OVITO处理器功能与实例索引

下载输入、程序与实际结果，在新目录解压后先运行bash run.sh。新结果在work，参考数据在reference。分析环境为OVITO3.16.1，作图环境为ASE3.29.0。本文的单项命令在完整运行之后执行。

如何按功能找入口#

这里按集群当前OVITO3.16.1列出69个名称：63个可构造的独立处理器、5个兼容别名和1个抽象基类。62个独立处理器有本包实际管线，ScatterPlot的Python配置限制另列；列出名称不等于每一种参数组合都适用所有体系。

先运行整包，随后进入work按下表单独运行。examples.py将相关步骤组合成小函数，避免用户为每个处理器重新准备一份结构。

module purge
module load ovito/3.16.1
cd work
python examples.py classify

处理器逐项索引#

python examples.py classify#

python examples.py edit_geometry#

python ambient.py#

python examples.py python_and_color#

python examples.py affine#

python volume_surface.py#

python examples.py bonds#

python examples.py time_analysis#

python examples.py selection#

python examples.py properties#

python aliases.py#

python examples.py defects#

python examples.py grains#

python examples.py rdf#

python plot_results.py#

python structure_factor.py#

哪些结果可以直接参考#

• affine：500原子Cu沿x拉伸1%，AtomicStrain与ElasticStrain均得到Green应变Exx=0.01005。ElasticStrain示例设push_strain_tensors_forward=False，不能与默认的空间形式混比。
• defects：构造Frenkel对识别出1空位、1间隙；已有螺位错偶极识别出2条线，总长45.931367 Å，与两倍周期方向长度对应。
• grains：双晶和四晶粒几何分别识别为2和4个晶粒。它们是几何构造，不是晶界能或晶粒长大模拟。
• classify、bonds、properties：明确几何控制，用来理解结构识别与数据处理。
• time_analysis：真实Na轨迹，结果与独立解包和逐帧平均核对；小体系短轨迹的统计范围见对应教程。
• volume_surface.py：已有真实NaCl电荷，明确价电子数、分区方法和网格范围。

本版本ManualSelectionModifier可捕获上游选择，GUI鼠标切换不作为独立Python接口使用。ScatterPlotModifier不能仅靠构造就出图，自动化流程直接从属性数组画散点图。StructureIdentificationModifier是抽象基类，选择CNA、PTM、CHILL+等具体方法，不直接实例化它。

上表python plot_results.py需要切换到ase/3.29.0，渲染相关命令还应按图形环境说明设置平台与驱动。GUI中的Pro标签不代表独立Python计算一定不可用；以实际接口和许可范围为准，本包不声明所有GUI功能都可免费使用。

参考：OVITO处理器API。在线文档可能已经更新，应以安装版实际API为准。