LAMMPS样式查找与实例导航
1774条主清单、3种Body补充与按范围标注的参考实例，提供终端检索。
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这份导航使用鸢算科技集群LAMMPS30Sep2026的P100 GPU与KOKKOS模块帮助，以及已有公开输入和成功原生运行记录。它保留了完整样式名称、构建范围和可参考的案例入口。
mkdir style-guide
cd style-guide
curl -fL https://yuansuan.top/assets/downloads/full-function/lammps-style-index-wave85-cba0ef4fb4f0.zip -o examples.zip
unzip examples.zip
module purge
module load ase/3.29.0
索引工具处理现有文本和数据，不启动分子动力学。可直接查询已附的analysis/styles.json，也可重建索引：
python rebuild_index.py
python find_style.py pod
python plot_index.py
重建会刷新这份解压副本中的analysis目录和reference/figures；案例的原生输入、轨迹和参数仍从对应教程资料包获取。
1 先分清样式类别#
同一个名字可能出现在不同类别中。例如 spin 可以是atom样式，也可以是min_style；pod既有pair模型，又有相关compute。检索时加上类别，可以直接缩小范围。
python find_style.py pod
python find_style.py atom spin
python find_style.py atom oxdna
本次pod匹配7条：fitpod命令、四种POD描述符/导数compute，以及pod与pod/kk模型。输出给出包含该名称的模块构建和相关教程链接。
2 完整索引的范围#
主清单按既有14类口径有1774条；Body另列3种，未混入这个总数。主清单中167条已关联参考输入或原生命令记录，Body中1条关联了数据读写实例。
| 类别 | 主清单条目 | 已关联参考条目 |
|---|---|---|
| angle | 78 | 1 |
| atom | 41 | 41 |
| bond | 64 | 2 |
| command | 54 | 33 |
| compute | 218 | 20 |
| dihedral | 53 | 1 |
| dump | 24 | 1 |
| fix | 414 | 20 |
| improper | 37 | 1 |
| integrate | 6 | 1 |
| kspace | 35 | 5 |
| minimize | 13 | 6 |
| pair | 721 | 33 |
| region | 16 | 2 |
“已关联”表示能从链接找到本索引收录的输入或原生配置；具体物理模型、参数、输出和加速实现范围以对应教程为准。某名称没有关联本索引的参考，不等于程序不包含它。
3 三种参考范围怎么读#
| 索引类型 | 含义 |
|---|---|
| 原生命令参考 native_configuration | 成功记录中出现该配置或运行时实现，按所链接案例的范围使用 |
| 已发布输入参考 published_input | 沿用已发布教程的显式输入与对应结果 |
| 数据读写 data_roundtrip | 验证过数据属性、写出与读回，不据此推断力场MD或任意组合 |
| 参数索引 unlinked | 保留完整名称和构建范围，参数从原生文档查询 |
例如oxdna的入口指向hybrid组合中的属性读写。它不能当作单独oxdna力场、积分器和长轨迹的通用示例；请直接使用对应教程里的组合和数据格式。
4 用CSV做自己的检索#
head -5 analysis/styles.csv
python - <<'PYDATA'
import csv
from pathlib import Path
rows=list(csv.DictReader(Path('analysis/styles.csv').open()))
for r in rows:
if r['family']=='compute' and r['style'] in ['ti','fep','pod/global']:
print(r['family'],r['style'],r['reference_kind'])
print(r['documents'])
PYDATA
CSV里每个family/style只出现一次；example_cases保留案例名称，documents给出教程路由。加速后缀保持独立条目，便于确认具体实现。
5 从索引进入实际计算#
先定位名称与构建，再打开相应教程，下载其中的原生输入、模型和结果。POD参考可进入 训练、预测及描述符；自由能参考进入 TI 和 FEP/BAR。
需要先理解构建、后缀和依赖时，继续看 模块功能边界。参数全集见 LAMMPS官方命令与样式索引。