GPUMDkit专题

GPUMDkit 42类绘图实例导航

按实际数据找到42类绘图命令、输入示例、图片和适用条件。

更新于 2026-10-28约 7 分钟阅读按任务与环境选择适用配置

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本页把GPUMDkit1.5.8的42类绘图功能对应到实际输入和操作教程。先按目标找到一行，再进入对应教程下载附件、建立工作目录。它覆盖42类绘图功能，不代表任意输入都适用，也不代表所有菜单均已覆盖。

module load gpumdkit/1.5.8
gpumdkit.sh -plt -h

选择哪份附件#

原始包：结构、训练与输运基础示例。在解压根目录运行python new-case.py 示例名，进入work/示例名；数据来自配套GPUMD实算及明确标注的官方训练示例。
能量对齐包：真实DFT与NEP对照教程，使用其中附件，了解能量零点对图的影响。
物性包：qNEP、Si多温度、NEMD、声子/XRD，各教程使用同一份附件，按对应章节进入目录。
极性/电导包：下载本篇配套数据，python new-case.py ferro或python new-case.py ionic；分别使用BaTiO₃静态路径与8条LLZO实际MD轨迹。

42类功能如何操作#

表中带...的命令应进入教程复制完整命令。部分入口写图片之外还导出数据或启动计算；始终使用工作副本。参考PNG与原始输入分别在各包reference及输入目录中。

功能	命令	实际示例	结果与解释
`train`	`gpumdkit.sh -plt train save`	原始包 `plt-train`	loss.out及energy/force/stress或virial_train.out；训练曲线和对角线
`prediction`	`gpumdkit.sh -plt prediction save`	原始包 `si-prediction`	energy/force/stress或virial_train.out；别名test，仍读取_train文件
`train_test`	`gpumdkit.sh -plt train_test save`	能量对齐包 `gpumd-parity`	真实标签与能量基准
`parity_density`	`gpumdkit.sh -plt parity_density save`	原始包 `plt-parity_density`	预测与参考值密度图
`train_density`	`gpumdkit.sh -plt train_density save`	原始包 `plt-train_density`	loss.out与预测标签；训练密度图
`restart`	`gpumdkit.sh -plt restart save`	原始包 `plt-restart`	nep.restart；参数分布
`charge`	`gpumdkit.sh -plt charge save`	物性包 qnep	输入、操作与结果
`born_charge`	`gpumdkit.sh -plt born_charge save`	物性包 qnep	输入、操作与结果
`dimer`	`gpumdkit.sh -plt dimer Si Si si-nep.txt save`	原始包 `plt-dimer`	指定元素对和适用NEP，二聚体曲线不是体相稳定性证明
`force_errors`	`gpumdkit.sh -plt force_errors save`	原始包 `si-prediction`	force_train.out；力误差
`des`	`gpumdkit.sh -plt des pca descriptors.npy`	原始包 `des-pca`	PCA降维；也支持umap，Agg后端自动保存
`net_force`	`gpumdkit.sh -plt net_force train.xyz save`	原始包 `plt-net_force`	带力标签extxyz；每帧净力
`thermo`	`gpumdkit.sh -plt thermo save`	原始包 `plt-thermo`	thermo.out；温度、能量、压力等
`thermo2`	`gpumdkit.sh -plt thermo2 save`	原始包 `plt-thermo2`	thermo.out，第二种版式
`thermo3`	`gpumdkit.sh -plt thermo3 save`	原始包 `plt-thermo3`	thermo.out，第三种版式
`rdf`	`gpumdkit.sh -plt rdf save`	原始包 `plt-rdf`	rdf.out；径向分布
`rdf_pmf`	`gpumdkit.sh -plt rdf_pmf 300 2 save`	原始包 `rdf-pmf-correct`	rdf.out，第2列、300 K；温度和列号按体系选择
`vac`	`gpumdkit.sh -plt vac save`	原始包 `plt-vac`	sdc.out；速度自相关
`cohesive`	`gpumdkit.sh -plt cohesive save`	原始包 `plt-cohesive`	cohesive.out；能量扫描
`xrd`	`gpumdkit.sh -plt xrd xrd.out save`	原始包 `xrd-liquid-plot`	413生成的xrd.out，第2列角度，第4列强度
`xrd_comp`	`gpumdkit.sh -plt xrd_comp save`	物性包 xrd	输入、操作与结果
`plane-grid`	`gpumdkit.sh -plt plane-grid ...`	极性/电导包 ferro	输入、操作与结果
`msd`	`gpumdkit.sh -plt msd save`	原始包 `plt-msd`	四列MSD或原生七列MSD前四列
`msd_conv`	`gpumdkit.sh -plt msd_conv save`	物性包 diffusion	输入、操作与结果
`msd_all`	`gpumdkit.sh -plt msd_all msd.out Li P S`	物性包 diffusion	输入、操作与结果
`sdc`	`gpumdkit.sh -plt sdc save`	原始包 `plt-sdc`	单组七列msd.out的SDC列；不读取sdc.out
`msd_sdc`	`gpumdkit.sh -plt msd_sdc save`	原始包 `plt-msd_sdc`	单组七列msd.out；MSD与SDC合图
`doas`	`gpumdkit.sh -plt doas doas.out Pb save`	原始包 `doas-plot`	404输出，指定元素；不是电子DOS
`pdos`	`"$GPUMDKIT_EXTRA_PYTHON" "$GPUMDkit_path/Scripts/plt_scripts/plt_pdos.py" save`	原始包 `pdos-extra`	独立补充环境，含openpyxl
`phonon`	`gpumdkit.sh -plt phonon phonon_NEP.dat QPOINTS save`	原始包 `phonon-extra`	414生成的数据；不能直接替换成原生omega2.out
`phonon_comp`	`gpumdkit.sh -plt phonon_comp phonon_DFT.dat phonon_NEP.dat save`	物性包 phonon	输入、操作与结果
`emd`	`gpumdkit.sh -plt emd x --save --save-data`	原始包 `plt-emd`	hac.out；导出EMD图、txt与npz
`emd2`	`gpumdkit.sh -plt emd2 save`	原始包 `plt-emd2`	hac.out；所有方向对照
`hnemd`	`gpumdkit.sh -plt hnemd 1 20 --save --save-data`	原始包 `hnemd-nospectrum`	kappa.out，可选shc.out；有效尺寸系数1、频率截断20 THz
`nemd`	`gpumdkit.sh -plt nemd Auto 1 20 --save --save-data`	物性包 nemd	输入、操作与结果
`viscosity`	`gpumdkit.sh -plt viscosity save`	原始包 `plt-viscosity`	viscosity.out；相关积分曲线
`D`	`gpumdkit.sh -plt D save`	物性包 diffusion	输入、操作与结果
`D_xyz`	`gpumdkit.sh -plt D_xyz save`	物性包 diffusion	输入、操作与结果
`D_PT`	`gpumdkit.sh -plt D_PT 380 save`	物性包 diffusion	输入、操作与结果
`sigma`	`gpumdkit.sh -plt sigma save`	极性/电导包 ionic	输入、操作与结果
`sigma_xyz`	`gpumdkit.sh -plt sigma_xyz save`	极性/电导包 ionic	输入、操作与结果
`sigma_PT`	`gpumdkit.sh -plt sigma_PT 1050 save`	极性/电导包 ionic	输入、操作与结果

避免几类常见误读#

des与doas描述势模型的结构表征，不是电子DOS；pdos是振动谱。train_test中的test如果参与训练期间监控，也不等于从未看过的盲测集。D_PT和sigma_PT只按给定温度分段，不自动发现相变。

nemd需要按绘图器约定组织热浴分组；本专题的新例子明确热/冷浴位置和长度定义。phonon_comp必须同路径同采样点；xrd_comp需要相同波长、角度范围和归一化规则。plane-grid需要可识别的原子网格。

PDOS的xlsx导出依赖openpyxl，仍按独立补充环境运行自带脚本；它不意味着公共包装器自动包含所有可选库。图片生成成功也不表示轨迹长度、模型误差和材料性质已经收敛。

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