CP2K 静态外场与分子偶极
实际H2O正负外场输入、势斜率和电场符号、总能量与偶极变化。
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给分子施加静态电场,可以观察电子能量和偶极的变化。本篇固定优化后的H₂O原子位置,用同一PBE模型做五个小外场条件,先把外势、电场方向和单位说清楚。
下载完整输入、真实日志、CSV与绘图脚本,解压进入run.sh目录。采用CP2K2026.2 P100双精度构建(GNU13.3、MPICH5.0.1、CUDA12.9、OpenBLAS0.3.33、ScaLAPACK2.2.3),一个MPI、四个OpenMP线程、一张P100;分析环境为ASE3.29.0。
1 提交五个条件#
sbatch submit.slurm
脚本在同一张GPU依次执行零外势斜率、±0.0005、±0.001五个条件,再提取与画图。核时P100模板;套餐用户用yskit生成所属分区脚本,保留已分配资源中的 bash run.sh。不要在登录节点计算。inputs可修改,reference保存本文结果,work保存你的新结果;已有work时新解压。
2 用解析函数定义外势#
采用PBE、DZVP-MOLOPT-SR-GTH、O GTH-PBE-q6、H GTH-PBE-q1、12 Å非周期MT盒、600/50 Ry网格与EPS_SCF1E−8。核坐标来自分子振动教程的实际优化结果,本篇不在外场中继续放松原子。
完整input.inp:water-field-pluslarge#
&GLOBAL
PROJECT response
RUN_TYPE ENERGY_FORCE
PRINT_LEVEL MEDIUM
&END GLOBAL
&FORCE_EVAL
METHOD QS
&DFT
&EXTERNAL_POTENTIAL
FUNCTION A*(Z-Z0)
PARAMETERS A Z0
VALUES [hartree*bohr^-1] 0.001 [angstrom] 6.0
&END EXTERNAL_POTENTIAL
&PRINT
&MOMENTS ON
PERIODIC .FALSE.
REFERENCE COM
&END MOMENTS
&END PRINT
BASIS_SET_FILE_NAME ../DATA/BASIS_MOLOPT
POTENTIAL_FILE_NAME ../DATA/GTH_POTENTIALS
&QS
EPS_DEFAULT 1.0E-12
&END QS
&MGRID
CUTOFF 600
REL_CUTOFF 50
&END MGRID
&SCF
EPS_SCF 1.0E-8
MAX_SCF 100
SCF_GUESS ATOMIC
&OT
MINIMIZER DIIS
PRECONDITIONER FULL_SINGLE_INVERSE
&END OT
&END SCF
&XC
&XC_FUNCTIONAL PBE
&END XC_FUNCTIONAL
&END XC
&POISSON
PERIODIC NONE
POISSON_SOLVER MT
&END POISSON
&END DFT
&SUBSYS
&CELL
ABC 12 12 12
PERIODIC NONE
&END CELL
&COORD
O 5.9999999937 6.0000000000 5.9993806921
H 5.9999999971 6.7653454490 6.5954871263
H 5.9999998457 5.2346546213 6.5954872165
&END COORD
&KIND O
BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH
POTENTIAL GTH-PBE-q6
&END KIND
&KIND H
BASIS_SET DZVP-MOLOPT-SR-GTH
POTENTIAL GTH-PBE-q1
&END KIND
&END SUBSYS
&PRINT
&FORCES ON
&END FORCES
&END PRINT
&END FORCE_EVAL
FUNCTION A*(Z-Z0)定义沿z线性变化的静态电势,坐标变量由CP2K处理。参数A使用Hartree/Bohr,Z0使用Å并显式标注单位。Z0=6 Å只定义势零点,不是把电场限制在z=6 Å附近。
物理电场是电势的负梯度,因此本篇 E_z=−A。A=+0.001时,物理电场沿负z;把参数名叫A可以避免把电势斜率直接误当成同方向电场。1个电场原子单位约51.422 V/Å,本例幅度0.0005/0.001分别约0.02571/0.05142 V/Å。
3 取偶极与能量#
DFT/PRINT/MOMENTS采用非周期传统偶极算符,并以质心为参考点。中性分子的总偶极由电子与离子共同给出;不要只取电子部分与总能量差分比较。
grep -E 'ENERGY\| Total FORCE_EVAL' work/cases/water-field-*/output.log
grep -A 1 'Dipole moment' work/cases/water-field-*/output.log
cat work/analysis/fields.csv
| 外势斜率A/原子单位 | 物理E_z/原子单位 | 总能量/Hartree | μ_z/Debye |
|---|---|---|---|
| -0.0010 | +0.0010 | -17.220405527227 | 1.8174140 |
| -0.0005 | +0.0005 | -17.220048846479 | 1.8089520 |
| +0.0000 | -0.0000 | -17.219693831119 | 1.8004820 |
| +0.0005 | -0.0005 | -17.219340482949 | 1.7920020 |
| +0.0010 | -0.0010 | -17.218988803777 | 1.7835130 |

原分子有约1.800482 Debye的z向永久偶极。沿其方向的物理电场使偶极增加、能量降低;正负场不必产生对称的总能量,因为永久偶极带来线性项。讨论极化率时还需要二阶能量曲率或偶极的一阶变化,不能用某一个场下的总偶极除以电场。
本例仍是孤立分子边界。这个解析线性势不能直接替代周期晶体的Berry相位有限场设置;周期体系和带电体系需要相应的边界、势参考与电荷处理。
提取和重画#
module load ase/3.29.0
python analyze.py work
python plot_results.py work
cat work/analysis/fields.csv
cat work/analysis/RESULTS.json
ls work/figures
CSV依次列出外势斜率A、物理电场、总能量Hartree和三个偶极分量Debye;JSON保存有限差分与原生线性响应结果。只查看本文图,把work换成reference。
继续看有限外场与极化率。函数和参数单位定义见CP2K2026.2 EXTERNAL_POTENTIAL手册。