Atomsk原子建模实操导航
从晶体、格式和属性到结构分析与多帧操作，按目标选择终端实例。
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下载本组输入、脚本、参考输出与高清图。解压后使用新的工作目录；examples保存各例输入，reference保存实际结果。
1 先准备模型，再选操作#
Atomsk 0.13.1用于生成、变换和分析原子结构，不执行电子结构或能量优化。当前构建使用GFortran 13.3、OpenMP、LAPACK/BLAS 3.12.1；这里的小模型使用单线程，配套检查/绘图使用已有ASE和NumPy环境。Atomsk本身运行在CPU上。
module purge
module load atomsk/0.13.1 gpumdkit/1.5.8
atomsk --create fcc 4.05 Al -duplicate 2 2 2 base.cfg
得到32原子FCC Al，晶胞三边均为8.1 Å、体积531.441 ų。这里的晶格常数用于教学；换成自己的材料时，应使用与势函数或泛函一致的晶格参数。
直接运行单个下载实例：
python run.py option_shift
输出在work/option_shift。脚本拒绝覆盖已有目录；再次计算请复制一份新的资料包。批量运行所有示例：
sbatch run.sbatch all
这个批处理使用现有P100队列中的CPU资源，并不表示Atomsk有GPU加速。提交前可按自己获配分区调整SBATCH头部。不要把建模输出当成已经弛豫的结构。
2 按目标阅读#
| 你的目标 | 操作教程 |
|---|---|
| 在VASP、LAMMPS、ASE之间传递结构，保留速度/属性 | 格式与属性 |
| 扩胞、筛选、应变、旋转、固定原子、改变晶胞 | 选项与结构变换 |
| RDF、质量密度、局部对称性、Nye张量、芯壳偶极 | 结构分析 |
| 轨迹合并/拆分、平均结构、原子匹配、插值 | 多帧与工作流 |
| 初学建晶体、表面及常用格式 | 晶体和表面 |
| 构建多晶、晶界和位错初始模型 | 多晶、位错对 |
3 下载目录怎么使用#
每个examples/名称/commands.json记录实际终端命令。进入该例目录、将输入复制到一个新目录后，也可以直接逐条执行其中的atomsk命令。python run.py 名称只是自动复制和运行这些命令；不会优化结构。
资料包包含103个原生操作流程和3个透明Python辅助流程。覆盖本安装版的常用选项、22类文档运行模式对应的可用操作或明确替代路径，并补充选择集合、几何区域、格式属性等分支。这不等于每个选项的所有参数组合、所有文件格式均已验证。
旧文档中的-unitcell在当前入口不可用，完整晶体使用-reduce-cell；旧帮助的-shear使用-deform xy等分量形式。原生插值及辅助属性交换的本版限制见对应教程；不要只凭退出码判断结构正确。
4 查看结果并重画图片#
python plots.py
五张PNG写入figures/，由资料包中的真实结构与输出生成。需要三维交互查看时，可将CFG、XSF或LAMMPS结构载入OVITO；显示元素、grainID、marker或应变列后检查原子数和周期边界。
图为实际坐标在XY平面的投影；不同z位置可能重叠。裂纹箭头放大显示位移，不代表真实裂纹开口倍数。两晶粒未弛豫，图中边界附近的近距离原子还需检查。
5 官方说明与本版边界#
参数定义参见Atomsk官方文档。本教程以已安装0.13.1的实际命令和数值结果为准；模型与几何变换不提供能量、稳定性或材料性能结论。