ABACUS 金属Al入门与价电子核对
从Al晶胞、赝势价电子和展宽到SCF结果的终端实操。
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铝是学习金属计算的一个小例子。本篇使用四原子 FCC 常规晶胞,演示怎样准备结构、选择展宽并核对赝势中的价电子,而不是把金属的占据处理照搬为绝缘体设置。
下载完整输入、真实结果与绘图脚本,解压后进入包含 run.sh 的目录。以下脚本使用 ABACUS 3.10.1 P100 版(GNU 13.3、HPC-X 2.50 / Open MPI 5.0.10rc2、CUDA 12.8、OpenBLAS 0.3.30),分析采用 ASE 3.29.0。每个条件使用一张 GPU、一个 MPI 进程和一个线程,按顺序计算,适合先学习小体系流程。
1 提交这一组计算#
sbatch submit.slurm metal
这是核时 P100 模板。套餐用户先用 yskit 生成自己的分区脚本,保留脚本里的计算命令。run.sh 在分配的计算资源中调用;不要在登录节点直接执行科学计算。脚本中按组运行的命令很短:
bash run.sh metal
脚本自动准备 work/cases,完成计算后生成 work/analysis、work/converted 和 work/figures。重新计算请新解压一份,避免覆盖已有结果;reference 是本篇的实际输入输出。只想重画参考结果时,在资料包目录执行:
module load ase/3.29.0
python analyze.py reference
python convert_structures.py reference
python plot_results.py reference
电子收敛参数 scf_thr 1e-8 指 ABACUS 的密度残差;几何优化的 force_thr_ev 0.02 单位为 eV/Å。优化完成后,脚本会用最终结构再做一次静态 SCF,重新核对能量与自由原子的力。
2 看懂输入#
晶格常数为4.05 Å,平面波截断50 Ry,k点4×4×4,Gaussian展宽0.01 Ry。smearing_sigma 的单位是 Ry,不能当成 eV。cal_force 与 cal_stress 输出当前固定结构的力和应力;calculation scf 不会优化晶胞,也不会移动原子。
al-metal-scf:完整 INPUT#
INPUT_PARAMETERS
suffix tutorial
calculation scf
basis_type pw
ecutwfc 50
scf_thr 1e-8
scf_nmax 150
ks_solver cg
device gpu
precision double
cal_force 1
cal_stress 1
pseudo_dir ../PP
symmetry 0
smearing_method gauss
mixing_beta 0.3
smearing_sigma 0.01
展开完整 STRU 与 KPT
STRU#
ATOMIC_SPECIES
Al 26.9815385 Al_ONCV_PBE-1.0.upf
LATTICE_CONSTANT
1.8897261246257702
LATTICE_VECTORS
4.050000000000 0.000000000000 0.000000000000
0.000000000000 4.050000000000 0.000000000000
0.000000000000 0.000000000000 4.050000000000
ATOMIC_POSITIONS
Direct
Al
0.0
4
0.000000000000 0.000000000000 0.000000000000 1 1 1
0.000000000000 0.500000000000 0.500000000000 1 1 1
0.500000000000 0.000000000000 0.500000000000 1 1 1
0.500000000000 0.500000000000 0.000000000000 1 1 1
KPT#
K_POINTS
0
Gamma
4 4 4 0 0 0
3 核对赝势和输出#
本例 Al_ONCV_PBE-1.0.upf 含11个价电子,其中包括半芯态。四个Al对应44个价电子,不是按每个Al三个电子得到12。更换赝势之后,截断能、所需能带数和能量参考也可能改变。
grep -E 'z_valence' PP/Al_ONCV_PBE-1.0.upf
grep -E 'AUTOSET number of electrons|final etot|convergence' work/cases/al-metal-scf/OUT.tutorial/running_scf.log
原生日志中价电子总数为44,最终能量约 −7532.250939414 eV/晶胞。绝对能量用于相同赝势和数值设置下的差分,不能与另一种赝势的绝对值直接比较。

4 换成自己的金属#
先替换 STRU 的晶胞、坐标和元素/赝势对应关系,再调整 KPT。保持展宽方式相同,逐步加密k点和提高截断,观察关注的能量差、应力或力;本例只有一个教学参数点,不能据此认定50 Ry及4×4×4对所有金属足够。