yskit菜单与计算任务准备

yskit 把复制提交脚本、个人软件初始化、VASP显存估算和分段能带放进一个终端菜单。在算例目录输入一个命令即可开始：

yskit

按屏幕编号选择，0返回，q退出，不需要Shift或方向键。菜单1和2准备文件，菜单3只读估算；菜单4先生成工作流，再按文档明确提交。文件生成不等于任务已经在运行。

下载本篇命令示例、Si输入、真实后处理数据与绘图脚本。yskit使用系统Python，无需另外编译；本例绘图/独立读取使用amset/0.5.1环境中的Pymatgen与Matplotlib，原生能带提取使用VASPKIT 1.5.1。

1 菜单1：把适合自己的脚本复制到当前目录#

核时用户按量使用资源；套餐用户在所购套餐的资源范围内使用。选择菜单1后，先选自己的用户类型，再选软件、版本和节点类型，最后选脚本。

本次实际测试的两条选择路径：

脚本以原文件名复制，内容和权限保持；同名文件已存在时保留旧文件，不自动覆盖。本次两类菜单均完成实际复制和同名文件保护检查。提交前先查看资源设置：

ls sub_vasp*.sh
sed -n '1,35p' sub_vasp.6.6.1_p100.sh

确认节点、GPU数、MPI进程数和输入文件匹配，再提交：

sbatch sub_vasp.6.6.1_p100.sh
squeue -u "$USER"

也可直接进入复制菜单，或列出当前模板：

yskit copy
yskit list

本篇核对时清单有513份模板；以后数量可能随软件更新变化。模板存在不表示对应资源此刻空闲或适用于所有账户，应同时检查队列/门户状态。复制操作本身没有提交作业。

2 菜单2：ATAT与Gaussian个人初始化#

选择菜单2，再选ATAT或Gaussian。ATAT创建缺失的个人配置；Gaussian按个人目录准备环境与示例，需要有权使用对应软件。已有配置和同名文件保留，初始化不会自动提交计算。

DP-GEN入口在菜单1的软件列表中：先选用户类型，再选DP-GEN，依次选择训练、探索、标注的软件环境与资源，预览后生成。它仍需要用户提供科学参数和初始数据；不能把生成machine.json理解为已经完成机器学习势训练。运行中的DP-GEN工作目录应保持原有配置。

相关操作见ATAT专题、Gaussian专题；本篇附件不分发Gaussian安装包，也不改其他用户的个人配置。

3 菜单3：先看每卡显存，不先启动VASP#

进入包含INCAR、POSCAR、POTCAR、KPOINTS的算例目录，运行yskit，选菜单3，按提示选择显卡、卡数、程序类型及目录。它读取输入，显示每张卡中最高占用卡的估算；不会启动VASP。Line-mode或无法自动确定实际NKPTS的情况，按提示提供实际点数。

本例使用既有Si96显存标定输入：NBANDS=280、ENCUT=350 eV、8个实际k点、KPAR=1、NSIM=32。完整INCAR如下；它是短电子步显存标定设置，不能据此报告收敛能量。正式科学计算请按目标精度收敛，例如一般教程常用EDIFF=1E-6。

ISTART = 0
ICHARG = 2
ENCUT = 350
PREC = Normal
ISMEAR = 0
SIGMA = 0.1
LREAL = Auto
EDIFF = 1E-4
LWAVE = .FALSE.
LCHARG = .FALSE.
ISYM = 2
IBRION = -1
ISIF = 2
NSW = 0
ISPIN = 1
ADDGRID = .TRUE.
ALGO = Normal
NCORE = 1
NELM = 10
NELMIN = 10
NBANDS = 280
KPAR = 1
NSIM = 32

KPOINTS：

Memory extension
0
Gamma
2 2 2
0 0 0

对同一输入实际执行八次只读报告，结果如下；其中“实测匹配”来自既有GPU标定数据，其他是模型估算。这不是八次新的GPU模拟。

例如四卡P100的报告约2.2501 GiB/卡，工程范围2.0251–2.7001 GiB，建议每卡预留可用显存约3.2001 GiB。报告的范围与预留量不是统计置信区间，也不能保证不会OOM；其他方法、不同版本或接近容量上限的算例要结合短试算判断。

具体参数影响和标定背景见VASP GPU显存规划。附件的显存步骤需先把本例匹配的、自己有权使用的Si POTCAR放入inputs/memory；附件不提供POTCAR。换用不同版本赝势时，可能从实测匹配变为一般估算。

bash run.sh memory
cat LAST-RUN.txt

4 菜单4：每条完整高对称路径分开算#

先准备结构，菜单4生成KPATH.in；确认晶胞与坐标约定，再完成收敛SCF；回到菜单4准备工作流，最后提交并提取结果。默认沿用VASPKIT每段20点。用户可以在生成工作流之前修改KPATH.in中的20；工作流生成后按冻结输入运行，不能临时改点数而沿用旧结果。

每个任务计算一条完整路径，例如Γ→X、X→M、M→Γ。全部完成后按原顺序合并。它需要完整收敛的静态SCF作为共同参考，不能拿优化中间步、MD快照的旧输出或不同结构的CHGCAR随意拼接。当前不接入Libxc SCF分支，也不合并PROCAR/WAVECAR/vasprun.xml；投影能带需要相应的独立流程。

完整客户步骤、输入与显存实测见yskit VASP分段能带工作流。本次重新核对该文实际Si2 PBE/HSE及Si128单卡/双卡数据，并重新运行VASPKIT提取：普通路径用211，含规则SCF点的杂化格式用252。合并与完整路径参考的最大能量差，PBE/Si128为0，HSE约1E-6 eV，未重新计算DFT。

生成的工作流根目录中运行：

bash extract.sh

即可调用相应VASPKIT任务，得到BAND.dat、REFORMATTED_BAND.dat、KLABELS等文件。不要把普通211任务直接套到含SCF网格点的杂化文件上。

5 用Pymatgen读取旧合并文件#

新生成的yskit工作流已经采用兼容的k点行格式。若手头是旧合并EIGENVAL，VASPKIT可正常提取，而某些Pymatgen版本会因行首空白格式漏读；附件提供只写新副本的转换命令，不改变坐标、权重、能量或占据：

python format_eigenval.py EIGENVAL EIGENVAL.formatted

随后明确检查读取的k点数：

from pymatgen.io.vasp.outputs import Eigenval
e = Eigenval('EIGENVAL.formatted')
assert len(e.kpoints) == e.nkpt
print(e.nkpt, e.nbands)

本次四组实际输出均通过Pymatgen完整读取，并与原生VASPKIT提取的数据逐项一致。已有工作目录的冻结workflow.py请保持原样，独立转换只针对要交给其他工具读取的文件副本。

6 下载包怎样运行#

bash run.sh all
cat LAST-RUN.txt

默认all运行实际脚本复制/保护检查、菜单说明、当前模板清单、四组数据的格式转换和VASPKIT提取，并重画两张图；不需要POTCAR，不提交计算。默认显存图读取附件中八份已核对报告；需要重新估算时按第3节补入授权POTCAR，再单独运行memory。

每次输出到新的work/时间戳目录，保留旧结果。inputs/是原始示例，reference/是参考结果，LAST-RUN.txt指出最近一次目录。该包没有执行DP-GEN训练或Gaussian安装，相关完整科学流程在各自专题继续介绍。