计算的下一步，从这里找到。
从第一次登录到并行参数、显存与准确性，按问题查找对应指南。
开始使用
7 个入口新用户快速上手
按账号确认、登录上传、选择模板、提交、检查、下载六步完成第一次计算。
集群登录与文件传输
通过图文步骤学习Xshell登录、WinSCP文件传输和浏览器门户使用。
HPC门户操作指南
浏览器登录、账户账单、Web Shell和个人文件管理。
软件环境
11 个入口软件环境总览与分项索引
按计算方向查找软件，了解输入准备、环境加载、任务提交及编译依赖。
基础软件环境
Modules、Miniconda、编译器、CUDA、MPI、软件总索引及工具链的对应关系。
第一性原理计算软件
VASP、ABACUS、CP2K、QE、SIESTA、GPAW及配套工具的环境、功能和用法。
查看软件环境全部 11 个入口
量子化学软件
ORCA、Gaussian、xTB与CREST的环境、功能、个人初始化及运行说明。
分子动力学软件
LAMMPS、PLUMED、GROMACS和SPPARKS的版本、编译环境、输入及运行方式。
机器学习势与工作流
DeePMD-kit、DP-GEN、GPUMD、MACE和GPUMDkit的环境、训练与模拟工作流。
数据分析与结构处理工具
电子结构、波函数、成键和结构数据处理工具，包含VASPKIT、Wannier90、Multiwfn等。
声子、热输运与材料性质工具
Phonopy、ShengBTE、FourPhonon、TDEP、AMSET等软件的环境与计算路径。
激发态与非绝热动力学工具
VASPBERRY与Hefei-NAMD的环境、输入、并行提交与结果检查。
Python数据处理与开发工具
公共Python数据处理包、开发与会话工具、AI工具和相关使用边界。
Vim编辑器CP2K插件
CP2K输入文件的Vim编辑与语法辅助。
VASP 专题
129 个入口VASP GPU 加速发展历程
理解FP64、显存、多卡互联和算力选择。
VASP 版本与扩展功能
按研究任务选择VASP版本和扩展构建，含五个CPU版本的Libxc 7.1.2泛函库。
VASP GPU 性能实测
比较CPU与P100、V100完成时间及参考核时。
查看VASP 专题全部 129 个入口
VASP GPU 计算准确性
比较能量、原子力、电子结构和吸附分析。
VASP GPU 加速参数
以六种Si规模比较KPAR与NSIM。
VASP GPU 显存规划
理解软件版本、科学参数和并行布局的显存影响。
VASP 体系与性质计算全景指南
从晶体、表面、缺陷到电化学与激发态，按研究目标查找 VASP 原生功能、扩展工具、计算流程和适用边界。
VASP实算教程导航
按想计算的性质找教程，从结构、电子、光谱、热学进入对应实算流程。
VASP 结构优化：晶胞、原子与二维材料
分清晶胞优化与原子位置优化，参照Si、MoS₂和Cu表面的实算完成自己的结构优化。
VASP 能量计算：内聚能、结合能与反应能
用Cu原子与体相、水二聚体和水煤气变换反应学习参照能量、符号与结果提取。
VASP 形成能与相稳定性入门
用Cu–Au的小型实算集合学习形成能、混合焓、分解能、凸包和化学势范围。
VASP 状态方程与高压相比较
从Si的五个体积点得到平衡体积和体积模量，再用压力优化与静态能量比较两种结构。
VASP 表面、层间、界面与晶界能量
从Cu表面到石墨层间、石墨烯/h-BN与Cu孪晶界，理解能量参照、面积和界面个数。
VASP 小规模结构搜索入门
用三个随机Si初始结构演示生成候选、几何优化、能量排序和结构去重的基本流程。
VASP 弹性常数与力学性质入门
从硅的小应变与应力计算，理解固定离子、弛豫离子弹性常数，以及模量、各向异性和力学稳定性。
VASP 光学谱：从介电函数到吸收与反射
以硅的实算说明LOPTICS计算顺序，以及介电函数、折射率、吸收、反射和损失函数的转换。
VASP 磁性入门：磁矩与不同磁态比较
用同一铁晶胞比较自旋极化、反平行初始磁矩和非磁态，理解初态、最终磁矩及能量比较。
VASP 电荷密度、ELF与表面功函数
讲清CHGCAR、ELFCAR和LOCPOT各自表示什么，用Cu(111)实算提取真空平台与功函数。
VASP 分子振动与热化学修正
用水分子的实际频率计算，理解振动模式、零点能以及温度和压力下的理想气体自由能。
VASP AIMD与轨迹分析入门
通过硅的250步轨迹学习恒温设置、温度检查、周期展开和MSD。
VASP 非谐声子与晶格热导入门
从三阶位移到phono3py热输运，展示硅的三个q网格实际对比。
VASP 原子电荷与COHP成键分析
用NaCl的Bader电荷与硅的LOBSTER结果理解电子转移和成键指标。
VASP 晶体声子与热容计算
用硅的有限位移实算，串起超胞、原子力、声子色散、态密度和热容。
VASP 反应路径与过渡态入门
以H与H₂交换反应说明端点、插值、爬坡NEB和虚频检查。
VASP 中性空位形成能计算
从完整超胞删去一个硅原子，完成结构优化、化学势参照与形成能计算。
VASP 准谐自由能与热膨胀入门
在五个体积分别算硅的声子，理解自由能、平衡体积和热膨胀的关系。
VASP 二维弹性与应变加载
用石墨烯和硅说明二维刚度单位、应变约束和拉伸曲线怎样读取。
VASP 能带、DOS与有效质量
从同一SCF密度出发，计算硅的能带与纵向、横向电子有效质量。
VASP 电子输运与热电入门
将硅的均匀网格能带交给BoltzTraP2，得到载流子浓度、Seebeck和电导除以弛豫时间。
VASP 泛函与扩展怎样选择
比较同几何、同k网格的硅带隙示例，并区分U、色散、Libxc和专用接口。
VASP GW与BSE光谱入门
按SCF、空带、GW、BSE的顺序完成硅的示例，区分准粒子与光学激发。
VASP NMR、EFG与结构衍射入门
通过水分子屏蔽张量、电场梯度和硅理论XRD，区分不同局域与结构探针。
VASP MLFF训练与独立检验
从短程在线训练到未参与训练的结构对照，判断力场能否用于后续模拟。
VASP 极化、介电与压电入门
用ZnS把Berry相位极化变化、Born电荷及电子/离子响应联系起来。
VASP SOC与磁各向异性入门
用铁的三个磁化方向说明SOC设置、微小能差和易轴判断的精度要求。
VASP与Wannier90插值入门
用硅的四个价带Wannier函数，检查局域化与直接DFT能带的一致性。
VASP 色散修正与层间距离扫描
用双层石墨烯的PBE和D3(BJ)对照，学习层间作用的建模与能量参照。
VASP 态密度、d带中心与电子局域化
用硅和铜的实算输出，学习DOS、轨道投影、电荷密度和ELF的不同读法。
VASP DFT+U计算入门
用固定NiO结构上的U参数对照，学习LDAU设置、带隙和局域磁矩读取。
VASP 吸附自由能与析氢入门
在Cu(111)的H吸附能上，加入实算振动和H₂气体热化学修正。
VASP 分子电离能与电子亲和能
用水分子和氟原子的电荷态总能量差，学习固定几何计算和真空盒对照。
VASP 表面吸附能与位点比较
以H吸附Cu(111)为例，从固定底层的结构优化到一致参照下的吸附能。
VASP 超精细耦合计算入门
以甲基自由基为例，设置核旋磁比并区分价电子与芯层贡献。
VASP 声子寿命、平均自由程与边界散射
从Phono3py实算结果拆解热导贡献，并展示简单漫散射边界近似。
VASP 声子群速度、Grüneisen参数与原子振幅
在硅的实算二阶力常数上，提取模分辨性质和温度相关原子均方位移。
VASP 分波电荷与STM图像入门
从收敛Cu(111)波函数提取占据与空态窗口，绘制恒高积分LDOS示意。
VASP 插入电压、容量与体积变化
以一个Li插入16个Si的稀释模型，演示金属参照、容量换算和体积比较。
VASP optcell约束晶胞优化
用正交石墨烯超胞，演示只放松面内晶胞、保持真空方向不变。
VASPsol 隐式溶剂计算入门
以水分子的固定几何对照，说明溶剂模型、模块选择和能量差提取。
VASP 铁电软模、双势阱与极化路径
以BaTiO₃为例，从软模位移到能量曲线，说明极化分支的连接方法。
VASP HDF5结果与py4vasp提取
用硅的实算文件，提取能量、原子力和DOS，减少手工复制结果。
VASP 刚性滑移能曲线入门
用Cu(111)周期模型，说明滑移路径、界面数量和能量面积归一化。
VASP与critic2电子密度拓扑
用NaCl实算寻找临界点和键径，理解密度、拉普拉斯与拓扑连接的含义。
VASP分子红外频率与相对强度
用水分子有限位移，同时提取力常数和偶极导数，区分频率与红外强度。
VASP振动中的同位素效应
复用水分子实算力常数，比较H₂O、HDO与D₂O频率和零点能。
VASP声子到动态结构因子
用硅的实算力常数计算单声子散射强度，理解色散相同但散射权重不同。
VASP应变对带隙的影响
用硅的等比例晶胞应变，比较固定k网格上的电子带隙趋势。
从VASP吸附自由能到覆盖度模型
以Cu(111)上的氢为例，演示解离吸附的压力依赖与Langmuir近似。
VASP簇展开到合金蒙特卡洛
用真实Cu–Au VASP簇展开模型进行固定组分采样，读取能量、自由能与有序指标。
从VASP形成能估算中性空位浓度
用硅空位实算能量演示温度、位点密度和简并度的作用。
VASP缺陷复合与结合能
用硅相邻双空位的实际优化，说明单缺陷与复合缺陷的能量参照。
VASP费米面截面与费米速度
用Cu原胞实算，重建完整k网格并提取费米面截面和近费米能群速度。
VASP速度自相关与NVE能量检查
用Na轨迹比较VACF、运行积分和能量漂移，辅助判断动力学数据。
VASP液体自扩散系数
从解包裹坐标和多时间起点MSD，估算Na液体的自扩散系数。
VASP液体结构与径向分布函数
用Na液体轨迹计算RDF与固定半径配位数，区分瞬时结构和时间平均。
VASP弹性结果与经验硬度
用实算硅弹性张量估计硬度与脆韧趋势，说明经验模型和实际压痕的区别。
VASP与外部DFT-D4色散修正
用双层石墨烯固定结构实算，演示PBE能量与独立D4修正的组合。
VASP轨道投影能带
从Si的PROCAR提取s、p轨道权重，读懂胖带图与投影归一化。
VASP重叠矩阵与Wilson环
从Si的实际Wannier接口数据计算闭合Wilson环相位，理解Berry信息与拓扑判据的区别。
VASP的MP2相关能计算
用LiH小原胞演示Hartree–Fock、完整虚轨道与MP2相关能三步流程。
VASP非共振拉曼张量
用硅光学模位移前后的介电响应，提取静态拉曼张量与相对活性。
VASP的BEEF反应能与集合分析
用水生成反应的实际计算，学习BEEF-vdW能量与相关集合误差的组合。
VASP固定总磁矩与能量扫描
用bcc铁的五个固定总自旋点，区分初始磁矩、总自旋约束与原子投影磁矩。
VASP电子密度与NCI氢键图
从水二聚体的VASP电子密度出发，用critic2查看分子间氢键区域。
VASP的TDDFT与Casida光学响应
从Si基态和空带出发，实际计算Casida线性光学响应并提取介电函数。
VASP时间传播光学响应
用Si比较时间传播与Casida光谱，理解传播步数、展宽和输出方向。
VASP与VTST的dimer过渡态搜索
用氨分子翻转的真实算例，比较原生IDM和VTST dimer，再以振动确认鞍点。
VASP能垒与谐近似尝试频率
用NH₃稳定态和鞍点的实际振动，演示Vineyard尝试频率与经典振动HTST估算。
VASP外电场下的二维体系带隙
用双层hBN的三个静态电场点，学习薄层外场、偶极修正与带隙提取。
VASP自旋螺旋与E(q)扫描
用bcc铁原胞扫描四个自旋螺旋波矢，学习非共线设置、能量和局域磁矩提取。
VASP数据如何用于CALPHAD建模
从Cu–Au实际计算出发，整理成分、构型、参照态和单位一致的热力学输入。
从VASP弹性常数到连续介质模型
将Si实际弹性张量导出为SI单位，再计算不同厚度悬臂梁的挠度和频率。
VASP与Hirshfeld原子电荷
用NaCl的三组真实密度网格，学习全电子Hirshfeld划分和电荷积分检查。
VASP INCAR设置与参数参考
INCAR语法、工具生成、常用参数、任务模板和收敛排查集中查询。
VASP报错排查
结合版本、输入和输出定位VASP运行错误。
VASP晶格常数测试
晶格常数扫描、计算结果整理与曲线拟合。
VASP核空穴与XANES近边吸收
用金刚石C16模型学习吸收原子分组、核空穴输入、空带检查与光谱提取。
VASP输入文件准备
从建目录、准备四文件、检查到提交，详细参数链接到各自唯一参考页。
VASP输入文件：KPOINTS
理解k点采样，并结合具体体系进行收敛测试。
VASP输入文件：POSCAR
理解POSCAR的元素、坐标和约束设置。
VASP输入文件：POTCAR
理解赝势选择，使用前确认合法授权与元素顺序。
VASP运行与输出检查
从Slurm日志、OUTCAR和收敛信息确认程序是否正常完成。
VASP核能级化学位移入门
用乙醇两个碳原子的实际结果，理解同一体系内C1s初态位移与参照选择。
VASP能带与普通Hall系数
从BoltzTraP2实际输出提取Si的普通Hall系数，并比较名义掺杂和Hall载流子数。
从VASP吸附自由能到限制电势
用H/Cu(111)的实算自由能，演示两步析氢的CHE电势修正和热力学过电位。
VASP功率因子与ZT估算
用Si实算输运数据计算PF/τ，并展示额外假设怎样影响ZT。
VASP与穆斯堡尔分析的局域参数
用立方及四方畸变Fe，学习电场梯度、核素设置和超精细接触项的读取。
VASP轨道磁化率计算
从水分子实际线性响应输出，区分pGv/vGv结果、芯层贡献与截断能检查。
VASP与AMSET散射模型迁移率
以Si真实形变势和波函数为输入，计算声学形变势散射下的迁移率与输运弛豫时间。
VASP超胞能带展开
用纯Si超胞作检查，再看固定几何Si₃Ge模型的谱权重，理解能带折叠与展开。
VASP真空参照带边与电子亲和势
用单层和双层hBN实际计算，提取平坦真空势并比较Kohn–Sham带边。
VASP热位移与有效声子拟合
从热位移结构的实际原子力拟合有效二阶力常数，理解一次拟合与自洽声子的区别。
VASP热位移与带隙温度变化
用硅的量子谐振位移采样，比较静态、0 K、300 K与600 K的网格带隙。
VASP原生电子–声子矩阵元
用硅实算串起超胞势导数、原胞电子态和电子–声子耦合矩阵元。
VASP电子–声子自能与线宽
从硅Γ点实际Fan和Debye–Waller结果，理解能级位移、展宽敏感性与谱函数近似。
从VASP螺旋能量估计长波自旋波
沿用铁的交换拟合，理解绝热自旋波能量以及刚性磁矩近似的范围。
从VASP数据训练DeePMD原子势
用硅的能量和原子力，完整走通数据整理、训练、模型导出和独立测试。
VASP自旋螺旋与交换参数拟合
用bcc铁的小波矢能量拟合两壳层交换模型，并用留出的方向检验。
CP-VASP恒电势电极入门
用铜表面展示固定几何下调节电子数、匹配目标电子化学势的实际流程。
VASP电极电荷与模型电容
从恒电势铜表面的电子数变化，提取双面薄层模型的每面电荷和局部电容。
VASP非谐振动势能曲线
用硅的冻结光学位移，比较二次、四次与六次项，并用原子力检查拟合。
VASP单坐标非谐自由能示例
从实际势能曲线建立一维量子模型，比较谐近似与非谐振动自由能。
VASP构型坐标与Huang–Rhys因子
从CO两态键长和实际振动频率，计算单伸缩模位移、重组能及简化声子权重。
VASP分子ΔSCF与垂直、绝热能差
以CO两个总自旋状态为例，分清同一几何的能量差、结构弛豫和振动零点修正。
从VASP能带构建有限层表面模型
用硅的8轨道Wannier模型，对照体相能带并观察有限层边界权重。
VASP cRPA计算有效相互作用U与J
用SrVO₃的三个t₂g轨道，完成基态、空带、cRPA和参数对照。
VASP能带不可约表示与简并标签
用硅的实际波函数，在Γ、X、L点识别简并和对称性标签。
VASP与Wannier90计算非线性位移电流
用GaAs实算展示波函数、Wannier插值、响应张量与数值对照的完整流程。
VASP与Wannier90计算反常霍尔电导
从Fe的SOC波函数到Berry曲率积分，认识能带检查、积分网格与电导输出。
VASP与Wannier90计算磁性光学电导
用Fe展示复光学电导的对称与反对称分量，区分响应张量和Kerr旋转角。
从VASP到量子输运：钠链NEGF入门
用实算Wannier哈密顿量连接半无限引线，得到透射谱与固定势模型的电流电压曲线。
VASP Libxc 泛函库：版本选择与使用指南
五个VASP CPU版本接入Libxc 7.1.2；通过yskit选择脚本，设置PBE、SCAN、r²SCAN或PBE0，并检查计算结果。
yskit VASP分段能带工作流：使用与实测
从yskit菜单生成路径、准备SCF、逐段计算并提取结果；含默认每段20点及128原子显存实测。
VASP CPU参数：NCORE、KPAR与NPAR
56核CPU布局、合法分组与六种规模七张实际耗时图。
VASP恒电势下的氢吸附位点比较
用六个真实固定几何算例学习CP-VASP输入、电子化学势检查和同组成GCE比较。
BEEF吸附能与配对集合分析
CO/Cu表面真实算例：分阶段收敛、吸附能与2000成员的配对集合分析。
BEEF-vdW实操：CO与Cu表面的分阶段计算
CO/Cu表面真实算例：分阶段收敛、吸附能与2000成员的配对集合分析。
libbeef接口实操：交换、关联与导数
libbeef 0.1.3实际编译运行：C接口、导数、随机种子与VASP集合核对。
libbeef随机种子与VASP集合复现
libbeef 0.1.3实际编译运行：C接口、导数、随机种子与VASP集合核对。
VASPKIT专题
26 个入口VASPKIT实用教程导航
从输入生成、建模到电子、光学、动力学和声子后处理，按菜单逐项操作。
VASPKIT版本、环境与算例准备
选择1.5.1、核对个人配置，准备实例文件及需要重新生成的VASP波函数。
VASPKIT：输入文件与第一次运行
先用结构生成输入，再检查元素、赝势、网格和计算类型。VASPKIT生成的是起点模板，不会替你决定磁性、泛函、收敛阈值和物理模型。
查看VASPKIT专题全部 26 个入口
VASPKIT：一维、二维与三维能带路径
先判断周期方向，再生成与标准晶胞匹配的路径。二维体系的真空方向不需要沿三维布里渊区取路径。
VASPKIT：超胞、原子编辑与结构格式
在副本中完成建模，查看输出结构后再替换POSCAR。删除、替换和移动原子只是建立候选模型，接下来通常还要做结构优化。
VASPKIT：晶体与分子对称性
空间群依赖晶胞、原点和容差。先识别对称性，再决定是否转换原胞或常规胞；磁性、缺陷和有意施加的应变不应盲目对称化。
VASPKIT：表面、合金、低维模型与数据库
数据库查询与自己计算是两件事。建模后先看晶胞、原子间距、表面终止和真空层，再提交VASP；随机置换模型也不等于充分采样的无序合金。
VASPKIT：弹性常数、方向性与状态方程
先生成形变结构，逐个计算能量或应力，再回到上一级拟合。金刚石实例固定分数坐标，得到的是本组参数下的钳位离子响应，不能直接当成收敛后的实验对照。
VASPKIT：压电与介电张量
压电应力张量e、压电应变张量d、介电常数和弹性矩阵需要使用同一坐标约定。此处用官方示例的VASP结果在集群重新提取和组合。
VASPKIT：热化学校正、催化与NEB辅助
先用VASP得到电子能与振动频率，再根据气相或吸附态选择统计模型。NEB插值只生成路径初猜，不会自动找到过渡态。
VASPKIT：总态密度、投影态密度与空间分布
普通DOS需要规则网格的自洽或非自洽计算。沿高对称线的能带采样不能替代布里渊区积分；轨道投影还需要匹配的PROCAR或DOSCAR投影部分。
VASPKIT：普通能带、投影能带与杂化泛函
普通PBE能带与杂化泛函使用的KPOINTS格式不同。前者常从自洽电荷转到线模式；后者通常保留有权重网格，再加入零权重路径点。
VASPKIT：三维能带曲面与费米面
费米面需要规则倒空间网格。VASPKIT生成的KPOINTS首行含网格信息，应与同一轮EIGENVAL、DOSCAR和PROCAR一起保存，不能换成普通标题。
VASPKIT：超胞能带展开
展开把超胞本征态投影回参考原胞的倒空间。先确定原胞、超胞和变换矩阵，再生成映射k点；结构、矩阵和波函数必须来自同一套计算。
VASPKIT：电荷、差分电荷与STM
CHGCAR包含总电荷和可选自旋分量；PARCHG是指定能量或能带窗口的部分电荷。比较电荷差时，所有分量必须保持同一晶胞、原子坐标参照与FFT网格。
VASPKIT：静电势、平面平均与真空参照
沿真空方向平均LOCPOT，可用于检查真空平台和电势变化。应先说明使用LVHAR的离子加Hartree势还是LVTOT总局域势，不混用两种定义。
VASPKIT：波函数导出与宇称分析
WAVECAR必须由自己的VASP计算生成并保留。实部、虚部与模平方含义不同，波函数整体相位可以改变，不能直接用实部正负判断电荷转移。
VASPKIT：磁各向异性与自旋纹理
磁各向异性比较同一结构的SOC总能差；自旋纹理读取非共线SOC投影，两者都不能用普通ISPIN=2结果直接替代。
VASPKIT：输运、带隙与有效质量
先确定能带极值位置，再在其邻域进行细密采样。有效质量来自局部曲率；Boltzmann输运还依赖散射时间、温度、载流子与积分网格，示例参数不能直接转为器件性能。
VASPKIT：光学谱、跃迁矩阵元与光伏效率
先生成介电响应或波函数，再提取光谱。独立粒子、GW/BSE和二维有效厚度对应不同物理近似；这些设置应随图一起说明。
VASPKIT：分子动力学轨迹与扩散分析
先确认时间步、轨迹帧数和是否跨周期展开，再计算MSD、径向分布与振动态密度。官方水轨迹在集群重新分析，用来学习后处理，不代表本次重新进行水的AIMD。
VASPKIT：用户脚本、ABACUS与工具接口
接口负责转换或整理文件，并不替代后续软件运行。ABACUS弹性入口和主菜单201虽然编号相同，读取的是两套不同格式。
VASPKIT：二维结构、堆垛能与真空能级
二维结构先处理真空与层位置，再分别研究层间相对滑移和电子能级。移动所有原子只会整体平移，不是堆垛扫描。
VASPKIT：声子色散与元素投影
先用支持声子色散输出的VASP版本写出频率与本征矢，再由VASPKIT提取。硅原胞小例子演示文件衔接；研究长程力常数时应增大超胞并检查声学和规则。
VASPKIT：1.3.5旧版入口与版本差异
旧版教程里的数字不能直接搬到1.5.1。这里保留1.3.5独有的格式转换实例，生成的其他软件输入仍需补齐该软件自己的赝势、基组和收敛参数。
VASPKIT完整功能索引
逐项查找菜单、教程、旧版差异与Standard/Pro适用范围。
LAMMPS 专题
38 个入口LAMMPS 实操教程与实例
建模、势函数、平衡、续算、结构分析、力学、热输运和GPU操作的真实算例。
LAMMPS 环境与任务提交
选择版本、GPU/KOKKOS构建与可直接使用的作业脚本。
LAMMPS 从零跑通第一个算例
从零跑通第一个算例，包含可提交输入、实际终端命令、数据和配图。
查看LAMMPS 专题全部 38 个入口
LAMMPS 建立结构、区域与原子组
建立结构、区域与原子组，包含可提交输入、实际终端命令、数据和配图。
LAMMPS 选择势函数与单位
选择势函数与单位，包含可提交输入、实际终端命令、数据和配图。
LAMMPS 原子位置与晶胞优化
原子位置与晶胞优化，包含可提交输入、实际终端命令、数据和配图。
LAMMPS 能量体积曲线与平衡晶格
能量体积曲线与平衡晶格，包含可提交输入、实际终端命令、数据和配图。
LAMMPS NVE、NVT、NPT与随机控温
NVE、NVT、NPT与随机控温，包含可提交输入、实际终端命令、数据和配图。
LAMMPS 时间步长与能量漂移
时间步长与能量漂移，包含可提交输入、实际终端命令、数据和配图。
LAMMPS 镍晶体的平衡与温度扫描
镍晶体的平衡与温度扫描，包含可提交输入、实际终端命令、数据和配图。
LAMMPS Tersoff硅与多体势
Tersoff硅与多体势，包含可提交输入、实际终端命令、数据和配图。
LAMMPS SPC/E水、长程静电与SHAKE
SPC/E水、长程静电与SHAKE，包含可提交输入、实际终端命令、数据和配图。
LAMMPS 珠簧聚合物与回转半径
珠簧聚合物与回转半径，包含可提交输入、实际终端命令、数据和配图。
LAMMPS 保存检查点与继续计算
保存检查点与继续计算，包含可提交输入、实际终端命令、数据和配图。
LAMMPS 用已有轨迹重新计算能量
用已有轨迹重新计算能量，包含可提交输入、实际终端命令、数据和配图。
LAMMPS 径向分布函数与配位数
径向分布函数与配位数，包含可提交输入、实际终端命令、数据和配图。
LAMMPS 均方位移与扩散系数
均方位移与扩散系数，包含可提交输入、实际终端命令、数据和配图。
LAMMPS 速度自相关与动力学分析
速度自相关与动力学分析，包含可提交输入、实际终端命令、数据和配图。
LAMMPS 应变应力与弹性常数
应变应力与弹性常数，包含可提交输入、实际终端命令、数据和配图。
LAMMPS 空位结构与局部环境
空位结构与局部环境，包含可提交输入、实际终端命令、数据和配图。
LAMMPS Green–Kubo热输运
Green–Kubo热输运，包含可提交输入、实际终端命令、数据和配图。
LAMMPS 反向非平衡热输运
反向非平衡热输运，包含可提交输入、实际终端命令、数据和配图。
LAMMPS反向NEMD的温度剖面与误差
用两档交换频率、四个随机种子，完整提取约化热流、温度梯度和热导率。
LAMMPS 压力相关函数与黏度
压力相关函数与黏度，包含可提交输入、实际终端命令、数据和配图。
LAMMPS PLUMED集体变量与偏置
PLUMED集体变量与偏置，包含可提交输入、实际终端命令、数据和配图。
LAMMPS GPU包与KOKKOS实操对照
GPU包与KOKKOS实操对照，包含可提交输入、实际终端命令、数据和配图。
LAMMPS 配套工具实操
Atomsk建模、ASE互转与OVITO结构分析的实际命令。
LAMMPS 通用命令索引
逐项查询官方命令参数，区分本批实跑与专项参考入口。
LAMMPS 势函数与拓扑样式
安装样式清单、实际调用入口与适用边界。
LAMMPS 积分、控温与fix样式
安装样式清单、实际调用入口与适用边界。
LAMMPS compute、输出与其他样式
安装样式清单、实际调用入口与适用边界。
LAMMPS GPU加速使用指南
GPU与KOKKOS逐包支持矩阵、三个版本的完整命令清单与提交方法。
LAMMPS性能与核时
Cu、Si和SPC/E水的CPU/GPU完成时间与参考核时。
LAMMPS GPU包与KOKKOS参数
MPI、OpenMP、邻居、Newton与PPPM的实测选择。
LAMMPS CPU与GPU计算准确性
相同构型的能量、力、压力与短时NVE对照。
LAMMPS显存与体系规模
逐卡显存、邻居表、长程网格和多MPI共享的影响。
LAMMPS循环、续算与轨迹恢复实操
用256原子的短LJ任务练习include、变量循环、restart、read_dump和势函数导出。
LAMMPS声子矩阵与有限差分精度
8组Ni EAM小算例，对照CPU双精度与GPU力的有限差分结果。
ABACUS 专题
39 个入口ABACUS 实操教程
从输入、结构优化和电子性质，到分子动力学、响应与外部工具。
ABACUS 环境与任务提交
版本、编译依赖、输入格式和可直接提交的脚本。
ABACUS 辅助工具与数据导出
Phonopy、Wannier90、ASE、dpdata与外部接口分工。
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ABACUS 从三个输入文件开始
从三个输入文件开始：终端操作、完整输入、真实结果与适用范围。
ABACUS 截断能与k点收敛
截断能与k点收敛：终端操作、完整输入、真实结果与适用范围。
ABACUS PW、LCAO与求解器选择
PW、LCAO与求解器选择：终端操作、完整输入、真实结果与适用范围。
ABACUS 电荷混合、占据与电子温度
电荷混合、占据与电子温度：终端操作、完整输入、真实结果与适用范围。
ABACUS 原子位置优化与固定原子
原子位置优化与固定原子：终端操作、完整输入、真实结果与适用范围。
ABACUS 晶胞优化、压力与形状约束
晶胞优化、压力与形状约束：终端操作、完整输入、真实结果与适用范围。
ABACUS 能量体积扫描
能量体积扫描：终端操作、完整输入、真实结果与适用范围。
ABACUS LDA、GGA与meta-GGA
LDA、GGA与meta-GGA：终端操作、完整输入、真实结果与适用范围。
ABACUS HSE杂化泛函
HSE杂化泛函：终端操作、完整输入、真实结果与适用范围。
ABACUS D2、D3与D3(BJ)色散修正
D2、D3与D3(BJ)色散修正：终端操作、完整输入、真实结果与适用范围。
ABACUS SCF到能带路径
SCF到能带路径：终端操作、完整输入、真实结果与适用范围。
ABACUS DOS与轨道投影输出
DOS与轨道投影输出：终端操作、完整输入、真实结果与适用范围。
ABACUS 电荷、静电势、ELF与波函数
电荷、静电势、ELF与波函数：终端操作、完整输入、真实结果与适用范围。
ABACUS Mulliken与矩阵导出
Mulliken与矩阵导出：终端操作、完整输入、真实结果与适用范围。
ABACUS 铁磁、反铁磁与非共线磁性
铁磁、反铁磁与非共线磁性：终端操作、完整输入、真实结果与适用范围。
ABACUS 自旋轨道耦合
自旋轨道耦合：终端操作、完整输入、真实结果与适用范围。
ABACUS NiO的DFT+U
NiO的DFT+U：终端操作、完整输入、真实结果与适用范围。
ABACUS 表面电场与补偿电荷
表面电场与补偿电荷：终端操作、完整输入、真实结果与适用范围。
ABACUS 隐式溶剂
隐式溶剂：终端操作、完整输入、真实结果与适用范围。
ABACUS 从头算分子动力学
从头算分子动力学：终端操作、完整输入、真实结果与适用范围。
ABACUS 恒温器与短轨迹分析
恒温器与短轨迹分析：终端操作、完整输入、真实结果与适用范围。
ABACUS 电子与分子动力学续算
电子与分子动力学续算：终端操作、完整输入、真实结果与适用范围。
ABACUS 水分子、幽灵基组与BSSE
水分子、幽灵基组与BSSE：终端操作、完整输入、真实结果与适用范围。
ABACUS Phonopy声子与热力学
Phonopy声子与热力学：终端操作、完整输入、真实结果与适用范围。
ABACUS Berry相位与极化
Berry相位与极化：终端操作、完整输入、真实结果与适用范围。
ABACUS 连接Wannier90
连接Wannier90：终端操作、完整输入、真实结果与适用范围。
ABACUS 实时TDDFT与外场响应
实时TDDFT与外场响应：终端操作、完整输入、真实结果与适用范围。
ABACUS 线性响应TDDFT
线性响应TDDFT：终端操作、完整输入、真实结果与适用范围。
ABACUS 随机DFT与高温电子
随机DFT与高温电子：终端操作、完整输入、真实结果与适用范围。
ABACUS 无轨道DFT与动能泛函
无轨道DFT与动能泛函：终端操作、完整输入、真实结果与适用范围。
ABACUS 内置经典势、FIRE与MSST
内置经典势、FIRE与MSST：终端操作、完整输入、真实结果与适用范围。
ABACUS 准原子轨道与RDMFT
准原子轨道与RDMFT：终端操作、完整输入、真实结果与适用范围。
ABACUS 赝势类型与数值精度
赝势类型与数值精度：终端操作、完整输入、真实结果与适用范围。
ABACUS Kubo–Greenwood电子输运
Kubo–Greenwood电子输运：终端操作、完整输入、真实结果与适用范围。
ABACUS 官方功能与参数全索引
完整列出本地3.10.1和上游发展分支的功能组、参数与外部接口。
ABACUS 版本与扩展功能范围
区分已实算、本地编译选项、新版功能和外部软件的条件。
Gaussian 专题
6 个入口Gaussian个人安装与CPU使用
通过yskit初始化个人环境，提交计算并检查结果。
Gaussian水分子优化与红外频率
优化几何后计算谐振频率，学习从输入、提交到判断极小值。
Gaussian连续介质溶剂单点计算
对同一水分子几何比较气相与PCM水溶剂环境。
GROMACS专题
53 个入口GROMACS使用指南
选择版本与并行方式，准备TPR并使用对应提交模板。
GROMACS 实用教程导航
实用教程导航，包含终端操作、输入文件、实际数据和适用范围。
GROMACS 环境与GPU提交
环境与GPU提交，包含终端操作、输入文件、实际数据和适用范围。
查看GROMACS专题全部 53 个入口
GROMACS 从零运行一个水盒
从零运行一个水盒，包含终端操作、输入文件、实际数据和适用范围。
GROMACS 蛋白质建模与溶剂化
蛋白质建模与溶剂化，包含终端操作、输入文件、实际数据和适用范围。
GROMACS 加入盐离子和电中性处理
加入盐离子和电中性处理，包含终端操作、输入文件、实际数据和适用范围。
GROMACS 最小化、NVT与NPT平衡
最小化、NVT与NPT平衡，包含终端操作、输入文件、实际数据和适用范围。
GROMACS 生产运行、输出频率与结果检查
生产运行、输出频率与结果检查，包含终端操作、输入文件、实际数据和适用范围。
GROMACS 中断续算与轨迹重算
中断续算与轨迹重算，包含终端操作、输入文件、实际数据和适用范围。
GROMACS PBC处理、截取与拼接轨迹
PBC处理、截取与拼接轨迹，包含终端操作、输入文件、实际数据和适用范围。
GROMACS 索引组、原子选择与距离角度
索引组、原子选择与距离角度，包含终端操作、输入文件、实际数据和适用范围。
GROMACS 能量、温度、压力与密度分析
能量、温度、压力与密度分析，包含终端操作、输入文件、实际数据和适用范围。
GROMACS 径向分布与配位数
径向分布与配位数，包含终端操作、输入文件、实际数据和适用范围。
GROMACS MSD与扩散系数
MSD与扩散系数，包含终端操作、输入文件、实际数据和适用范围。
GROMACS 氢键与溶剂化层
氢键与溶剂化层，包含终端操作、输入文件、实际数据和适用范围。
GROMACS 偶极、介电与电势剖面
偶极、介电与电势剖面，包含终端操作、输入文件、实际数据和适用范围。
GROMACS RMSD、RMSF、回转半径与SASA
RMSD、RMSF、回转半径与SASA，包含终端操作、输入文件、实际数据和适用范围。
GROMACS 二级结构与Ramachandran图
二级结构与Ramachandran图，包含终端操作、输入文件、实际数据和适用范围。
GROMACS PCA、聚类与接触图
PCA、聚类与接触图，包含终端操作、输入文件、实际数据和适用范围。
GROMACS NVE、随机动力学与退火
NVE、随机动力学与退火，包含终端操作、输入文件、实际数据和适用范围。
GROMACS 伞形采样与WHAM
伞形采样与WHAM，包含终端操作、输入文件、实际数据和适用范围。
GROMACS 软核自由能与BAR
软核自由能与BAR，包含终端操作、输入文件、实际数据和适用范围。
GROMACS PLUMED偏置与集体变量
PLUMED偏置与集体变量，包含终端操作、输入文件、实际数据和适用范围。
GROMACS 建模与计算工具
建模与计算工具，包含终端操作、输入文件、实际数据和适用范围。
GROMACS 蛋白与构象分析工具
蛋白与构象分析工具，包含终端操作、输入文件、实际数据和适用范围。
GROMACS 液体、界面与输运工具
液体、界面与输运工具，包含终端操作、输入文件、实际数据和适用范围。
GROMACS键角、取向与空间分析实操
以真实水轨迹补充angle、rotacf、densmap、clustsize、rmsdist、gyrate-legacy、sigeps及pme_error操作。
GROMACS速度自相关与DOS实操
从密集保存速度到gmx dos，比较两个时间步和四组独立初速度。
GROMACS 自由能、谱学与特殊方法工具
自由能、谱学与特殊方法工具，包含终端操作、输入文件、实际数据和适用范围。
GROMACS 轨迹、数据与文件工具
轨迹、数据与文件工具，包含终端操作、输入文件、实际数据和适用范围。
GROMACS GPU性能与参数选择
GPU性能与参数选择，包含终端操作、输入文件、实际数据和适用范围。
GROMACS GPU显存与数值检查
GPU显存与数值检查，包含终端操作、输入文件、实际数据和适用范围。
GROMACS轨迹筛选与水环境分析
七个短工具流程：轨迹筛选、氢键、插入、取向、偶极、近邻排序与介电谱处理。
GROMACS水取向、电流与空间分布实操
用真实短轨迹演示三个工具，并检查速度采样和空间网格计数。
GROMACS蛋白链、散射与序列工具实操
五个真实工具流程：Cα统计、旧版SAXS/SANS、键角索引和螺旋轮。
GROMACS压控、盒体积与NPT实操
216个SPC/E水的实际GPU短MD：完整输入、终端操作、数据与图。
GROMACS时间步长与NVE能量检查
216个SPC/E水的实际GPU短MD：完整输入、终端操作、数据与图。
GROMACS的PME网格与截断参数实操
216个SPC/E水的实际GPU短MD：完整输入、终端操作、数据与图。
GROMACS温控算法与耦合时间实操
216个SPC/E水的实际GPU短MD：完整输入、终端操作、数据与图。
GROMACS 谐振结构集合与本征动力学监测
实际运行nmens、nmtraj、make_edi和带投影监测的短MD，区分构造轨迹与真实动力学。
GROMACS FRET 距离与取向因子演示
用真实蛋白轨迹中的两对Cα演示dyecoupl，逐步定义几何偶极、计算距离和取向因子。
GROMACS 蛋白螺旋几何与局部取向
使用真实泛素100ps轨迹，提取螺旋半径、升高、扭转和局部轴，说明端点与残基编号。
GROMACS 正常模、Hessian 与谐振量子修正
从完整柔性水分子输入开始，最小化、保留高精度坐标、计算Hessian并提取三个内部振动模。
GROMACS 距离约束与 NMR 输出分析
定义距离约束、将相关量写入EDR，提取瞬时距离、平均违反量与约束能，并对照真实坐标。
GROMACS AWH 距离采样与结果提取
以两个水氧的距离为坐标，准备pull和AWH输入、运行真实短MD并提取不同时刻的偏置与PMF。
GROMACS 碳链取向序参量操作
用明确构造的倾转碳骨架检查order索引、完整张量和固定Z分量，说明压缩坐标与内部碳编号。
GROMACS 聚类轨迹提取与轴束几何
从真实泛素轨迹输出每个聚类的独立XTC，再用两段螺旋演示bundle的端点分组和固定Z参考。
GROMACS 从轨迹逐帧分析距离约束
使用独立兼容入口读取TPR与TRR，输出总违反量、平均量、数量与最大值，独立核对四种边界条件。
GROMACS 能量分组、能量矩阵与 LIE 公式
为溶质和水保存分组非键能，提取enemat矩阵并用真实温度对照演示lie，明确非结合自由能。
GROMACS 水层密度、界面与四面体结构
运行带远距壁边界的SPC/E水层，提取密度界面和四面体序参量，解释空格点、网格与时间块。
GROMACS 内核微基准与 PME 调参操作
实际运行nonbonded-benchmark与tune_pme，保留VdW截断并区分短工具测试与完整生产性能。
GROMACS 从分子坐标生成初步拓扑
用真实乙醇坐标执行x2top，检查原子、键、角、电荷和质量，并说明初步几何映射的参数边界。
GROMACS 横向电流相关与黏度工具
保存逐步坐标与速度，运行tcaf，独立核对质量加权横向流并区分有限波矢表观量和宏观黏度。
GPUMD专题
29 个入口GPUMD 实用教程导航
实用教程导航，包含终端命令、完整输入与集群实际算例。
GPUMD 版本环境与作业提交
版本环境与作业提交，包含终端命令、完整输入与集群实际算例。
GPUMD 建模与输入文件
建模与输入文件，包含终端命令、完整输入与集群实际算例。
查看GPUMD专题全部 29 个入口
GPUMD 第一次运行与输出检查
第一次运行与输出检查，包含终端命令、完整输入与集群实际算例。
GPUMD 原子位置与晶胞优化
原子位置与晶胞优化，包含终端命令、完整输入与集群实际算例。
GPUMD 体积扫描与能量最低点
体积扫描与能量最低点，包含终端命令、完整输入与集群实际算例。
GPUMD 弹性常数与矩阵读法
弹性常数与矩阵读法，包含终端命令、完整输入与集群实际算例。
GPUMD 恒温恒压与热膨胀参考
恒温恒压与热膨胀参考，包含终端命令、完整输入与集群实际算例。
GPUMD 径向分布与键角分布
径向分布与键角分布，包含终端命令、完整输入与集群实际算例。
GPUMD 高温扩散与速度相关
高温扩散与速度相关，包含终端命令、完整输入与集群实际算例。
GPUMD 应力相关与黏度
应力相关与黏度，包含终端命令、完整输入与集群实际算例。
GPUMD 振动态密度与相关时间
振动态密度与相关时间，包含终端命令、完整输入与集群实际算例。
GPUMD 有限位移声子色散
有限位移声子色散，包含终端命令、完整输入与集群实际算例。
GPUMD 平衡态Green–Kubo热导率
平衡态Green–Kubo热导率，包含终端命令、完整输入与集群实际算例。
GPUMD EMD多种子与尺寸检查
用两种Si尺寸、四个独立初速度，学习相关时间、积分窗口与误差条。
GPUMD HNEMD热导率与驱动力
HNEMD热导率与驱动力，包含终端命令、完整输入与集群实际算例。
GPUMD HNEMD驱动力与统计误差
通过三个驱动力、四个初速度的真实结果，学习时间平均与线性响应检查。
GPUMD 频谱热流的输出与作图
频谱热流的输出与作图，包含终端命令、完整输入与集群实际算例。
GPUMD 冷热源与空间温度分布
冷热源与空间温度分布，包含终端命令、完整输入与集群实际算例。
GPUMD 二维石墨烯与真空层
二维石墨烯与真空层，包含终端命令、完整输入与集群实际算例。
GPUMD 使用已有NEP势运行MD
使用已有NEP势运行MD，包含终端命令、完整输入与集群实际算例。
GPUMD NEP预测与误差分析
NEP预测与误差分析，包含终端命令、完整输入与集群实际算例。
GPUMD NEP与GNEP训练流程
NEP与GNEP训练流程，包含终端命令、完整输入与集群实际算例。
GPUMD PLUMED集体变量与约束
PLUMED集体变量与约束，包含终端命令、完整输入与集群实际算例。
GPUMD 轨迹导出与重启续算
轨迹导出与重启续算，包含终端命令、完整输入与集群实际算例。
GPUMD 热导率的尺寸与温度对照
热导率的尺寸与温度对照，包含终端命令、完整输入与集群实际算例。
GPUMD 硅、锗与铜的势函数选择
硅、锗与铜的势函数选择，包含终端命令、完整输入与集群实际算例。
GPUMD 弹性应变幅度对照
弹性应变幅度对照，包含终端命令、完整输入与集群实际算例。
GPUMD 连续拉伸与应力应变图
连续拉伸与应力应变图，包含终端命令、完整输入与集群实际算例。
GPUMDkit专题
18 个入口GPUMDkit 实用工具专题
实用工具专题：终端操作、输入输出、集群示例与适用条件。
GPUMDkit 结构与数据格式转换
结构与数据格式转换：终端操作、输入输出、集群示例与适用条件。
GPUMDkit与OVITO、LAMMPS格式衔接
实测POSCAR转LAMMPS data及Ni轨迹转extxyz，核对元素、晶胞和坐标。
查看GPUMDkit专题全部 18 个入口
GPUMDkit 扩胞、分组与帧提取
扩胞、分组与帧提取：终端操作、输入输出、集群示例与适用条件。
GPUMDkit 抽样、扰动与训练集拆分
抽样、扰动与训练集拆分：终端操作、输入输出、集群示例与适用条件。
GPUMDkit 成分、范围与数据筛选
成分、范围与数据筛选：终端操作、输入输出、集群示例与适用条件。
GPUMDkit NEP预测、描述符与异常构型
NEP预测、描述符与异常构型：终端操作、输入输出、集群示例与适用条件。
GPUMDkit 结构优化、NEB、XRD与声子
结构优化、NEB、XRD与声子：终端操作、输入输出、集群示例与适用条件。
GPUMDkit MSD、扩散与离子电导
MSD、扩散与离子电导：终端操作、输入输出、集群示例与适用条件。
GPUMDkit 极性材料与空间分布分析
极性材料与空间分布分析：终端操作、输入输出、集群示例与适用条件。
GPUMDkit 训练误差与描述符绘图
训练误差与描述符绘图：终端操作、输入输出、集群示例与适用条件。
GPUMDkit 温度、结构、MSD与振动绘图
温度、结构、MSD与振动绘图：终端操作、输入输出、集群示例与适用条件。
GPUMDkit 热导率、黏度与温度序列绘图
热导率、黏度与温度序列绘图：终端操作、输入输出、集群示例与适用条件。
GPUMDkit 批量目录与主动学习流程
批量目录与主动学习流程：终端操作、输入输出、集群示例与适用条件。
GPUMDkit 环境检查、进度与网页控制台
环境检查、进度与网页控制台：终端操作、输入输出、集群示例与适用条件。
GPUMDkit 全部功能索引
全部功能索引：终端操作、输入输出、集群示例与适用条件。
GPUMDkit预测误差：真实DFT标签与能量偏移检查
9个真实Si第一性原理构型的预测、训练测试对照、逐帧误差与能量基准诊断。
GPUMDkit结构互转：POSCAR、LAMMPS与extxyz
用真实NaCl结构完成格式往返，核对元素类型、晶胞、周期距离和环境选择。
ATAT 专题
18 个入口ATAT 入门与输入文件
从加载环境、提交任务和读懂结构文件开始，按顺序进入SQS、簇展开和热力学工作流。
ATAT SQS 结构生成
生成16/32/64原子Cu–Au、三元Nb–Mo–Ta及固定N子晶格SQS，检查关联误差并导出结构。
ATAT 与 VASP 自动计算
准备vasp.wrap，理解结构、赝势、总能和受力的传递，连接自动结构计算。
查看ATAT 专题全部 18 个入口
ATAT 二元簇展开实算
用29个Cu–Au的实际VASP能量建立簇展开，阅读形成能、交叉验证及参数精度对照。
ATAT 蒙特卡洛与相边界
用给定哈密顿量执行独立重复采样和phb追踪，读懂浓度、关联函数和统计误差。
ATAT 多元簇展开与统计
以Cu–Au–Al的30个EMT结构说明mmaps、memc2及多元化学势与组分设置。
ATAT 声子与振动自由能
从Al的实际EMT位移受力计算出发，完成fitfc色散及fitsvsl/svsl自由能。
ATAT 电子自由能与温度 ECI
用实际VASP态密度计算电子自由能，并通过clusterexpand和mkteci构建温度相关模型。
ATAT 体模量、应变与缺陷
包含Al五点VASP扫描、Cu–Au的150个EMT应变结构，以及模型APB和缺陷生成。
ATAT SQS 到 CALPHAD
逐步复制SQS、计算静态能量、选择拟合项并输出TDB，说明模型的材料覆盖范围。
ATAT 常用操作与问题排查
查结构、拟合、文件处理和常见运行问题，并将流程用于自己的材料与结果分析。
ATAT 结构与对称性命令
结构生成、坐标转换、近邻、原型、路径、缺陷及离散磁态等21个命令。
ATAT SQS 与簇展开命令
mcsqs、关联函数、maps/mmaps、回归、模型预测及张量/CVM的15个命令。
ATAT 蒙特卡洛与应变命令
emc2、memc2、phb、mcdroplast、csfit、gencs和apb的完整选项。
ATAT VASP 与自由能命令
VASP接口、声子、电子项、体模量与高级弛豫工具的14个命令。
ATAT CALPHAD 与绘图命令
sqs2tdb、OpenCalphad驱动、坐标及网格转换的6个命令。
ATAT 任务组织与 MPI 命令
任务状态、负载工具、集群MPI入口和命令列表划分的8个命令。
ATAT 文本与批处理命令
表达式、数值提取、换行转换、向上查找及按目录执行的7个命令。
进阶与工具
4 个入口定制服务器与共享集群使用边界
了解共享集群与定制服务器的使用方式、权限和维护支持。
CPU与GPU并行设置
理解进程、线程与GPU，按VASP、ABACUS、LAMMPS、GROMACS等模板修改单节点资源。
Miniconda个人环境使用方法
在个人目录管理独立的Conda与Python环境。
查看进阶与工具全部 4 个入口
怎样阅读集群性能实测
以同一输入、完成时间、核时和数值验证选择计算资源。
CP2K专题
5 个入口CP2K水分子单点、网格检查与结构优化
用四个真实小算例串起CP2K完整输入、提交、收敛读取和原子位置优化。
CP2K基组、网格与GPW/GAPW
用真实水分子对照基组、REL_CUTOFF、赝势GAPW与全电子GAPW。
CP2K电荷密度与分子轨道
生成CUBE，核对电子数和轨道归一化，再画实际密度与HOMO/LUMO。
ASE专题
4 个入口ASE建模与结构格式转换
从分子、晶体、表面和空位出发，实际检查POSCAR、CIF与extxyz转换。
ASE状态方程与空位结构优化
用铜EMT算例学习13点EOS、固定晶胞原子优化和空位形成能。
ASE短时动力学与NEB路径
用铜EMT实际完成短NVE轨迹和七映像约束NEB。
查看ASE专题全部 4 个入口
ASE有限差分振动操作示例
从N2小模型学习优化、正负位移、频率提取和零模判断。
spglib专题
3 个入口spglib结构、容差与磁对称性
实际比较Si微扰容差、原胞转换、不可约k网格和Fe指定磁序。
spglib原胞转换与原子对应实操
从16原子Si超胞得到原胞映射，并核对标准胞、原点平移和原子编号。
spglib完整核心接口：对称性、磁群与倒易网格
已安装版本的完整顶层接口实操、真实结构输入、数值核对与数据图。
SeeK-path专题
3 个入口SeeK-path生成与检查高对称路径
用Si常规胞和超胞生成路径，说明采样间距、98个k点与坐标基底。
SeeK-path非原胞与二维能带路径实操
核对原晶胞倒空间坐标，为单层MoS2生成20点的面内KPOINTS。
SeeK-path完整接口与路径参数实操
已安装版本的完整顶层接口实操、真实结构输入、数值核对与数据图。
pymatgen专题
7 个入口pymatgen结构、表面与XRD操作
用Si建立结构、生成111表面并计算理想粉末XRD。
pymatgen能带、投影与自旋DOS
用Si、Cu和Fe真实VASP输出读取、绘图并核对能量零点。
pymatgen终端命令与批量读取
实际运行结构转换、INCAR比较、XRD绘图和限定目录的结果提取。
Packmol专题
6 个入口Packmol水盒、混合溶剂与几何约束
五个真实装箱模型，完整输入、坐标检查以及GROMACS坐标转换。
Packmol密度设定与周期边界实操
两个真实水和混合溶剂装箱例，明确密度、最短距离与力场拓扑的区别。
Packmol接GROMACS：水盒、拓扑与短MD
216个SPC/E水从装箱到能量最小化和20 ps NVT的完整实操。
Phonopy专题
5 个入口Phonopy态密度、热容、群速度与热位移
复用真实Si力常数，完成四种q网格和四类声子后处理。
Phonopy振动模式、热位移与随机快照
基于鸢算科技集群实际VASP数据的Phonopy 4.8.3终端操作、输入、数据和图片。
Phonopy硅声子：从位移受力到能带与DOS
基于鸢算科技集群实际VASP数据的Phonopy 4.8.3终端操作、输入、数据和图片。
Atomsk专题
4 个入口Atomsk晶体、表面与格式转换实操
从Al、Fe、Si小模型开始，核对格式往返并构建Al(111)薄层。
Atomsk应变、原子选择与双晶建模
用108原子和864原子小模型演示变形、替换、排序及固定种子双晶。
Atomsk螺位错与刃位错建模
Al正负位错对、实际命令、DXA线长与柏氏矢量、CPU渲染及初始模型边界。
查看Atomsk专题全部 4 个入口
Atomsk双晶与多晶初始结构
确定晶粒中心与取向，实际生成双晶/四晶粒模型，PTM识别与结构图。
DFT-D4专题
2 个入口DFT-D4色散能与距离扫描
用两个水分子演示独立D4计算、能量提取与色散相互作用曲线。
DFT-D4参数、净电荷与力的提取
9组泛函与电荷条件，以及18个坐标分量的梯度检查。
xTB专题
3 个入口xTB结构优化、频率与结果读取
以乙醇和水分子演示GFN模型、优化结构、振动频率和IR图。
xTB溶剂化、描述符、扫描与短轨迹
用NH4正离子、水和乙醇演示常见终端操作以及结果边界。
xTB热化学、Fukui指标与电荷实操
从水分子的实际频率与电子计算中读取焓、自由能、熵、Fukui指标和电荷。
OVITO专题
4 个入口OVITO结构识别、配位数与体积分析
从LAMMPS格式读写开始，用FCC参考结构核对CNA、PTM、RDF与Voronoi。
OVITO空位、应变、选择与高清出图
从参考晶格统计空位，读取原子应变，并用CPU渲染结构图。
OVITO参考态、应变与点缺陷
Cu500的1%仿射应变、局部位移和Frenkel对；完整参考构型API及真实数据。
查看OVITO专题全部 4 个入口
OVITO选择、切片与轨迹时间分析
表达式、反选、删除、切片、键团簇，以及真实Na轨迹展开MSD和时间平均RDF。
MDAnalysis专题
2 个入口MDAnalysis读取轨迹、周期边界与RMSD
从真实水轨迹开始，核对单位、原子映射、格式往返和分子对齐。
MDAnalysis的RDF、氢键、MSD与键角
真实水轨迹的四类分析，说明抽样、单位、周期展开及统计边界。
dpdata专题
2 个入口dpdata读取VASP、ABACUS、CP2K和LAMMPS
用真实计算结果核对能量、力、元素类型、单位和坐标旋转。
dpdata格式往返、帧筛选与多体系
完整读取多帧extxyz，核对五类字段，并保存可追溯的训练测试索引。
Bader专题
3 个入口Bader净电荷、参考密度与网格收敛
以五档NaCl网格说明AECCAR合并、电子数闭合和净电荷计算。
Bader自旋积分与原子区域可视化
实际Fe磁化密度分区，以及NaCl区域密度重建和高清截面图。
Bader命令选项、CUBE与临界点
实际运行算法、区域输出、真空、Voronoi及CUBE选项，解释输出差异。
py4vasp专题
3 个入口py4vasp读取HDF5、能带与DOS
从真实Si结果读取结构能量、投影能带和DOS，说明路径与费米能。
py4vasp电荷密度与MD轨迹提取
明确密度归一化、HDF5文件位置和切片读取20帧能量、力、应力。
py4vasp光学谱与振动模式读取
真实Si的复介电张量、Γ点模式和力常数矩阵，说明单位及原生符号。
Libxc专题
3 个入口Libxc编程实例：一阶导数、自旋与二阶响应
两个可编译C程序，120个非自旋点和11个自旋点的真实数值核对。
Libxc泛函选择：LDA、PBE、SCAN与r²SCAN
实际查询编号、VASP参数组合和六种泛函分量的数值曲线。
Libxc实操：Si与水分子的VASP计算
完整输入、提交命令、内置与Libxc PBE的真实能量和受力对照。
vasptool专题
5 个入口vasptool提取真实能带与DOS
读取集群实算Si和NaCl输出，解释费米参照并绘制数据。
vasptool电荷网格平移与原子同步
用实际NaCl密度核对半晶格平移、电子数和输出精度。
vasptool入门与KPATH生成
确认有效配置，生成INCAR、k网格与每段20点的高对称路径。
GPAW专题
9 个入口GPAW的Berry相位与Wannier90
Si绝缘价带的极化相位、四个Wannier函数和实际展宽结果。
GPAW的GW与RPA接口
实际计算Si单个Γ点的准粒子能量与RPA相关能贡献。
GPAW入门与三种计算模式
Si实际PW、FD、LCAO对照，完整Python输入、网格检查和正确MPI入口。
Calorine专题
7 个入口Calorine弹性常数与声子
平衡Si夹持/松弛离子弹性、54原子有限位移力常数和实际色散。
Calorine GPU批量预测
八帧金刚石与石墨烯批量预测，解释返回标签、精度和模型版本边界。
Calorine轨迹分析与GPUMD数据读取
实际NVE轨迹、相关性、八类输出解析及run.in读写，提供CSV与绘图操作。
QE专题
8 个入口QE能带、DOS与轨道投影
完整SCF到bands及NSCF流程，实际Si谱、四面体DOS与s/p投影。
QE电荷密度与数据导出
pp.x完整输入、cube网格、单位转换和8电子积分，结合轨道数据展示。
QE截断能与k点收敛
Si20至80Ry与四组k网格实算，区分SCF阈值、基组误差和k积分误差。
Sumo专题
7 个入口Sumo能带与轨道投影
真实Si能带、RGB与堆叠投影、剪刀目标带隙和PNG/SVG/PDF导出。
Sumo命令与多软件格式
六个CLI入口、CASTEP/Questaal实际读取、固定来源数据和完整附件复跑。
Sumo态密度与自旋投影
Cu元素/原子/轨道投影和Fe上下自旋，实际数据、原生命令与导出。
yskit专题
1 个入口yskit菜单与计算任务准备
短命令进入菜单：脚本复制、个人初始化、显存只读报告和分段能带；附真实数据和可复跑附件。
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