 'DejaVu Sans' --format png --width 10 --height 6 --dpi 180

questaal-dos#

bash run.sh questaal-dos

这一步的原生命令(在生成的 work/questaal-dos/ 内执行):

sumo-dosplot --code questaal -f dos.rutile --elements Sn.s.p,O.s.p --font 'DejaVu Sans' --format png --width 10 --height 6 --dpi 180

questaal-optics#

bash run.sh questaal-optics

这一步的原生命令(在生成的 work/questaal-optics/ 内执行):

sumo-optplot absorption eps_real eps_imag --code questaal -f opt.rutile --xmin 0 --xmax 10 --font 'DejaVu Sans' --format png --width 10 --height 6 --dpi 180

4 附件怎样整体复跑#

bash run.sh all
python plot_summary.py
ls work
cat COMMANDS.json

all 不提交新的电子结构作业;它用现成输出绘图、拟合与生成路径。环境兼容入口只处理本固定版本的Latimer路径API与空穴非抛物线符号约定。PNG用于屏幕查看,PDF/SVG用于矢量排版;字体统一指定DejaVu Sans,避免依赖本机额外字体。

5 选择合适的起点#

已有VASP能带,先读能带篇;需要生成路径,读K点篇;有DOS/LOPTICS结果,分别读态密度/光学篇;有Phonopy受力与BORN,读声子篇。Sumo不会补回缺失的投影、空带或Born电荷,也不会把稀疏采样自动变成收敛物性。本专题覆盖六个CLI入口与三种后端的常见实际流程,不把所有参数排列组合当作已演示内容。

参考:Sumo 官方 v2.4.0 源码。在线手册可能描述更新版本,本篇命令以集群所用版本和附件实际运行为准。

需要根据你的体系选择资源?联系讨论计算需求。实际可用软件与权限,以当前账户和运行环境为准。

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