vasptool功能与实例索引
按本地11个扩展入口选择实操教程,区分结构生成、真实计算和后处理。
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下载本篇完整输入、实际输出和绘图脚本。解压后执行 bash run.sh,可先从实际输出重建结果和四张图,不会启动VASP。
1 从当前实际入口选择#
module load vasptool/1.5.2
vasptool --version
vasptool --show-config
vasptool --list-features
vasptool
1.5.2是本集群的本地集成入口,包括VASPKIT内核菜单和扩展功能。配置选择优先使用已有的个人 ~/.vaspkit,否则读取公共配置,不逐项合并。批处理前检查实际生效的配置,保持 AUTO_SUBMIT_JOB = .FALSE.;不要用公共文件覆盖个人设置。
2 十一个扩展入口与实际实例#
| 原生入口 | 实例和结果 | 操作教程 |
|---|---|---|
| training-structures | Si随机位移,逐帧检查原子数、晶胞和位移 | 结构建模 |
| strain-series | Si三档应变及结构几何核对 | 结构建模 |
| deformation-potential | Si单轴/各向应变,VASP本征值、带隙和拟合范围 | 应变与形变势 |
| piezo-polarization | GaN固定原子、内部弛豫与最终静态极化,电子/离子proper响应 | 极化与压电 |
| translate-density | 实际NaCl密度网格与原子同步平移,积分量核对 | 电荷密度平移 |
| export-xyz | Si结构输出保留晶胞的XYZ | 结构建模 |
| vacancy-models | Si空位,原子数和被移除位置核对 | 结构建模 |
| substitution-models | Si中的Ge替位,物种计数核对 | 结构建模 |
| moire-superlattice | 双层石墨烯候选超胞,角度与最近距离 | 低维模型 |
| chiral-nanoribbon | MoS2纳米带,边缘和周期方向 | 低维模型 |
| chiral-nanotube | 两种管径MoS2纳米管,圆柱半径与轴向周期 | 低维模型 |
表中的建模结果是可检查的初始结构,不表示已经完成DFT结构优化;应变和压电两篇则包含实际VASP计算。低维体系还需自行设置真空、端面与弛豫条件。
3 标准菜单与独立VASPKIT配合使用#
K网格、INCAR模板和默认每段20点KPATH见入门与KPATH,实际能带/DOS提取见能带与DOS。分段能带的准备、逐段计算与拼接由yskit完成。
独立VASPKIT专题提供标准菜单的输入、输出和实例;不同版本菜单号应先核对。这里11个扩展入口的覆盖不代表本地内核的所有菜单、全部参数组合都再次运行了一遍。实验性入口也不能仅因在程序中存在,就当作适合生产计算。
4 下载后怎样学习#
本篇顶部包包含两组Si应变、GaN固定/弛豫两类极化、原始计算输出和四张高清图。先执行:
bash run.sh
ls work/figures
cat work/deformation-si-hydrostatic/band-edges-independent.csv
cat work/GAN-RELAXED-VALIDATION.json
再按相应教程使用 python3 prepare_native.py 生成自己的输入。输入、结构、赝势物种顺序、应变方向、原子是否优化和能量参考要一起检查;工具生成文件之后,还需要按物理问题完成计算与结果解释。
需要根据你的体系选择资源?联系讨论计算需求。实际可用软件与权限,以当前账户和运行环境为准。